Studium vzorků tkání od pacientů s rakovinou tlustého střeva stadia II léčených v klinické studii CLB-9581

PRIMÁRNÍ CÍLE:

I. Zhodnotit vliv ztráty p21 a mutací v p53 na vztah mezi vyšším příjmem západního způsobu stravování (projevujícím se vyšším příjmem červeného masa a celkového příjmu tuků a nižším příjmem n-3 polynenasycených mastných kyselin, příjmem ovoce a zeleniny) a recidiva/úmrtnost rakoviny tlustého střeva. (B1)

II. K vyhodnocení vlivu mutovaného homologu virového onkogenu potkaního sarkomu v-Ki-ras2 Kirsten (K-ras), mutovaného p53, forforylovaného (fosfo)-v-akt myšího thymomu virového onkogenu homologu 1 (Akt) nadměrné exprese a ztráty p27 na vztah mezi obezitou, fyzickou aktivitou a dietním glykemickým příjmem a recidivou/úmrtností rakoviny tlustého střeva. (B1)

III. Vyhodnotit vliv nadměrné exprese nádorové cyklooxygenázy-2 (COX-2) a vaskulárního endoteliálního růstového faktoru (VEGF), vysoké hustoty nádorových mikrocév a intaktního p21 na vztah mezi užíváním aspirinu a recidivou rakoviny tlustého střeva. (B1)

IV. Definovat asociaci typu a rozsahu genomové nestability s klinickým výsledkem u karcinomů tlustého střeva stadia III léčených resekcí a adjuvantní chemoterapií (CALGB 89803). (B2)

V. Zhodnotit schopnost prognostického podpisu genové exprese stratifikovat pacienty s kolorektálním karcinomem stadia II na ty, u kterých dojde k relapsu do pěti let po operaci (vysoké riziko) a na ty, kteří zažijí pětileté přežití bez onemocnění (nízké riziko), bez další léčby. (B3)

VI. Stanovit, zda existuje významný vztah mezi rizikem recidivy a kontinuálním skóre recidivy 12 genů (RS), měřeno testem genové exprese insuficience růstového hormonu (GHI), pomocí předem specifikovaných genů a algoritmu skóre recidivy. (B4) VII. Stanovit, zda existuje významný vztah mezi rizikem recidivy a kontinuálním 15genovým RS2, jak bylo měřeno testem genové exprese GHI, pomocí předem specifikovaných genů a algoritmu skóre rekurence druhé generace. (B4)

VIII. K posouzení stavu metylace mutL homologu 1 (MLH1), o-6-methylguanin-DNA methyltransferázy (MGMT) a Wernerova syndromu (WRN) v nádorech získaných od pacientů zařazených do obou léčebných ramen CALGB 89803. (B5)

IX. Určete expresi proteinů opravné dráhy DNA hodnocenou testy methylačně specifické polymerázové řetězové reakce (MSP) a také expresi proteinů opravy DNA, o kterých je známo, že interagují s těmito epigeneticky umlčenými opravnými proteiny DNA, pomocí validovaných testů imunobarvení. (B5)

X. Rozpoznání genů ostrovního metylátorového fenotypu (CIMP) cytosinfosfátguaninu (CpG). (B5)

XI. Pochopit vztah mezi stavem metylace nádorových genů a epigenetickým umlčením genů opravných drah DNA. (B5)

XII. Vyšetřit nově identifikované prognostické biomarkery (dlouhá methylace nukleotidového elementu 1 [LINE-1], fosfatidylinositol-4,5-bisfosfát 3-kináza, mutace katalytické podjednotky alfa [PIK3CA], homolog B1 virového onkogenu myšího sarkomu v-raf [BRAF] mutace, exprese syntázy mastných kyselin [FASN] a exprese receptoru vitamínu D [VDR]) u rakoviny tlustého střeva stadia III (CALGB 89803) s podrobnými údaji o životním stylu, léčbě a sledování a korelují je s přežitím. (B6)

DRUHÉ CÍLE:

I. Definovat asociaci typu a rozsahu genomové nestability s mikrosatelitní nestabilitou a mutacemi p53, které byly dříve u těchto nádorů charakterizovány Dr. Warren a Bertagnolli. (B2)

II. Asociace s jinými markery budou určeny někdy v budoucnu, jakmile budou charakterizovány spolupracovníky. (B2)

III. Stanovit, zda 12-genová RS poskytuje významné informace nad rámec klinických a patologických opatření, včetně stádia T, stavu systému opravy chyb (MMR), počtu vyšetřených lymfatických uzlin, stupně nádoru a lymfovaskulární invaze. (B4)

IV. Stanovit, zda 15-genový RS2 poskytuje významné informace nad rámec klinických a patologických opatření, včetně stadia T, stavu MMR, počtu vyšetřených lymfatických uzlin, stupně nádoru a lymfovaskulární invaze. (B4)

V. Porovnat riziko recidivy mezi skupinami s vysokým a nízkým rizikem recidivy na základě předem specifikovaných percentilových mezních hodnot pro 12genovou RS. (B4)

VI. Porovnat riziko recidivy mezi skupinami s vysokým a nízkým rizikem recidivy na základě předem specifikovaných percentilových mezních hodnot pro 15genový RS2. (B4)

VII. Pro každý z panelu vybraných nových genů (až 768 genů) určit, zda existuje významný vztah mezi genovou expresí a intervalem bez recidivy (RFI). (B4)

VIII. Definovat asociaci CIMP a metylovaných genů s jinými genetickými změnami a nádorově specifickými charakteristikami. (B5)

IX. Studovat vliv stravy a dalších faktorů životního stylu na recidivu rakoviny a toxicitu související s léčbou u pacientů účastnících se této studie. (B6)

OBRYS:

Dříve odebrané vzorky tkáně jsou analyzovány na mutace K-ras; nadměrná exprese COX-2, fosfo-AKT a VEGF; hustota mikrocév; asociace genomové nestability s mikrosatelitní nestabilitou a mutacemi p53; a methylačního stavu MLH1, MGMT a WRN a k identifikaci prognostických biomarkerů hypomethylací LINE-1, mutací PIK3CA, mutací BRAF, expresí FASN a expresí VDR prostřednictvím imunohistochemie, polymerázové řetězové reakce (PCR), RT-PCR a mikročipu.