Хеликобактер в Гамбии (Часть 1)

Общая цель этого пилотного проекта — внедрить и оценить новый метод выделения Helicobacter pylori (H. pylori) от детей раннего возраста, и сравнить эти изоляты с изолятами, полученными от взрослых из той же популяции. Это часть I исследования, а часть II описана в протоколе отдела микробиологии и инфекционных заболеваний 06-0004. На переход от детской колонизации к взрослому болезненному состоянию могут влиять многочисленные факторы, включая эволюцию генотипов самих колонизирующих штаммов H. pylori, частично обусловленную реакцией хозяина на инфекцию. Гипотеза состоит в том, что штаммы H. pylori от гамбийских детей будут генетически отличаться от штаммов хронически колонизированных взрослых из того же сообщества. Генетическая и фенотипическая характеристика изолятов H. pylori у детей и взрослых проверит фундаментальные различия между штаммами, циркулирующими в этих двух возрастных группах, и, таким образом, поможет оценить важность отбора штаммов и/или эволюции генома в обществах с таким высоким риском. Конкретные цели: сравнить диапазон генотипов, полученных из H. pylori, выделенных из биоптатов желудка взрослых и детей Гамбии, подвергающихся диагностической эндоскопии верхних отделов, с генотипами, полученными при культивировании аспиратов желудочного сока от тех же субъектов. Это позволит интерпретировать результаты, полученные из культуры назогастральных аспиратов от детей, которым не требуется диагностическая эндоскопия, по сравнению с изолятами H. pylori, полученными из биопсии желудка. В большинстве случаев генотипирование включает тесты полимеразной цепной реакции на маркеры вирулентности, ограниченное (фокусированное) секвенирование ДНК и тесты на чувствительность к метронидазолу и частоту прямой мутации. Исследуемая популяция будет состоять из жителей Гамбии, Западная Африка. До семидесяти пяти взрослых обоего пола и всех возрастов, которым проводится диагностическая эндоскопия в рамках их клинического ведения, и 20 детей с истощением обоих полов в возрасте до 2 лет, которым проводится диагностическая эндоскопия в рамках их клинического ведения , будут изучать. Все предметы будут изучаться в исследовательских лабораториях Совета медицинских исследований Великобритании и клиническом центре в Фахаре, Гамбия. Основным показателем результата будет степень родства между бактериальными изолятами. Это будет оцениваться визуальным сравнением результатов случайной амплификации полиморфной ДНК (RAPD), сравнением генотипа интересующих аллелей и окончательного секвенирования генов домашнего хозяйства для построения филогенетических деревьев родства с использованием программы STAR (компьютерная программа для объединение последовательностей ДНК для анализа) и базу данных множественного локусного типирования последовательностей (MLST). Для людей не существует критериев исхода. Все лабораторные исследования будут проводиться на бактериальных изолятах.