Ландшафтное картирование эпитопов и рецепторов Т-клеток для отдельных видов рака (LANDMARC)

Клонирование генов, кодирующих Т-клеточный рецептор (TCR), идентификация опухолеассоциированных антигенов и последующая характеристика первого антигенного эпитопа, определяемого HLA-рестриктированными Т-клетками, были ключевыми открытиями, иллюстрирующими прямое распознавание раковых клеток Т-клетками. Эти открытия обеспечили механистическую основу для последующей работы по изучению динамической природы зависимого от лимфоцитов распознавания и элиминации опухолевых клеток. Кроме того, доклинические и клинические исследования иллюстрируют важную роль опосредованного Т-клетками противоопухолевого иммунитета при заболеваниях человека и характеризуют сложность связанных с раком иммунных реакций, которых не всегда достаточно для элиминации опухоли. Важно, однако, то, что терапевтическое воздействие на иммунную систему продемонстрировало способность иммуномодулирующих препаратов восстанавливать противоопухолевые иммунные реакции при лечении рака.

Присутствие лимфоцитов при различных видах рака у человека хорошо задокументировано, и Т-клетки, выделенные из опухолей, которые распознают раковые антигены, могут быть использованы для эффективного лечения. Т-клетки, выделенные из опухолей пациентов, могут быть размножены ex vivo и реинфузированы обратно пациентам в режиме клеточной терапии, называемом адоптивным переносом клеток (ACT). Эта ACT-терапия может быть дополнительно направлена ​​на специфические опухолевые антигены с генетическими манипуляциями с Т-клетками для экспрессии TCR, распознающих известные эпитопы p-HLA с доминирующей экспрессией на раковых клетках. Однако ландшафт эпитопов пептид-HLA (p-HLA) опухолеассоциированных антигенов и родственные им TCR недостаточно хорошо описаны, а те, которые были описаны, в основном ограничены только доминантным аллелем класса I HLA-A*02:01. в европейско-кавказских популяциях. Целью этого исследования является дальнейшее документирование ландшафта раковых эпитопов и предоставление всесторонней характеристики специфичности TCR при ряде злокачественных новообразований для широкого спектра аллелей HLA класса I и класса II. Кроме того, мы стремимся выяснить не только репертуары TCR, важные для противоопухолевого иммунитета, но и уточнить роль антигенпрезентирующих клеток в формировании этих репертуаров Т-клеток.

Задачи включают в себя идентификацию ассоциированных с раком/специфических антигенных эпитопов p-HLA и родственных им TCR, а также последующую структурную и функциональную характеристику этих TCR. Для достижения этой цели будут проанализированы иммунные клетки Т-, В- и миелоидной линии. Фенотипическая характеристика этих подмножеств клеток будет выполняться с использованием стандартных иммунологических процедур, таких как иммунофлуоресценция, иммуногистохимия, ELISA, ELISpot, qRT-PCR, аналитическая цитометрия, CyTOF (время пролета цитометрии) и стимуляция in vitro. Чтобы связать иммунные реакции с внутренней биологией раковых клеток, РНК и ДНК будут секвенированы для идентификации транскриптома и мутаций раковых клеток, а также уникальных последовательностей рецепторов Т-клеток. Результаты всех лабораторных анализов будут объединены с соответствующими клиническими данными. Любое подтверждение диагноза, типы тканей и другие клинические данные будут предоставлены патологоанатомами соответствующего очага заболевания в UHN.

Неполное понимание реакции Т-клеток на рак препятствует разработке более эффективных иммунотерапевтических средств. Открытие с использованием образцов опухолей у больных раком прояснит, как сложность окружения опухоли формирует специфичность Т-клеток, чтобы вызвать эффективные иммунные ответы, и способствовать нашей разработке более эффективных иммуномодулирующих терапевтических средств.