Molecular Markers in Cancers and Precancers (MOCA) (MOCA)

Det er i denne sammenhæng, at ordinationen af ​​målrettede terapier nu er betinget af identifikation af specifikke genetiske anomalier i tumoren. Som sådan har kinasehæmmere vist sig at være effektive hos patienter med ikke-småcellet lungecancer eller metastatisk melanom, når mutationer i henholdsvis epidermal vækstfaktorreceptor (EGFR) eller BRAF identificeres. Omvendt forudsiger identifikation af KRAS- eller NRAS-mutation i metastatiske tyktarmskræftformer resistens over for anti-EGFR-antistofbaserede terapier. Under disse forhold giver ordination af disse målrettede behandlinger en stor fordel for patienterne. Effektiviteten af ​​disse terapier er forbundet med det faktum, at målmutationerne er "driver"-mutationer, der leverer et kraftigt onkogent signal. Disse mutationer er også en 'akilleshæl' for tumorcellen, som bliver overfølsom over for visse tyrosinkinasehæmmere. Tumorflugt fra målrettede behandlinger er dog veldokumenteret efter et par måneders behandling. Også her har molekylær analyse af fremadskridende tumorer afsløret intratumoral heterogenitet med især fremkomsten af ​​sekundære mutationer, der i det mindste delvist er ansvarlige for udviklingen af ​​resistens. Derfor er det vigtigt at karakterisere den molekylære profil af tumorer både under sygdommens naturlige historie og hos behandlede patienter for at tilbyde dem passende opfølgning.

Blandt de 170 humane papillomavira (HPV) beskrevet i 2013 er et dusin såkaldte højrisiko- eller onkogene HPV'er ansvarlige for alle livmoderhalskræftformer, næsten alle analkræftformer, halvdelen af ​​vulva- og skedekræft og visse kræftformer i den øvre del af fordøjelsessystemet. traktat. Selvom HPV-infektion er nødvendig for at udvikle kræft, er det ikke tilstrækkeligt, og co-faktorer, der fremmer vedvarende infektion, øger risikoen for at udvikle præcancerøse læsioner og derefter kræft. Således er den naturlige historie for infektion med disse vira tæt forbundet med den for den cancer, de inducerer. De molekylære mekanismer af HPV-relateret carcinogenese/transformation er godt beskrevet. Det er den kombinerede virkning af to virale proteiner (E6 og E7) på de to tumorrepressorer p53 og pRb, der i første omgang løfter de iboende mekanismer for replikativ senescens af cellen (som dermed får kapacitet til at dele sig i det uendelige), og derefter gradvist fører til dens forvandling. Imidlertid forbliver de determinanter, der får en inficeret celle til at immortalisere og derefter transformere, dårligt forstået, og langt de fleste infektioner elimineres spontant inden for 10 til 18 måneder efter udviklingen af ​​effektive immunresponser. Det er sandsynligt, at værts (immunsuppression, genetiske faktorer), virale og miljømæssige (rygning, oral prævention) co-faktorer vil påvirke carcinogeneseprocessen. Det er således anerkendt, at HPV16 er den mest kræftfremkaldende genotype. Det er den længst vedvarende HPV og er forbundet med den højeste risiko for at udvikle præ-cancer eller livmoderhalskræft. Livmoderhalskræft associeret med HPV16 (eller HPV18/45) har vist sig at have en dårligere prognose end dem, der er inficeret med andre genotyper. Omvendt, i kræft i øvre luftvejskanal, har de, der er induceret af en HPV (dette er HPV16 i mere end 95 % af tilfældene), en bedre prognose end dem, der ikke er induceret af en virus. Genotypebestemmelse af en tumor for at identificere typen af ​​involveret HPV kunne således være af klinisk interesse, især afhængigt af tumorens placering.

Den terapeutiske behandling af patienter med HPV-associerede kræftformer består oftest af en kombination af kirurgi og/eller radiokemoterapi (cis-platin, 5-fluorouracil) afhængigt af tumorens omfang. For anale kræftformer viste arbejde i Bisonne, at tilføjelsen af ​​et tredje kemoterapimolekyle (taxan) var meget lovende, da det tillod tidligere uobserverede remissioner. Årsagerne til en sådan effekt er ikke klare, og der er heller ikke en forudsigelse for respons på behandlingen.

