Молекулярные маркеры рака и предрака (МОСА) (MOCA)

Именно в связи с этим назначение таргетной терапии в настоящее время обусловлено выявлением специфических генетических аномалий в опухоли. Таким образом, было показано, что ингибиторы киназы эффективны у пациентов с немелкоклеточным раком легкого или метастатической меланомой при выявлении мутаций в рецепторе эпидермального фактора роста (EGFR) или BRAF соответственно. И наоборот, идентификация мутации KRAS или NRAS при метастатическом раке толстой кишки предсказывает резистентность к терапии на основе антител против EGFR. В этих условиях назначение этих таргетных методов лечения приносит большую пользу пациентам. Эффективность этих методов лечения связана с тем фактом, что мутации-мишени являются «драйверными» мутациями, передающими мощный онкогенный сигнал. Эти мутации также являются «ахиллесовой пятой» опухолевой клетки, которая становится сверхчувствительной к некоторым ингибиторам тирозинкиназы. Тем не менее, хорошо документировано, что опухоль ускользает от таргетной терапии после нескольких месяцев лечения. И здесь молекулярный анализ прогрессирующих опухолей выявил внутриопухолевую гетерогенность, в частности, появление вторичных мутаций, ответственных, по крайней мере частично, за развитие резистентности. Вот почему важно охарактеризовать молекулярный профиль опухолей как во время естественного течения болезни, так и у пролеченных пациентов, чтобы предложить им соответствующее последующее наблюдение.

Среди 170 вирусов папилломы человека (ВПЧ), описанных в 2013 г., около дюжины так называемых онкогенных ВПЧ высокого риска ответственны за все виды рака шейки матки, почти все виды рака анального канала, половину случаев рака вульвы и влагалища и некоторые виды рака верхних дыхательных путей. тракт. Хотя ВПЧ-инфекция необходима для развития рака, ее недостаточно, и кофакторы, способствующие персистирующей инфекции, увеличивают риск развития предраковых поражений, а затем и рака. Таким образом, естественная история заражения этими вирусами тесно связана с историей вызываемого ими рака. Молекулярные механизмы связанного с ВПЧ канцерогенеза/трансформации хорошо описаны. Именно комбинированное действие двух вирусных белков (Е6 и Е7) на два опухолевых репрессора p53 и pRb сначала поднимает внутренние механизмы репликативного старения клетки (которая, таким образом, приобретает способность делиться неограниченно), а затем постепенно приводит к его преобразование. Однако детерминанты, которые приводят инфицированную клетку к иммортализации, а затем к трансформации, остаются плохо изученными, и подавляющее большинство инфекций спонтанно элиминируется в течение 10–18 месяцев после развития эффективного иммунного ответа. Вполне вероятно, что на процесс канцерогенеза будут влиять сопутствующие факторы хозяина (иммуносупрессия, генетические факторы), вируса и окружающей среды (курение, оральная контрацепция). Таким образом, признано, что HPV16 является наиболее канцерогенным генотипом. Это самый долго сохраняющийся ВПЧ, связанный с самым высоким риском развития предрака или рака шейки матки. Было показано, что рак шейки матки, связанный с ВПЧ16 (или ВПЧ18/45), имеет худший прогноз, чем рак шейки матки, инфицированный другими генотипами. И наоборот, при раке верхних дыхательных путей, вызванном ВПЧ (в более чем 95% случаев это ВПЧ16), прогноз лучше, чем при раке, не вызванном вирусом. Таким образом, генотипирование опухоли для определения вовлеченного типа ВПЧ может представлять клинический интерес, особенно в зависимости от локализации опухоли.

Терапевтическое лечение пациентов с раком, ассоциированным с ВПЧ, чаще всего состоит из комбинации хирургического вмешательства и/или радиохимиотерапии (цис-платин, 5-фторурацил) в зависимости от распространенности опухоли. Для анального рака работа в Бизоне показала, что добавление третьей молекулы химиотерапии (таксан) было очень многообещающим, поскольку оно позволяло достичь ранее ненаблюдавшихся ремиссий. Причины такой эффективности неясны, равно как и не существует предиктора ответа на лечение.

