Badanie próbek tkanek od pacjentów z rakiem okrężnicy w stadium II leczonych w ramach badania klinicznego CLB-9581

CELE NAJWAŻNIEJSZE:

I. Ocena wpływu utraty p21 i mutacji w p53 na związek między wyższym spożyciem zachodniego wzorca żywieniowego (objawiającego się wyższym spożyciem czerwonego mięsa i tłuszczu ogółem oraz niższym spożyciem wielonienasyconych kwasów tłuszczowych n-3, owoców i warzyw) a nawroty/śmiertelność raka okrężnicy. (B1)

II. Aby ocenić wpływ zmutowanego homologu onkogenu wirusowego mięsaka szczura Kirsten v-Ki-ras2 (K-ras), zmutowanego p53, forforylowanego (fosfo) -v-akt mysiego wirusowego onkogenu grasiczaka homologu 1 (Akt) i utraty p27 na związek między otyłością, aktywnością fizyczną i spożyciem glikemii w diecie a nawrotem/śmiertelnością raka okrężnicy. (B1)

III. Aby ocenić wpływ nowotworowej cyklooksygenazy-2 (COX-2) i nadekspresji czynnika wzrostu śródbłonka naczyniowego (VEGF), wysokiej gęstości mikronaczyń guza i nienaruszonego p21 na związek między stosowaniem aspiryny a nawrotem raka okrężnicy. (B1)

IV. Określenie związku typu i stopnia niestabilności genomu z wynikami klinicznymi raka okrężnicy w stadium III leczonych resekcją i chemioterapią uzupełniającą (CALGB 89803). (B2)

V. Ocena zdolności prognostycznej sygnatury ekspresji genów do stratyfikacji pacjentów z rakiem jelita grubego w stadium II na tych, u których wystąpi nawrót w ciągu pięciu lat po operacji (wysokie ryzyko) i tych, którzy doświadczą pięcioletniego przeżycia wolnego od choroby (niskie ryzyko), bez dodatkowego leczenia. (B3)

VI. Aby określić, czy istnieje istotny związek między ryzykiem nawrotu a ciągłą 12-genową oceną nawrotów (RS) mierzoną za pomocą testu ekspresji genów niedoboru hormonu wzrostu (GHI), przy użyciu wstępnie określonych genów i algorytmu Recurrence Score. (B4) VII. Aby określić, czy istnieje istotny związek między ryzykiem nawrotu a ciągłym 15-genowym RS2, mierzonym w teście GHI ekspresji genów, przy użyciu wcześniej określonych genów i algorytmu Recurrence Score drugiej generacji. (B4)

VIII. Ocena stanu metylacji homologu mutL 1 (MLH1), metylotransferazy DNA o-6-metyloguaniny (MGMT) i zespołu Wernera (WRN) w nowotworach uzyskanych od pacjentów włączonych do obu ramion leczenia CALGB 89803. (B5)

IX. Określ ekspresję białek szlaku naprawy DNA ocenianą za pomocą testów reakcji łańcuchowej polimerazy specyficznej dla metylacji (MSP), a także ekspresję białek naprawy DNA, o których wiadomo, że wchodzą w interakcje z tymi epigenetycznie wyciszonymi białkami naprawy DNA, za pomocą zwalidowanych testów immunobarwienia. (B5)

X. Rozpoznawanie genów cytozyny fosforanu guaniny (CpG) fenotypu metylatora wyspy (CIMP). (B5)

XI. Zrozumienie związku między stanem metylacji genów nowotworowych a epigenetycznym wyciszeniem genów szlaku naprawy DNA. (B5)

XII. Zbadanie nowo zidentyfikowanych biomarkerów prognostycznych (metylacja długiego przeplatanego elementu nukleotydowego 1 [LINE-1], kinaza 3-fosfatydyloinozytolo-4,5-bisfosforanowa, mutacja podjednostki katalitycznej alfa [PIK3CA], v-raf mysi wirusowy mięsak onkogenu homolog B1 [BRAF] mutacja, ekspresja syntazy kwasów tłuszczowych [FASN] i ekspresja receptora witaminy D [VDR]) w raku okrężnicy w stadium III (CALGB 89803) ze szczegółowymi danymi dotyczącymi stylu życia, leczenia i obserwacji oraz korelacji ich z przeżyciem. (B6)

CELE DODATKOWE:

I. Zdefiniowanie związku typu i zakresu niestabilności genomowej z niestabilnością mikrosatelitarną i mutacjami p53, które zostały wcześniej scharakteryzowane w tych nowotworach przez dr. Warrena i Bertagnollego. (B2)

II. Powiązania z innymi markerami zostaną określone w przyszłości, po scharakteryzowaniu ich przez współpracowników. (B2)

III. Aby określić, czy 12-genowy RS dostarcza istotnych informacji wykraczających poza pomiary kliniczne i patologiczne, w tym stadium T, status systemu naprawy niedopasowań (MMR), liczbę zbadanych węzłów chłonnych, stopień guza i inwazję naczyń limfatycznych. (B4)

IV. Aby określić, czy 15-genowy RS2 dostarcza istotnych informacji poza pomiarami klinicznymi i patologicznymi, w tym stadium T, status MMR, liczbę zbadanych węzłów chłonnych, stopień guza i inwazję naczyń limfatycznych. (B4)

V. Porównanie ryzyka nawrotu między grupami wysokiego i niskiego ryzyka nawrotu w oparciu o wcześniej określone percentylowe punkty odcięcia dla 12-genowego RS. (B4)

VI. Porównanie ryzyka nawrotu między grupami wysokiego i niskiego ryzyka nawrotu w oparciu o wcześniej określone percentylowe punkty odcięcia dla 15-genowego RS2. (B4)

VII. Określenie, dla każdego panelu wybranych nowych genów (do 768 genów), czy istnieje istotna zależność między ekspresją genów a okresem wolnym od nawrotów (RFI). (B4)

VIII. Aby zdefiniować związek genów CIMP i metylowanych z innymi zmianami genetycznymi i cechami specyficznymi dla nowotworu. (B5)

IX. Zbadanie wpływu diety i innych czynników związanych ze stylem życia na nawrót raka i toksyczność związaną z leczeniem u pacjentów uczestniczących w tym badaniu. (B6)

ZARYS:

Wcześniej pobrane próbki tkanek są analizowane pod kątem mutacji K-ras; nadekspresja COX-2, fosfo-AKT i VEGF; gęstość mikronaczyń; związek niestabilności genomowej z niestabilnością mikrosatelitarną i mutacjami p53; i status metylacji MLH1, MGMT i WRN oraz identyfikacja biomarkerów prognostycznych przez hipometylację LINE-1, mutację PIK3CA, mutację BRAF, ekspresję FASN i ekspresję VDR za pomocą immunohistochemii, reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), RT-PCR i mikromacierzy.