Molekylærgenetiske analyser udføres ved hjælp af forskellige typer prøver såsom celler fra udstrygninger eller punkteringer, biopsier, kirurgiske dele og talrige væsker såsom urin, cerebrospinalvæske eller blod. Mens standarden for molekylær diagnose i dag er at analysere tumorprøven, overvejes brugen af ​​en "flydende biopsi" fra en simpel blodprøve bredt. Det er faktisk nu blevet vist, at kræftformer frigiver DNA, der kan påvises i blodet hos patienter, dette er cirkulerende tumor-DNA. Det er således muligt at diagnosticere eller udføre biologisk overvågning af kræftformer (f.eks. før/efter behandling) fra en flydende biopsi. Studiet af cirkulerende tumor-DNA står dog stadig over for nogle vanskeligheder. For det første er koncentrationen af ​​cirkulerende DNA meget lav, i størrelsesordenen nogle få snese nanogram pr. ml plasma. Endvidere er langt størstedelen af ​​cirkulerende DNA sammensat af DNA frigivet fra normale celler og andelen af ​​cirkulerende tumor DNA er kun 1-4% af cirkulerende DNA. Endelig er cirkulerende tumor-DNA generelt fragmenteret (<200 bp). For at overvinde disse begrænsninger er det nødvendigt at bruge meget følsomme teknikker, både til at måle koncentrationen af ​​cirkulerende DNA og til at søge efter molekylære ændringer, der er karakteristiske for tumoren. I denne henseende bringer cirkulerende tumor-DNA-analyse en ny dimension til behandlingen af ​​kræftpatienter. Baseret på cirkulerende tumor-DNA-analyse er det muligt at rette behandlingen mod en målrettet terapi i fravær af en vævsbiopsi, at vurdere effektiviteten af ​​en behandling, at følge sygdommens udvikling og endda at identificere tilbagefald. Cirkulerende tumor-DNA-analyse giver også et øjebliksbillede af alle genetiske ændringer i tumoren (primær og metastatisk), hvilket afspejler tumorheterogenitet, hvorimod biopsiresultater kun er repræsentative for det sted, hvorfra de blev taget. For HPV-associerede cancere er virusgenomdetektion fra flydende biopsier også stort set mulig. Der er dog stadig behov for undersøgelser i dag for ikke kun at validere princippet om flydende biopsi i kræftformer, men også for at afklare dets kliniske nytte. Nylige resultater har vist, at ændringer i plasma HPV-virusmængden forudsiger respons på behandling.

Siden sekventeringen af ​​det menneskelige genom i 2001, er DNA-analyseteknikkerne gjort enormt fremskridt, og de nye 'næste generations sekventering' (NGS) teknologier tillader samtidig analyse af et meget stort antal gener (flere hundrede) fra flere dusin forskellige prøver. Disse sekventeringsevner gør det muligt hurtigt at udforske et stort antal genetiske anomalier til en lavere pris. Der findes data om genetiske abnormiteter i HPV-associerede kræftformer, og det er for ganske nylig blevet rapporteret, at HPV'er også er genstand for genetiske variationer under carcinogeneseprocessen.

Teknologiske fremskridt inden for molekylærbiologi (high-throughput-sekventering, digital PCR, cirkulerende tumor-DNA) gør det nu muligt at beskrive meget præcist enhver genetisk eller epigenetisk modifikation, der kan udgøre potentielle biomarkører. En bedre beskrivelse af disse genetiske modifikationer i sekventielle prøver under overgangen mellem en normal tilstand, en præcancer og en cancer som funktion af tiden vil gøre det muligt at udvikle på den ene side modeller, der forudsiger forekomsten af ​​cancere og på den ene side. på den anden side innovative værktøjer til diagnosticering og risikostratificering for at udvikle en kræftsygdom. Det vil kun være muligt at foreslå tidlige medicinske indgreb til de patienter, der har behov for det. Undersøgelsen af ​​genetiske abnormiteter hos patienter behandlet for kræft vil gøre det muligt at foreslå innovative værktøjer til at overvåge sygdommen, forudsige tilbagefald eller helbredelse eller identificere nye terapeutiske mål eller vaccinemål.

Derfor ønsker efterforskerne at kunne indsamle biologiske prøver af forskellig art (udstrygninger, biopsier, biologiske væsker osv.), uanset om de er taget i pleje eller opbevaret i deklarerede samlinger (f.eks. tumorbiblioteker). . Disse prøver vil blive indsamlet og opbevaret på Besançon Universitetshospital i form af en samling (MOCA-samling), som vil blive forbundet med kliniske data. Efterforskerne vil derefter være i stand til at opbygge homogene kohorter af patienter fra denne samling, hvorfra efterforskerne kan studere theranostiske biomarkører.