Молекулярно-генетические анализы проводятся с использованием различных типов образцов, таких как клетки из мазков или пункций, биопсии, хирургических частей и многочисленных жидкостей, таких как моча, спинномозговая жидкость или кровь. В то время как стандартом молекулярной диагностики сегодня является анализ образца опухоли, широко рассматривается использование «жидкой биопсии» из простого образца крови. Действительно, теперь было показано, что раковые клетки выделяют ДНК, которая может быть обнаружена в крови пациентов, это циркулирующая опухолевая ДНК. Таким образом, можно диагностировать или проводить биологический мониторинг рака (например, до/после лечения) из жидкой биопсии. Однако изучение циркулирующей опухолевой ДНК все еще сталкивается с некоторыми трудностями. Во-первых, концентрация циркулирующей ДНК очень низкая, порядка нескольких десятков нанограммов на мл плазмы. Кроме того, подавляющее большинство циркулирующей ДНК состоит из ДНК, высвобождаемой из нормальных клеток, а доля циркулирующей опухолевой ДНК составляет всего 1-4% от циркулирующей ДНК. Наконец, циркулирующая опухолевая ДНК обычно фрагментирована (<200 п.н.). Чтобы преодолеть эти ограничения, необходимо использовать высокочувствительные методы как для измерения концентрации циркулирующей ДНК, так и для поиска молекулярных изменений, характерных для опухоли. В этом отношении анализ циркулирующей опухолевой ДНК привносит новое измерение в лечение больных раком. На основе анализа ДНК циркулирующей опухоли можно направить лечение на таргетную терапию без биопсии ткани, оценить эффективность лечения, проследить эволюцию заболевания и даже выявить рецидив. Анализ ДНК циркулирующей опухоли также дает представление обо всех генетических изменениях в опухоли (первичных и метастатических), отражающих гетерогенность опухоли, тогда как результаты биопсии являются репрезентативными только для участка, из которого они были взяты. Для рака, связанного с ВПЧ, обнаружение вирусного генома с помощью жидкой биопсии также в значительной степени осуществимо. Тем не менее, сегодня все еще необходимы исследования, чтобы не только подтвердить принцип жидкостной биопсии при раке, но и прояснить ее клиническую пользу. Недавние результаты показали, что изменения вирусной нагрузки ВПЧ в плазме предсказывают ответ на лечение.

С момента секвенирования генома человека в 2001 году методы анализа ДНК значительно продвинулись вперед, и новые технологии «секвенирования следующего поколения» (NGS) позволяют одновременно анализировать очень большое количество генов (несколько сотен) из нескольких десятков различных образцов. Эти возможности секвенирования позволяют быстро исследовать большое количество генетических аномалий с меньшими затратами. Имеются данные о генетических аномалиях при раке, связанном с ВПЧ, и совсем недавно сообщалось, что ВПЧ также подвержены генетическим вариациям в процессе канцерогенеза.

Технологические достижения в молекулярной биологии (высокопроизводительное секвенирование, цифровая ПЦР, циркулирующая опухолевая ДНК) теперь позволяют очень точно описывать любые генетические или эпигенетические модификации, которые могут представлять собой потенциальные биомаркеры. Более точное описание этих генетических модификаций в последовательных образцах при переходе между нормальным состоянием, предраком и раком в зависимости от времени позволит разработать, с одной стороны, модели, предсказывающие появление раков, а с другой с другой стороны, инновационные инструменты для диагностики и стратификации риска развития рака. Предлагать ранние медицинские вмешательства можно будет только тем пациентам, которые в них нуждаются. Изучение генетических аномалий у пациентов, лечившихся от рака, позволит предложить инновационные инструменты для мониторинга заболевания, прогнозирования рецидива или излечения или определения новых терапевтических или вакцинных мишеней.

Вот почему исследователи хотят иметь возможность собирать биологические образцы различных видов (мазки, биопсии, биологические жидкости и т. д.), независимо от того, были ли они взяты в контексте лечения или хранились в заявленных коллекциях (например, библиотеки опухолей). . Эти образцы будут собираться и храниться в университетской больнице Безансона в виде коллекции (коллекция MOCA), которая будет связана с клиническими данными. Затем исследователи смогут создать однородные когорты пациентов из этой коллекции, из которых исследователи смогут изучить тераностические биомаркеры.