Изучение образцов тканей пациентов с раком толстой кишки II стадии, получавших лечение в рамках клинического испытания CLB-9581

ОСНОВНЫЕ ЦЕЛИ:

I. Оценить влияние потери p21 и мутаций в p53 на взаимосвязь между более высоким потреблением западной модели питания (проявляющейся более высоким потреблением красного мяса и общего количества жиров и более низким потреблением n-3 полиненасыщенных жирных кислот, фруктов и овощей) и рецидив рака толстой кишки/смертность. (В1)

II. Оценить влияние мутированного гомолога 1 вирусного онкогена саркомы крысы v-Ki-ras2 (K-ras), мутированного p53, фосфорилированного (фосфо)-v-akt гомолога 1 вирусного онкогена тимомы мышей (Akt) и потери p27 на взаимосвязь между ожирением, физической активностью и диетическим гликемическим потреблением и рецидивом / смертностью от рака толстой кишки. (В1)

III. Оценить влияние гиперэкспрессии опухолевой циклооксигеназы-2 (ЦОГ-2) и сосудистого эндотелиального фактора роста (VEGF), высокой плотности микрососудов опухоли и интактного p21 на взаимосвязь между приемом аспирина и рецидивом рака толстой кишки. (В1)

IV. Определить связь типа и степени геномной нестабильности с клиническим исходом при раке толстой кишки III стадии, леченном резекцией и адъювантной химиотерапией (CALGB 89803). (БИ 2)

V. Оценить способность сигнатуры экспрессии прогностического гена стратифицировать пациентов с колоректальным раком II стадии на тех, у кого возникнет рецидив в течение пяти лет после операции (высокий риск), и тех, у кого будет пятилетняя выживаемость без признаков заболевания (низкий риск). без дополнительной обработки. (В3)

VI. Определить, существует ли значительная связь между риском рецидива и непрерывной оценкой рецидива 12 генов (RS), измеренной с помощью анализа экспрессии генов на недостаточность гормона роста (GHI) с использованием заранее заданных генов и алгоритма оценки рецидива. (В4) VII. Определить, существует ли значительная связь между риском рецидива и непрерывным 15-генным RS2, измеренным с помощью анализа экспрессии генов GHI с использованием заранее заданных генов и алгоритма оценки повторения второго поколения. (В4)

VIII. Оценить статус метилирования гомолога 1 mutL (MLH1), о-6-метилгуанин-ДНК-метилтрансферазы (MGMT) и синдрома Вернера (WRN) в опухолях, полученных от пациентов, включенных в обе группы лечения CALGB 89803. (В5)

IX. Определить экспрессию белков пути репарации ДНК, оцененную с помощью анализов полимеразной цепной реакции (MSP), специфической для метилирования, а также экспрессию белков репарации ДНК, которые, как известно, взаимодействуют с этими эпигенетически молчащими белками репарации ДНК, используя проверенные анализы иммунного окрашивания. (В5)

X. Распознавание генов цитозинфосфатгуанинового (CpG) островного метилирующего фенотипа (CIMP). (В5)

XI. Понять взаимосвязь между статусом метилирования опухолевых генов и эпигенетическим молчанием генов путей репарации ДНК. (В5)

XII. Изучить недавно идентифицированные прогностические биомаркеры (метилирование длинного перемежающегося нуклеотидного элемента 1 [LINE-1], фосфатидилинозитол-4,5-бисфосфат-3-киназа, мутация каталитической субъединицы альфа [PIK3CA], гомолог B1 вирусного онкогена v-raf мышиной саркомы [BRAF] мутация, экспрессия синтазы жирных кислот [FASN] и экспрессия рецептора витамина D [VDR]) при раке толстой кишки III стадии (CALGB 89803) с подробными данными об образе жизни, лечении и последующем наблюдении и соотносят их с выживаемостью. (В6)

ВТОРИЧНЫЕ ЦЕЛИ:

I. Определить связь типа и степени геномной нестабильности с микросателлитной нестабильностью и мутациями р53, которые ранее были охарактеризованы в этих опухолях докторами. Уоррен и Бертаньолли. (БИ 2)

II. Связи с другими маркерами будут определены в будущем, как только они будут охарактеризованы соавторами. (БИ 2)

III. Чтобы определить, предоставляет ли RS с 12 генами важную информацию, помимо клинических и патологических показателей, включая Т-стадию, статус системы репарации несоответствия (MMR), количество исследованных лимфатических узлов, степень опухоли и лимфоваскулярную инвазию. (В4)

IV. Определить, предоставляет ли 15-генный RS2 важную информацию помимо клинических и патологических измерений, включая стадию T, статус MMR, количество исследованных лимфатических узлов, степень опухоли и лимфоваскулярную инвазию. (В4)

V. Сравнить риск рецидива между группами с высоким и низким риском рецидива на основе заранее определенных пороговых значений процентиля для РС с 12 генами. (В4)

VI. Сравнить риск рецидива между группами с высоким и низким риском рецидива на основе предварительно заданных пороговых значений процентиля для RS2 с 15 генами. (В4)

VII. Определить для каждого из панели выбранных новых генов (до 768 генов) существует ли значительная связь между экспрессией генов и безрецидивным интервалом (RFI). (В4)

VIII. Определить связь CIMP и метилированных генов с другими генетическими изменениями и опухолеспецифическими характеристиками. (В5)

IX. Изучить влияние диеты и других факторов образа жизни на рецидив рака и связанную с лечением токсичность у пациентов, участвующих в этом исследовании. (В6)

КОНТУР:

Ранее собранные образцы тканей анализируют на наличие мутаций K-ras; сверхэкспрессия ЦОГ-2, фосфо-АКТ и VEGF; плотность микрососудов; связь геномной нестабильности с микросателлитной нестабильностью и мутациями р53; и статус метилирования MLH1, MGMT и WRN, а также для идентификации прогностических биомаркеров по гипометилированию LINE-1, мутации PIK3CA, мутации BRAF, экспрессии FASN и экспрессии VDR с помощью иммуногистохимии, полимеразной цепной реакции (ПЦР), ОТ-ПЦР и микрочипа.