Syöpien ja esisyöpien molekyylimarkkerit (MOCA) (MOCA)

Tässä yhteydessä kohdennettujen hoitojen määrääminen on nyt ehtona kasvaimessa olevien spesifisten geneettisten poikkeavuuksien tunnistamisesta. Sellaisenaan kinaasi-inhibiittoreiden on osoitettu olevan tehokkaita potilailla, joilla on ei-pienisoluinen keuhkosyöpä tai metastaattinen melanooma, kun epidermaalisen kasvutekijäreseptorin (EGFR) tai BRAF:n mutaatioita tunnistetaan. Sitä vastoin KRAS- tai NRAS-mutaation tunnistaminen metastaattisissa paksusuolensyövissä ennustaa resistenssin anti-EGFR-vasta-ainepohjaisille hoidoille. Näissä olosuhteissa näiden kohdennettujen hoitojen määräämisestä on suuri hyöty potilaille. Näiden hoitojen tehokkuus liittyy siihen tosiasiaan, että kohdemutaatiot ovat "kuljettajamutaatioita", jotka tuottavat voimakkaan onkogeenisen signaalin. Nämä mutaatiot ovat myös "akilleskantapää" kasvainsolulle, josta tulee yliherkkä tietyille tyrosiinikinaasin estäjille. Kasvaimen karkaaminen kohdistetuista hoidoista on kuitenkin hyvin dokumentoitu muutaman kuukauden hoidon jälkeen. Tässäkin etenevien kasvainten molekyylianalyysi on paljastanut kasvaimensisäisen heterogeenisyyden ja erityisesti sekundaaristen mutaatioiden ilmaantumisen, jotka ovat vastuussa ainakin osittain resistenssin kehittymisestä. Tästä syystä on tärkeää karakterisoida kasvainten molekyyliprofiili sekä taudin luonnollisen historian aikana että hoidetuilla potilailla, jotta heille voidaan tarjota asianmukaista seurantaa.

Vuonna 2013 kuvatuista 170 ihmisen papilloomaviruksesta (HPV) kymmenkunta niin sanottua korkean riskin eli onkogeenista HPV:tä on vastuussa kaikista kohdunkaulan syövistä, lähes kaikista peräaukon syövistä, puolesta ulkosynnyttimien ja emättimen syövistä sekä tietyistä ylemmän ruoansulatuskanavan syövistä. traktaatti. Vaikka HPV-infektio on välttämätön syövän kehittymiselle, se ei ole riittävää, ja jatkuvaa infektiota edistävät tekijät lisäävät riskiä sairastua esisyöpäleesioihin ja sitten syöpiin. Siten näiden virusten aiheuttaman infektion luonnollinen historia liittyy läheisesti niiden aiheuttamaan syöpään. HPV:hen liittyvän karsinogeneesin/transformaation molekyylimekanismit on kuvattu hyvin. Kahden virusproteiinin (E6 ja E7) yhteisvaikutus kahteen kasvainrepressoriin p53 ja pRb nostaa aluksi solun replikatiivisen vanhenemisen luontaiset mekanismit (joka saa siten kyvyn jakautua loputtomiin), ja johtaa sitten vähitellen sen muunnos. Determinantit, jotka johtavat infektoituneen solun kuolemattomaksi tekemiseen ja sitten transformoitumiseen, ovat kuitenkin huonosti ymmärrettyjä, ja suurin osa infektioista eliminoituu spontaanisti 10-18 kuukauden kuluessa tehokkaiden immuunivasteiden kehittymisestä. On todennäköistä, että isännän (immunosuppressio, geneettiset tekijät), virus- ja ympäristötekijät (tupakointi, suun kautta otettava ehkäisy) vaikuttavat karsinogeneesiprosessiin. Näin ollen tiedetään, että HPV16 on karsinogeenisin genotyyppi. Se on pisimpään säilynyt HPV ja siihen liittyy suurin riski saada esisyöpä tai kohdunkaulan syöpä. HPV16:een (tai HPV18/45:een) liittyvien kohdunkaulan syöpien ennusteen on osoitettu olevan huonompi kuin muiden genotyyppien infektoituneiden. Sitä vastoin ylemmän ruoansulatuskanavan syövissä HPV:n aiheuttamilla syövillä (tämä on HPV16 yli 95 %:ssa tapauksista) on parempi ennuste kuin sellaisilla, joita virus ei aiheuta. Siten kasvaimen genotyypin määrittäminen siihen liittyvän HPV-tyypin tunnistamiseksi voisi olla kliinistä mielenkiintoa, erityisesti riippuen kasvaimen sijainnista.

HPV:hen liittyvää syöpää sairastavien potilaiden terapeuttinen hoito koostuu useimmiten leikkauksen ja/tai radiokemoterapian (cis-platina, 5-fluorourasiili) yhdistelmästä kasvaimen laajuudesta riippuen. Bisonnessa tehdyt työt osoittivat peräaukon syöpien osalta, että kolmannen kemoterapiamolekyylin (taksaanin) lisääminen oli erittäin lupaavaa, koska se mahdollisti aiemmin havaitsemattomia remissioita. Syyt tällaiseen tehoon eivät ole selviä, eikä hoitovasteen ennustajaa ole.

