Molecular Markers in Cancers and Precancers (MOCA) (MOCA)

Det er i denne sammenhengen at forskrivningen av målrettede terapier nå er betinget av identifisering av spesifikke genetiske anomalier i svulsten. Som sådan har kinasehemmere vist seg å være effektive hos pasienter med ikke-småcellet lungekreft eller metastatisk melanom når mutasjoner i henholdsvis epidermal vekstfaktorreseptor (EGFR) eller BRAF blir identifisert. Omvendt forutsier identifiseringen av KRAS- eller NRAS-mutasjon i metastaserende tykktarmskreft resistens mot anti-EGFR-antistoffbaserte terapier. Under disse forholdene gir forskrivning av disse målrettede terapiene en stor fordel for pasientene. Effekten av disse terapiene er knyttet til det faktum at målmutasjonene er "driver"-mutasjoner som leverer et kraftig onkogent signal. Disse mutasjonene er også en 'akilleshæl' for tumorcellen, som blir overfølsom for visse tyrosinkinasehemmere. Tumorflukt fra målrettede terapier er imidlertid godt dokumentert etter noen måneders behandling. Også her har molekylær analyse av progredierende svulster avslørt intratumoral heterogenitet med spesielt utseendet av sekundære mutasjoner som er ansvarlige, i det minste delvis, for utvikling av resistens. Dette er grunnen til at det er viktig å karakterisere den molekylære profilen til svulster både under sykdommens naturlige historie og hos behandlede pasienter for å kunne tilby dem passende oppfølging.

Blant de 170 humane papillomavirusene (HPV) beskrevet i 2013, er et titalls såkalte høyrisiko- eller onkogene HPV-er ansvarlige for all livmorhalskreft, nesten alle analkreft, halvparten av vulva- og skjedekreft og visse kreftformer i øvre del av fordøyelsessystemet. kanal. Mens HPV-infeksjon er nødvendig for å utvikle kreft, er det ikke tilstrekkelig, og kofaktorer som fremmer vedvarende infeksjon øker risikoen for å utvikle precancerøse lesjoner og deretter kreft. Dermed er den naturlige historien til infeksjon av disse virusene nært knyttet til kreften de induserer. De molekylære mekanismene til HPV-relatert karsinogenese/transformasjon er godt beskrevet. Det er den kombinerte virkningen av to virale proteiner (E6 og E7) på de to tumorrepressorene p53 og pRb som i utgangspunktet løfter de iboende mekanismene for replikativ senescens av cellen (som dermed får kapasitet til å dele seg i det uendelige), og deretter gradvis fører til dens transformasjon. Imidlertid forblir determinantene som fører til at en infisert celle foreviger og deretter transformerer dårlig forstått, og de aller fleste infeksjoner elimineres spontant innen 10 til 18 måneder etter utviklingen av effektive immunresponser. Det er sannsynlig at verts (immunsuppresjon, genetiske faktorer), virale og miljømessige (røyking, oral prevensjon) kofaktorer vil påvirke karsinogeneseprosessen. Dermed er det anerkjent at HPV16 er den mest kreftfremkallende genotypen. Det er den HPV som varer lengst og er assosiert med høyest risiko for å utvikle pre-kreft eller livmorhalskreft. Livmorhalskreft assosiert med HPV16 (eller HPV18/45) har vist seg å ha dårligere prognose enn de som er infisert med andre genotyper. Omvendt, i kreft i øvre luft- og fordøyelseskanal, har de som er indusert av en HPV (dette er HPV16 i mer enn 95 % av tilfellene), en bedre prognose enn de som ikke er indusert av et virus. Dermed kan genotyping av en svulst for å identifisere typen HPV som er involvert være av klinisk interesse, spesielt avhengig av svulstens plassering.

Den terapeutiske behandlingen av pasienter med HPV-assosierte kreftformer består oftest av en kombinasjon av kirurgi og/eller radiokjemoterapi (cis-platina, 5-fluorouracil) avhengig av omfanget av svulsten. For analkreft, viste arbeid i Bisonne at tillegget av et tredje cellegiftmolekyl (taxan) var svært lovende ettersom det tillot tidligere uobserverte remisjoner. Årsakene til slik effekt er ikke klare, og det er heller ingen prediktor for respons på behandling.

