Helicobacter v Gambii (část 1)

Celkovým cílem tohoto pilotního projektu je implementovat a vyhodnotit novou metodu pro izolaci Helicobacter pylori (H. pylori) od malých dětí a porovnat tyto izoláty s izoláty získanými od dospělých ze stejné populace. Toto je část I studie a část II je popsána v protokolu divize mikrobiologie a infekčních chorob 06-0004. Přechod z kolonizace v dětství do stavu onemocnění dospělých může být ovlivněn mnoha faktory včetně evoluce genotypů samotných kolonizujících kmenů H. pylori, částečně řízených reakcí hostitele na infekci. Hypotézou je, že kmeny H. pylori z gambijských dětí se budou geneticky lišit od kmenů chronicky kolonizovaných dospělých ze stejné komunity. Genetická a fenotypová charakterizace dětských a dospělých izolátů H. pylori bude testovat zásadní rozdíly mezi kmeny cirkulujícími v těchto 2 věkových skupinách, a tím pomůže vyhodnotit význam selekce kmenů a/nebo evoluce genomu v takto vysoce rizikových společnostech. Specifické cíle jsou: porovnat rozsah genotypů získaných z H. pylori kultivovaných z biopsií žaludku dospělých a dětí z Gambie podstupujících diagnostickou horní endoskopii s genotypy získanými kultivací aspirátů žaludeční šťávy od stejných subjektů. To umožní interpretaci výsledků získaných z kultivace nazogastrických aspirátů od dětí, které nevyžadují diagnostickou endoskopii, ve srovnání s izoláty H. pylori získanými z biopsie žaludku. Většina genotypizace bude zahrnovat testy polymerázové řetězové reakce na markery virulence, omezené (zaměřené) sekvenování DNA a testy citlivosti na metronidazol a četnost dopředných mutací. Populaci studie budou tvořit obyvatelé Gambie v západní Africe. Až sedmdesát pět dospělých obou pohlaví a všech věkových kategorií, kteří podstupují diagnostickou endoskopii v rámci klinické péče, a 20 podvyživených dětí obou pohlaví ve věku do 2 let, které podstupují diagnostickou endoskopii jako součást klinické péče , bude studována. Všechny předměty budou studovány ve výzkumných laboratořích a klinickém zařízení Rady pro lékařský výzkum Velké Británie ve Fajaře v Gambii. Hlavním výsledným měřítkem bude stupeň příbuznosti mezi bakteriálními izoláty. To bude posouzeno vizuálním srovnáním mezi výsledky náhodné amplifikace polymorfní DNA (RAPD), porovnáním genotypu pro alely zájmu a definitivně sekvenováním provozních genů pro konstrukci fylogenetických stromů příbuznosti pomocí programu STAR (počítačový program pro spojení sekvencí DNA pro analýzu) a databáze typování sekvencí více lokusů (MLST). Pro lidské subjekty neexistují žádná výsledná měřítka. Všechna laboratorní vyšetření budou prováděna na bakteriálních izolátech.