Molekyyligeneettiset analyysit suoritetaan käyttämällä erityyppisiä näytteitä, kuten soluja, jotka on otettu sivelyistä tai pistoksista, biopsioista, kirurgisista osista ja lukuisista nesteistä, kuten virtsasta, aivo-selkäydinnesteestä tai verestä. Vaikka molekyylidiagnoosin standardi nykyään on kasvainnäytteen analysointi, "nestebiopsian" käyttöä yksinkertaisesta verinäytteestä harkitaan laajalti. Nyt on todellakin osoitettu, että syövät vapauttavat DNA:ta, joka voidaan havaita potilaiden verestä, tämä on kiertävää kasvain-DNA:ta. Siten on mahdollista diagnosoida tai suorittaa syöpien biologista seurantaa (esim. ennen/jälkeen hoidon) nestebiopsiasta. Kiertävän kasvain-DNA:n tutkimuksessa on kuitenkin edelleen joitain vaikeuksia. Ensinnäkin kiertävän DNA:n pitoisuus on hyvin alhainen, muutaman kymmenen nanogramman luokkaa millilitrassa plasmaa. Lisäksi valtaosa kiertävästä DNA:sta koostuu normaaleista soluista vapautuvasta DNA:sta ja kiertävän kasvain-DNA:n osuus on vain 1-4 % kiertävästä DNA:sta. Lopuksi kiertävä kasvain-DNA on yleensä fragmentoitunut (<200 bp). Näiden rajoitusten voittamiseksi on tarpeen käyttää erittäin herkkiä tekniikoita sekä verenkierrossa olevan DNA:n pitoisuuden mittaamiseen että kasvaimelle ominaisten molekyylimuutosten etsimiseen. Tässä suhteessa kiertävän kasvaimen DNA-analyysi tuo uuden ulottuvuuden syöpäpotilaiden hoitoon. Kiertävän kasvain-DNA-analyysin perusteella on mahdollista ohjata hoitoa kohti kohdennettua hoitoa ilman kudosbiopsiaa, arvioida hoidon tehokkuutta, seurata taudin kehitystä ja jopa tunnistaa uusiutumista. Kiertävän kasvaimen DNA-analyysi tarjoaa myös tilannekuvan kaikista kasvaimen geneettisistä muutoksista (primaarisista ja metastaattisista), jotka heijastavat kasvaimen heterogeenisuutta, kun taas biopsiatulokset edustavat vain paikkaa, josta ne on otettu. HPV:hen liittyvien syöpien osalta virusgenomin havaitseminen nestemäisistä biopsioista on myös suurelta osin mahdollista. Kuitenkin tutkimuksia tarvitaan vielä tänään, jotta voidaan vahvistaa nestebiopsian periaate syövissä, mutta myös selventää sen kliinistä hyötyä. Viimeaikaiset tulokset ovat osoittaneet, että muutokset plasman HPV-viruskuormassa ennustavat vastetta hoitoon.

Ihmisen genomin sekvensoinnin jälkeen vuonna 2001 DNA-analyysitekniikat ovat kehittyneet valtavasti, ja uudet NGS-tekniikat mahdollistavat erittäin suuren määrän geenejä (useita satoja) samanaikaisesti useista kymmenistä eri näytteistä. Nämä sekvensointiominaisuudet mahdollistavat suuren määrän geneettisiä poikkeavuuksia nopean tutkimisen pienemmillä kustannuksilla. HPV:hen liittyvien syöpien geneettisistä poikkeavuuksista on tietoa, ja aivan äskettäin on raportoitu, että HPV:t ovat myös alttiita geneettisille vaihteluille karsinogeneesiprosessin aikana.

Molekyylibiologian teknologiset edistysaskeleet (suuren suorituskyvyn sekvensointi, digitaalinen PCR, kiertävä kasvain-DNA) mahdollistavat nyt erittäin tarkasti kaikkien geneettisten tai epigeneettisten modifikaatioiden kuvaamisen, jotka voivat muodostaa mahdollisia biomarkkereita. Näiden geneettisten modifikaatioiden parempi kuvaus peräkkäisissä näytteissä siirtymisen aikana normaalitilan, esisyövän ja syövän välillä ajan funktiona mahdollistaa toisaalta syöpien ilmaantumista ennustavien mallien kehittämisen ja toisaalta toisaalta innovatiivisia työkaluja syövän kehittymisen diagnosointiin ja riskin kerrostukseen. Varhaisia ​​lääketieteellisiä toimenpiteitä voidaan ehdottaa vain niitä tarvitseville potilaille. Syöpää hoidettujen potilaiden geneettisten poikkeavuuksien tutkimus mahdollistaa innovatiivisten työkalujen ehdottamisen taudin seurantaan, uusiutumisen tai paranemisen ennustamiseen tai uusien hoito- tai rokotekohteiden tunnistamiseen.

Siksi tutkijat haluavat pystyä keräämään erilaisia ​​biologisia näytteitä (siirteet, biopsiat, biologiset nesteet jne.), olivatpa ne sitten otettu hoidon yhteydessä tai säilytetty ilmoitetuissa kokoelmissa (esim. kasvainkirjastot) . Nämä näytteet kerätään ja säilytetään Besançonin yliopistollisessa sairaalassa kokoelmana (MOCA-kokoelma), joka liitetään kliinisiin tietoihin. Tämän jälkeen tutkijat voivat koota tästä kokoelmasta homogeenisia potilasryhmiä, joista tutkijat voivat tutkia teranostisia biomarkkereita.