Undersøgelse af vævsprøver fra patienter med stadium II tyktarmskræft behandlet i klinisk forsøg CLB-9581

PRIMÆRE MÅL:

I. At evaluere indvirkningen af ​​tab af p21 og mutationer i p53 på forholdet mellem højere indtag af et vestligt kostmønster (manifisteret ved højere rødt kød og totalt fedtindtag og lavere n-3 flerumættede fedtsyrer, frugt- og grøntsagsindtag) og tyktarmskræft tilbagefald/dødelighed. (B1)

II. For at evaluere virkningen af ​​muteret v-Ki-ras2 Kirsten rottesarkom viral onkogen homolog (K-ras), muteret p53, phosphoryleret (phospho)-v-akt murin thymoma viral onkogen homolog 1 (Akt) overekspression og p27 tab på sammenhæng mellem hver af fedme, fysisk aktivitet og diætglykæmisk indtag og tyktarmskræft tilbagefald/dødelighed. (B1)

III. For at evaluere virkningen af ​​tumoral cyclooxygenase-2 (COX-2) og vaskulær endothelial vækstfaktor (VEGF) overekspression, høj tumormikrokardensitet og intakt p21 på forholdet mellem brug af aspirin og tilbagefald af tyktarmskræft. (B1)

IV. At definere sammenhængen mellem type og omfang af genomisk ustabilitet med klinisk resultat i stadium III tyktarmskræft behandlet med resektion og adjuverende kemoterapi (CALGB 89803). (B2)

V. At vurdere evnen af ​​en prognostisk genekspressionssignatur til at stratificere stadium II kolorektal cancerpatienter til dem, der vil opleve tilbagefald inden for fem år efter operationen (høj risiko), og dem, der vil opleve fem års sygdomsfri overlevelse (lav risiko), uden yderligere behandling. (B3)

VI. For at bestemme, om der er en signifikant sammenhæng mellem risikoen for tilbagefald og den kontinuerte 12-gen gentagelsesscore (RS) målt ved væksthormoninsufficiens (GHI) assayet for genekspression ved hjælp af de forudspecificerede gener og gentagelsesscore-algoritmen. (B4) VII. For at bestemme, om der er en signifikant sammenhæng mellem risikoen for tilbagefald og det kontinuerlige 15-gen RS2 målt ved GHI-assayet for genekspression, ved hjælp af de forudspecificerede gener og anden generations gentagelsesscore-algoritme. (B4)

VIII. At vurdere methyleringsstatus for mutL homolog 1 (MLH1), o-6-methylguanin-DNA methyltransferase (MGMT) og Werner syndrom (WRN) i tumorer opnået fra patienter indskrevet i begge behandlingsarme af CALGB 89803. (B5)

IX. Bestem ekspressionen af ​​DNA-reparationsvejproteiner vurderet ved methyleringsspecifikke polymerasekædereaktionsassays (MSP) samt ekspressionen af ​​DNA-reparationsproteiner, der vides at interagere med disse epigenetisk dæmpede DNA-reparationsproteiner ved hjælp af validerede immunfarvningsassays. (B5)

X. Genkendelse af cytosinphosphat guanin (CpG) ø-methylator fænotype (CIMP) gener. (B5)

XI. At forstå forholdet mellem tumorgen-methyleringsstatus og epigenetisk dæmpning af DNA-reparationsvejsgener. (B5)

XII. At undersøge nyligt identificerede prognostiske biomarkører (lang interspersed nucleotid element 1 [LINE-1] methylering, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, katalytisk subunit alfa [PIK3CA] mutation, v-raf murine sarkom viral onkogen homolog B1 mutation, fedtsyresyntase [FASN] ekspression og vitamin D receptor [VDR] ekspression) i stadium III colon cancer (CALGB 89803) med detaljerede livsstils-, behandlings- og opfølgningsdata og korreler dem med overlevelse. (B6)

SEKUNDÆRE MÅL:

I. At definere sammenhængen mellem type og omfang af genomisk ustabilitet med mikrosatellit-ustabilitet og p53-mutationer, som tidligere er blevet karakteriseret i disse tumorer af Dr. Warren og Bertagnolli. (B2)

II. Associationer med andre markører vil blive fastlagt på et senere tidspunkt, når de er blevet karakteriseret af samarbejdspartnere. (B2)

III. For at bestemme, om 12-gen RS giver væsentlig information ud over kliniske og patologiske mål, herunder T-stadium, mismatch repair system (MMR) status, antal undersøgte lymfeknuder, tumorgrad og lymfovaskulær invasion. (B4)

IV. For at bestemme, om 15-genet RS2 giver væsentlig information ud over de kliniske og patologiske mål, herunder T-stadium, MFR-status, antal undersøgte lymfeknuder, tumorgrad og lymfovaskulær invasion. (B4)

V. At sammenligne risikoen for tilbagefald mellem høj og lav gentagelsesrisikogruppe baseret på forudspecificerede percentil-cut-points for 12-gen RS. (B4)

VI. At sammenligne risikoen for recidiv mellem høj og lav gentagelsesrisikogruppe baseret på forudspecificerede percentil cut-points for 15-genet RS2. (B4)

VII. At bestemme, for hvert af et panel af udvalgte nye gener (op til 768 gener), om der er en signifikant sammenhæng mellem genekspression og gentagelsesfrit interval (RFI). (B4)

VIII. At definere sammenhængen mellem CIMP og methylerede gener med andre genetiske ændringer og tumorspecifikke karakteristika. (B5)

IX. At studere indflydelsen af ​​kost og andre livsstilsfaktorer på kræfttilbagefald og behandlingsrelateret toksicitet hos patienter, der deltager i dette forsøg. (B6)

OMRIDS:

Tidligere indsamlede vævsprøver analyseres for K-ras mutationer; COX-2, phospho-AKT og VEGF overekspression; mikrokardensitet; association af genomisk ustabilitet med mikrosatellit-ustabilitet og p53-mutationer; og methyleringsstatus for MLH1, MGMT og WRN og at identificere prognostiske biomarkører ved LINE-1 hypomethylering, PIK3CA mutation, BRAF mutation, FASN ekspression og VDR ekspression via immunhistokemi, polymerase kædereaktion (PCR), RT-PCR og mikroarray.