KRAJINNÉ mapování epitopů a T buněčných receptorů pro vybrané druhy rakoviny (LANDMARC)

Klonování genů kódujících receptor T lymfocytů (TCR), identifikace antigenů asociovaných s nádorem a následná charakterizace prvního antigenního epitopu definovaného T lymfocyty s omezením HLA byly klíčovými poznatky ilustrujícími přímé rozpoznání rakovinných buněk T lymfocyty. Tyto objevy poskytly mechanický základ pro následující práci zkoumající dynamickou povahu rozpoznávání a eliminace neoplastických buněk závislé na lymfocytech. Kromě toho preklinické a klinické výzkumy ilustrují důležitou roli protinádorové imunity zprostředkované T buňkami u lidských onemocnění a charakterizovaly složitost imunitních odpovědí spojených s rakovinou, které nejsou vždy dostatečné pro eliminaci nádoru. Důležité však je, že terapeutické cílení imunitního systému prokázalo sílu imunomodulačních léků pro obnovu protinádorových imunitních odpovědí při léčbě rakoviny.

Přítomnost lymfocytů u různých lidských rakovin je dobře zdokumentována a T buňky izolované z nádorů, které rozpoznávají rakovinné antigeny, mohou být využity pro účinnou léčbu. T buňky izolované z nádorů pacienta mohou být ex vivo expandovány a reinfundovány zpět pacientům v režimu buněčné terapie nazývané adoptivní přenos buněk (ACT). Tato ACT terapie může být dále zaměřena na specifické nádorové antigeny s genetickou manipulací T buněk k expresi TCR rozpoznávajících známé p-HLA epitopy s dominantní expresí na rakovinných buňkách. Avšak epitopová krajina peptid-HLA (p-HLA) nádorových antigenů a jejich příbuzné TCR nejsou dobře popsány a ty, které byly popsány, jsou primárně omezeny pouze na dominantní alelu třídy I HLA-A*02:01 v evropsko-kavkazských populacích. Účelem této studie je dále zdokumentovat krajinu epitopů rakoviny a poskytnout komplexní charakterizaci TCR specificit u řady malignit, pro širokou škálu alel HLA třídy I a třídy II. Kromě toho se snažíme objasnit nejen repertoáry TCR důležité pro protinádorovou imunitu, ale dále objasnit roli, kterou hrají buňky prezentující antigen při utváření těchto repertoárů T buněk.

Cíle zahrnují identifikaci epitopů p-HLA antigenu spojených s rakovinou a jejich příbuzných TCR a následnou strukturní a funkční charakterizaci těchto TCR. Pro splnění tohoto cíle budou analyzovány imunitní buňky T, B a myeloidní linie. Fenotypová charakterizace těchto podskupin buněk bude provedena pomocí standardních imunologických postupů, jako je imunofluorescence, imunohistochemie, ELISA, ELISpot, qRT-PCR, analytická cytometrie, CyTOF (cytometry time of flight) a stimulace in vitro. Aby se imunitní reakce spojily s vnitřní biologií rakovinných buněk, RNA a DNA budou sekvenovány, aby se identifikoval transkriptom a mutace rakovinných buněk, stejně jako jedinečné sekvence receptoru T buněk. Výsledky všech laboratorních analýz budou kombinovány s relevantními klinickými údaji. Jakékoli potvrzení diagnózy, typů tkání a další klinická data budou poskytnuta tak, jak jsou dostupná od patologů příslušného místa onemocnění v UHN.

Neúplné pochopení odpovědí T buněk na rakovinu brání vývoji účinnějších imunoterapeutik. Objev pomocí vzorků nádorů od pacientů s rakovinou objasní, jak složitost prostředí nádoru formuje specificitu T buněk, aby vyvolala účinné imunitní reakce a usnadnila náš vývoj lepších imunomodulačních terapeutik.