Molekylærgenetiske analyser utføres ved hjelp av ulike typer prøver som celler fra utstryk eller punkteringer, biopsier, kirurgiske deler og en rekke væsker som urin, cerebrospinalvæske eller blod. Mens standarden for molekylær diagnose i dag er å analysere tumorprøven, er bruken av en "flytende biopsi" fra en enkel blodprøve mye vurdert. Faktisk har det nå vist seg at kreftformer frigjør DNA som kan påvises i blodet til pasienter, dette er sirkulerende tumor-DNA. Dermed er det mulig å diagnostisere eller utføre biologisk overvåking av kreft (f.eks. før/etter behandling) fra en flytende biopsi. Imidlertid har studiet av sirkulerende tumor-DNA fortsatt noen vanskeligheter. For det første er konsentrasjonen av sirkulerende DNA svært lav, i størrelsesorden noen titalls nanogram per ml plasma. Videre er det store flertallet av sirkulerende DNA sammensatt av DNA frigjort fra normale celler og andelen sirkulerende tumor-DNA er kun 1-4 % av sirkulerende DNA. Til slutt er sirkulerende tumor-DNA generelt fragmentert (<200 bp). For å overvinne disse begrensningene er det nødvendig å bruke svært sensitive teknikker, både for å måle konsentrasjonen av sirkulerende DNA og for å søke etter molekylære endringer som er karakteristiske for svulsten. I denne forbindelse gir sirkulerende tumor-DNA-analyse en ny dimensjon til behandling av kreftpasienter. Basert på sirkulerende tumor-DNA-analyse, er det mulig å rette behandlingen mot en målrettet terapi i fravær av en vevsbiopsi, for å vurdere effektiviteten av en behandling, for å følge utviklingen av sykdommen, og til og med å identifisere tilbakefall. Sirkulerende tumor-DNA-analyse gir også et øyeblikksbilde av alle genetiske endringer i tumoren (primær og metastatisk) som gjenspeiler tumorheterogenitet, mens biopsiresultater bare er representative for stedet de ble tatt fra. For HPV-assosierte kreftformer er virusgenomdeteksjon fra flytende biopsier også i stor grad mulig. Imidlertid er det fortsatt behov for studier i dag for ikke bare å validere prinsippet om flytende biopsi i kreft, men også for å klargjøre dens kliniske nytte. Nyere resultater har vist at endringer i plasma HPV viral belastning forutsier respons på behandling.

Siden sekvenseringen av det menneskelige genomet i 2001, har DNA-analyseteknikker utviklet seg enormt, og de nye 'neste generasjons sekvenseringsteknologiene' (NGS) tillater samtidig analyse av et veldig stort antall gener (flere hundre) fra flere dusin forskjellige prøver. Disse sekvenseringsmulighetene gjør det mulig å raskt utforske et stort antall genetiske anomalier til en lavere kostnad. Data om genetiske abnormiteter i HPV-assosierte kreftformer eksisterer, og det har nylig blitt rapportert at HPV-er også er gjenstand for genetiske variasjoner under karsinogeneseprosessen.

Teknologiske fremskritt innen molekylærbiologi (high-throughput-sekvensering, digital PCR, sirkulerende tumor-DNA) gjør det nå mulig å beskrive svært nøyaktig alle genetiske eller epigenetiske modifikasjoner som kan utgjøre potensielle biomarkører. En bedre beskrivelse av disse genetiske modifikasjonene i sekvensielle prøver under overgangen mellom en normaltilstand, en precancer og en kreftsykdom som funksjon av tid vil gjøre det mulig å utvikle på den ene siden modeller som forutsier forekomsten av kreftformer og på den ene siden. annen side, innovative verktøy for diagnose og risikostratifisering for å utvikle en kreftsykdom. Det vil være mulig å foreslå tidlige medisinske tiltak kun for de pasientene som trenger det. Studiet av genetiske abnormiteter hos pasienter behandlet for kreft vil gjøre det mulig å foreslå innovative verktøy for å overvåke sykdommen, forutsi tilbakefall eller helbredelse eller identifisere nye terapeutiske eller vaksinemål.

Dette er grunnen til at etterforskerne ønsker å kunne samle biologiske prøver av ulike slag (utstryk, biopsier, biologiske væsker osv.), enten de er tatt i pleiesammenheng eller oppbevart i erklærte samlinger (for eksempel svulstbiblioteker). . Disse prøvene vil bli samlet inn og lagret på Besançon universitetssykehus i form av en samling (MOCA-samling) som vil knyttes til kliniske data. Etterforskerne vil da kunne bygge opp homogene kohorter av pasienter fra denne samlingen som etterforskerne kan studere teranostiske biomarkører fra.