Genetiska och telomeregenskaper hos höggradiga mjukdelssarkom

Mål

Utredarna planerar en 2-årig pilotobservationsstudie för att:

• Identifiera och kvantifiera cirkulerande cellavgifts-DNA (cfDNA) i fall av mjukvävnadssarkom (STS)
• Undersök Telomere Maintenance Mechanisms (TMM) i STS.
• Använd TMM-associerade genetiska mutationer för att identifiera och kvantifiera tumörhärlett cfDNA i STS vid tidpunkten för tumörresektion och under uppföljningen
• Spåra tumörhärledda cfDNA-egenskaper ovan över tid och korrelera med kliniska resultat för att identifiera potentiella STS-biomarkörer. Hypoteser Baserat på fynd i andra cancerformer antas hypotesen att plasma-cfDNA kommer att kunna detekteras i fall av STS. Med tanke på den nyckelroll som upprätthållande av telomerlängd spelar i utveckling av cancerceller antar forskarna också att TMM-associerade mutationer kommer att finnas i tumörhärlett cfDNA, fungera som stabila markörer för STS-vävnad och därför öka i koncentration när lokalt återfall eller metastaserande sjukdom inträffar.

Tumörhärledd cfDNA-identifiering Om månader 0-3 kommer känsliga analyser för att rikta in sig på kända tumörspecifika mutationer att utvecklas. Genom att använda dessa på retrospektivt insamlade vävnader kommer utredarna att verifiera att cfDNA kan detekteras (och kvantifieras) i plasma från patienter med STS.

Analys av TMM i STS-vävnad Under månaderna 3-12 kommer tumörprover från varje prospektivt rekryterat prov att analyseras för att fastställa vilken TMM som är aktiverad i STS. Telomeras- och ALT-aktivitet kommer var och en att bedömas med publicerade laboratorietekniker.

Kvantifiering och karakterisering av TMM-associerade mutationer/tumörhärledd cfDNA Under 10-12 månader kommer kvantitativa polymeraskedjereaktionsbaserade analyser att utvecklas för att identifiera de TMM-associerade mutationer som befunnits vara vanligast i STS. Under månaderna 12-22 kommer dessa analyser att användas för att identifiera och kvantifiera dessa TMM-associerade mutationer (och därför även tumörhärledd cfDNA) i plasmaproverna som tas från varje prospektivt rekryterad patient vid tidpunkten för operationen och under hela uppföljningen.

Korrelation av cfDNA-egenskaper med kliniskt utfall Under månaderna 22-24 kommer cfDNA-koncentration, tumörhärledd cfDNA-koncentration och de genetiska egenskaperna hos båda att korreleras med kliniska utfallsmått inklusive lokalt återfall, metastaserande återfall och död för att bestämma dessa egenskapers potential som framtida biomarkörer .

Patientrekrytering/provtagning Patienter kommer att rekryteras genom East Midlands Sarcoma Service. Prover som redan är tillgängliga kommer att samlas in från två källor för att verifiera att cfDNA kan detekteras i STS: För det första kommer 20 patienter med metastaserande sjukdom att uppmanas att ge samtycke för retrospektiv analys av deras tumörvävnad som redan är arkiverad efter histologisk analys. Ett blodprov kommer också att tas från dessa patienter för analys. För det andra kommer varje STS-prov som redan lagrats i Nottingham Health Science Biobank, (Nottingham City Hospital) med ett tillhörande plasmaprov också lagrat (15 i skrivande stund) att analyseras.

För utredarna kommer återstående analys mellan månaderna 0-22 patienter med icke-metastaserande höggradiga STS som genomgår en planerad resektion lokalt att kontaktas för att delta. 2013 siffror tyder på att över 100 patienter kommer att vara berättigade till inkludering. Tumörvävnad, blod och opåverkade muskler och saliv (två källor för kontroll-DNA) kommer att samlas in vid tidpunkten för resektion. Upprepade blodprover kommer att samlas in 3 månader fram till slutet av rekryteringen.