Studio di campioni di tessuto da pazienti con carcinoma del colon in stadio II trattati nella sperimentazione clinica CLB-9581

OBIETTIVI PRIMARI:

I. Valutare l'impatto della perdita di p21 e delle mutazioni di p53 sulla relazione tra una maggiore assunzione di un modello dietetico occidentale (manifestato da una maggiore assunzione di carne rossa e grassi totali e una minore assunzione di acidi grassi polinsaturi n-3, frutta e verdura) e recidiva/mortalità del cancro del colon. (B1)

II. Per valutare l'impatto dell'omologo dell'oncogene virale del sarcoma di ratto di Kirsten v-Ki-ras2 mutato (K-ras), della sovraespressione dell'omologo dell'oncogene virale del timoma murino 1 (Akt) di p53, fosforilato (fosforilato)-v-akt e della perdita di p27 sul relazione tra obesità, attività fisica e apporto glicemico dietetico e recidiva/mortalità del cancro del colon. (B1)

III. Valutare l'impatto della sovraespressione della cicloossigenasi-2 tumorale (COX-2) e del fattore di crescita dell'endotelio vascolare (VEGF), dell'elevata densità dei microvasi tumorali e della p21 intatta sulla relazione tra uso di aspirina e recidiva del cancro del colon. (B1)

IV. Definire l'associazione del tipo e dell'estensione dell'instabilità genomica con l'esito clinico nei tumori del colon in stadio III trattati con resezione e chemioterapia adiuvante (CALGB 89803). (B2)

V. Per valutare la capacità di una firma di espressione genica prognostica di stratificare i pazienti con carcinoma del colon-retto in stadio II in quelli che sperimenteranno una ricaduta entro cinque anni dopo l'intervento chirurgico (alto rischio) e quelli che sperimenteranno una sopravvivenza libera da malattia di cinque anni (basso rischio), senza ulteriori trattamenti. (B3)

VI. Per determinare se esiste una relazione significativa tra il rischio di recidiva e il punteggio di recidiva continua di 12 geni (RS) misurato dal dosaggio dell'insufficienza dell'ormone della crescita (GHI) dell'espressione genica, utilizzando i geni pre-specificati e l'algoritmo del punteggio di ricorrenza. (B4) VII. Determinare se esiste una relazione significativa tra il rischio di recidiva e l'RS2 continuo a 15 geni misurato dal saggio GHI dell'espressione genica, utilizzando i geni pre-specificati e l'algoritmo del punteggio di ricorrenza di seconda generazione. (B4)

VIII. Per valutare lo stato di metilazione di mutL omologo 1 (MLH1), o-6-metilguanina-DNA metiltransferasi (MGMT) e sindrome di Werner (WRN) nei tumori ottenuti da pazienti arruolati in entrambi i bracci di trattamento di CALGB 89803. (B5)

IX. Determinare l'espressione delle proteine ​​​​del percorso di riparazione del DNA valutate mediante test di reazione a catena della polimerasi specifici per la metilazione (MSP) nonché l'espressione di proteine ​​​​di riparazione del DNA che sono note per interagire con queste proteine ​​​​di riparazione del DNA silenziate epigeneticamente utilizzando test di immunocolorazione convalidati. (B5)

X. Riconoscimento dei geni del fenotipo del metilatore dell'isola di citosina fosfato guanina (CpG) (CIMP). (B5)

XI. Comprendere la relazione tra lo stato di metilazione del gene tumorale e il silenziamento epigenetico dei geni della via di riparazione del DNA. (B5)

XII. Per esaminare i biomarcatori prognostici recentemente identificati (metilazione dell'elemento 1 nucleotidico intersperso lungo [LINE-1], fosfatidilinositolo-4,5-bisfosfato 3-chinasi, mutazione della subunità catalitica alfa [PIK3CA], omologo B1 dell'oncogene virale del sarcoma murino v-raf [BRAF] mutazione, espressione dell'acido grasso sintasi [FASN] ed espressione del recettore della vitamina D [VDR]) nei tumori del colon in stadio III (CALGB 89803) con dati dettagliati sullo stile di vita, sul trattamento e sul follow-up e correlarli con la sopravvivenza. (SI6)

OBIETTIVI SECONDARI:

I. Definire l'associazione del tipo e dell'estensione dell'instabilità genomica con l'instabilità dei microsatelliti e le mutazioni di p53, che sono state precedentemente caratterizzate in questi tumori dai Drs. Warren e Bertagnolli. (B2)

II. Le associazioni con altri marcatori saranno determinate in un momento futuro una volta che saranno state caratterizzate dai collaboratori. (B2)

III. Per determinare se la RS a 12 geni fornisce informazioni significative oltre le misure cliniche e patologiche, tra cui lo stadio T, lo stato del sistema di riparazione del mismatch (MMR), il numero di linfonodi esaminati, il grado del tumore e l'invasione linfovascolare. (B4)

IV. Per determinare se l'RS2 a 15 geni fornisce informazioni significative oltre le misure cliniche e patologiche, tra cui stadio T, stato MMR, numero di linfonodi esaminati, grado del tumore e invasione linfovascolare. (B4)

V. Confrontare il rischio di recidiva tra i gruppi di rischio di recidiva alto e basso sulla base di punti di cut-point percentili pre-specificati per la RS a 12 geni. (B4)

VI. Per confrontare il rischio di recidiva tra i gruppi di rischio di recidiva alto e basso sulla base di punti di taglio percentile pre-specificati per il 15-gene RS2. (B4)

VII. Determinare, per ciascuno di un pannello di nuovi geni selezionati (fino a 768 geni), se esiste una relazione significativa tra espressione genica e intervallo libero da recidiva (RFI). (B4)

VIII. Definire l'associazione di CIMP e geni metilati con altre alterazioni genetiche e caratteristiche tumore-specifiche. (B5)

IX. Studiare l'influenza della dieta e di altri fattori dello stile di vita sulla recidiva del cancro e sulla tossicità correlata al trattamento nei pazienti che partecipano a questo studio. (SI6)

CONTORNO:

I campioni di tessuto precedentemente raccolti vengono analizzati per le mutazioni di K-ras; sovraespressione di COX-2, fosfo-AKT e VEGF; densità dei microvasi; associazione di instabilità genomica con instabilità microsatellite e mutazioni p53; e lo stato di metilazione di MLH1, MGMT e WRN e per identificare biomarcatori prognostici mediante ipometilazione LINE-1, mutazione PIK3CA, mutazione BRAF, espressione FASN ed espressione VDR tramite immunoistochimica, reazione a catena della polimerasi (PCR), RT-PCR e microarray.