Jämförande 2D-tumöranalys i familjär gliom

Utredarna föreslår att man studerar de genetiska förändringarna hos patienter med familjärt gliom som det första steget för att identifiera genen/generna som orsakar dessa tumörer. Med informerat samtycke kommer DNA från tumör- och icke-tumörvävnad, histologiska sektioner, stamtavlor och detaljerad klinisk information att inhämtas för patienter med familjär gliom. En genomisk screeningmetod som heter 2D genomisk skanning kommer att användas. Skillnader som upptäcks mellan tumören och normala vävnader (blod, fibroblaster) kommer att identifiera händelser som inträffar i tumörprocessen. En jämförelse av händelserna i familjär och sporadiska gliom kommer att beskriva några av de vägar som misstänks vara involverade både i tumörinitiering och progression. Kortfattat amplifieras DNA-fragment med polymeraskedjereaktionen (PCR) från tumör och normal vävnad med användning av primrar utformade för att identifiera 100 till 1000 slumpmässiga ställen i genomet. PCR-primrarna kommer att hybridisera genom genomet och generera ett hanterbart antal korta PCR-produkter som detekteras genom gelelektrofores och autoradiografi. PCR för både tumör- och konstitutionella vävnader amplifieras genom 20 till 25 cykler för att säkerställa adekvat signal men för att undvika att gå in i en icke-exponentiell fas av PCR-amplifieringen. Produkterna radiomärks och körs sedan på en standard sekvenseringsgel. Det enda spåret innehållande märkta PCR-produkter skärs ut och läggs sedan över på en denaturerande graderingsgel med en 10 till 75 % gradering av denatureringsmedel. Det märkta DNA:t separeras sedan i den andra dimensionen och DNA:t detekteras genom Southern Transfer till nylonmembran eller genom geltorkning och direktexponeringsfilm. En direkt jämförelse av PCR-signaler från tumören och konstitutionell vävnad identifierar förlusten eller förstärkningen av signalen som återspeglar samma fenomen inom genomet. Isoleringen och karakteriseringen av fragment som konsekvent förändrats i gliom kommer att ge det första steget i sökandet efter gener som är ansvariga för initieringen och progressionen av gliom. På grund av samarbetet mellan utredare från olika centra i Kanada har de nuvarande utredarna en unik möjlighet att utföra studien på den största samlingen av familjär gliom i världen. De förväntar sig flera genomiska abnormiteter i varje tumör. Vissa av dessa kan ses hos flera patienter. Data kommer att analyseras i första hand med hjälp av beskrivande statistik, med frekvens av genetiska avvikelser på olika kromosomala platser beskrivna.