Marcadores Moleculares em Cânceres e Pré-Cânceres (MOCA) (MOCA)

É neste contexto que a prescrição de terapias-alvo passa a estar condicionada à identificação de anomalias genéticas específicas no tumor. Como tal, os inibidores da quinase demonstraram ser eficazes em pacientes com câncer de pulmão de células não pequenas ou melanoma metastático quando são identificadas mutações no receptor do fator de crescimento epidérmico (EGFR) ou BRAF, respectivamente. Por outro lado, a identificação da mutação KRAS ou NRAS em cânceres de cólon metastáticos prediz resistência a terapias baseadas em anticorpos anti-EGFR. Nessas condições, a prescrição dessas terapias direcionadas proporciona um grande benefício aos pacientes. A eficácia dessas terapias está ligada ao fato de que as mutações alvo são mutações "drivers" que fornecem um poderoso sinal oncogênico. Essas mutações também são um 'calcanhar de Aquiles' para a célula tumoral, que se torna hipersensível a certos inibidores da tirosina quinase. No entanto, o escape tumoral de terapias direcionadas está bem documentado após alguns meses de tratamento. Aqui, novamente, a análise molecular de tumores em progressão revelou heterogeneidade intratumoral com, em particular, o aparecimento de mutações secundárias responsáveis, pelo menos em parte, pelo desenvolvimento de resistência. Por isso é importante caracterizar o perfil molecular dos tumores tanto durante a história natural da doença quanto nos pacientes tratados, a fim de oferecer um acompanhamento adequado.

Entre os 170 vírus do papiloma humano (HPV) descritos em 2013, cerca de uma dúzia dos chamados HPVs de alto risco ou oncogênicos são responsáveis ​​por todos os cânceres cervicais, quase todos os cânceres anais, metade dos cânceres vulvares e vaginais e alguns cânceres do trato aerodigestivo superior. trato. Embora a infecção pelo HPV seja necessária para o desenvolvimento do câncer, ela não é suficiente e os cofatores que promovem a infecção persistente aumentam o risco de desenvolver lesões pré-cancerosas e, posteriormente, cânceres. Assim, a história natural da infecção por esses vírus está intimamente ligada à do câncer que eles induzem. Os mecanismos moleculares da carcinogênese/transformação relacionados ao HPV estão bem descritos. É a ação combinada de duas proteínas virais (E6 e E7) sobre os dois repressores tumorais p53 e pRb que inicialmente suspende os mecanismos intrínsecos de senescência replicativa da célula (que adquire assim a capacidade de se dividir indefinidamente), e depois leva gradualmente a sua transformação. No entanto, os determinantes que levam uma célula infectada a se imortalizar e depois se transformar permanecem pouco compreendidos e a grande maioria das infecções é eliminada espontaneamente dentro de 10 a 18 meses após o desenvolvimento de respostas imunes efetivas. É provável que os cofatores do hospedeiro (imunossupressão, fatores genéticos), virais e ambientais (tabagismo, contracepção oral) influenciem o processo de carcinogênese. Assim, reconhece-se que o HPV16 é o genótipo mais carcinogênico. É o HPV de maior persistência e está associado ao maior risco de desenvolver pré-câncer ou câncer cervical. Os cânceres cervicais associados ao HPV16 (ou HPV18/45) demonstraram ter um prognóstico pior do que aqueles infectados por outros genótipos. Por outro lado, nos cânceres do trato aerodigestivo superior, aqueles induzidos por um HPV (este é o HPV16 em mais de 95% dos casos), têm um prognóstico melhor do que aqueles não induzidos por um vírus. Assim, a genotipagem de um tumor para identificar o tipo de HPV envolvido pode ser de interesse clínico, principalmente dependendo da localização do tumor.

O manejo terapêutico de pacientes com cânceres associados ao HPV geralmente consiste em uma combinação de cirurgia e/ou radioquimioterapia (cisplatina, 5-fluorouracil), dependendo da extensão do tumor. Para cânceres anais, o trabalho em Bisonne mostrou que a adição de uma terceira molécula quimioterápica (taxano) era muito promissora, pois permitia remissões não observadas anteriormente. As razões para tal eficácia não são claras, nem há um preditor de resposta ao tratamento.

As análises genéticas moleculares são realizadas usando vários tipos de amostras, como células de esfregaços ou punções, biópsias, peças cirúrgicas e vários fluidos, como urina, líquido cefalorraquidiano ou sangue. Enquanto o padrão para o diagnóstico molecular hoje é analisar a amostra do tumor, o uso de uma "biópsia líquida" de uma simples amostra de sangue é amplamente considerado. De fato, agora foi demonstrado que os cânceres liberam DNA que pode ser detectado no sangue dos pacientes, isto é, DNA tumoral circulante. Assim, é possível diagnosticar ou realizar monitoramento biológico de cânceres (ex. antes/depois do tratamento) de uma biópsia líquida. No entanto, o estudo do DNA tumoral circulante ainda enfrenta algumas dificuldades. Em primeiro lugar, a concentração de DNA circulante é muito baixa, da ordem de algumas dezenas de nanogramas por mL de plasma. Além disso, a grande maioria do DNA circulante é composta de DNA liberado de células normais e a proporção de DNA tumoral circulante é de apenas 1-4% do DNA circulante. Finalmente, o DNA tumoral circulante é geralmente fragmentado (<200 pb). Para ultrapassar estes constrangimentos, é necessário recorrer a técnicas altamente sensíveis, tanto para medir a concentração de ADN circulante como para procurar alterações moleculares características do tumor. A esse respeito, a análise do DNA tumoral circulante traz uma nova dimensão ao tratamento de pacientes com câncer. Com base na análise do DNA tumoral circulante, é possível direcionar o tratamento para uma terapia direcionada na ausência de uma biópsia de tecido, avaliar a eficácia de um tratamento, acompanhar a evolução da doença e até mesmo identificar recidivas. A análise do DNA do tumor circulante também fornece um instantâneo de todas as alterações genéticas no tumor (primárias e metastáticas), refletindo a heterogeneidade do tumor, enquanto os resultados da biópsia são apenas representativos do local de onde foram retirados. Para cânceres associados ao HPV, a detecção do genoma viral a partir de biópsias líquidas também é amplamente viável. No entanto, estudos ainda são necessários hoje para não apenas validar o princípio da biópsia líquida em cânceres, mas também para esclarecer sua utilidade clínica. Resultados recentes mostraram que alterações na carga viral plasmática do HPV predizem a resposta ao tratamento.

Desde o sequenciamento do genoma humano em 2001, as técnicas de análise de DNA progrediram enormemente e as novas tecnologias de 'sequenciamento de próxima geração' (NGS) permitem a análise simultânea de um número muito grande de genes (várias centenas) de várias dezenas de amostras diferentes. Esses recursos de sequenciamento permitem explorar rapidamente um grande número de anomalias genéticas a um custo menor. Existem dados sobre anormalidades genéticas em cânceres associados ao HPV e foi relatado muito recentemente que os HPVs também estão sujeitos a variações genéticas durante o processo de carcinogênese.

Os avanços tecnológicos em biologia molecular (sequenciamento de alto rendimento, PCR digital, DNA tumoral circulante) agora permitem descrever com muita precisão quaisquer modificações genéticas ou epigenéticas que possam constituir potenciais biomarcadores. Uma melhor descrição dessas modificações genéticas em amostras sequenciais durante a transição entre um estado normal, um pré-câncer e um câncer em função do tempo permitirá desenvolver, por um lado, modelos de previsão do aparecimento de cânceres e, por outro por outro lado, ferramentas inovadoras para diagnóstico e estratificação de risco de desenvolver um câncer. Será possível propor intervenções médicas precoces apenas para os pacientes que delas necessitem. O estudo de anormalidades genéticas em pacientes tratados de câncer permitirá propor ferramentas inovadoras para monitorar a doença, prever recidiva ou cura ou identificar novos alvos terapêuticos ou vacinais.

É por isso que os investigadores querem poder recolher amostras biológicas de vários tipos (esfregaços, biópsias, fluidos biológicos, etc.), quer tenham sido colhidas no contexto dos cuidados ou armazenadas em coleções declaradas (bibliotecas de tumores, por exemplo) . Essas amostras serão coletadas e armazenadas no Hospital Universitário de Besançon na forma de uma coleção (coleção MOCA) que será associada a dados clínicos. Os investigadores serão então capazes de construir coortes homogêneas de pacientes a partir desta coleção a partir da qual os investigadores podem estudar biomarcadores teranósticos.