Genetiske og telomere kjennetegn ved høykvalitets bløtvevssarkomer

Mål

Etterforskerne planlegger en 2-årig pilotobservasjonsstudie for å:

• Identifiser og kvantifiser sirkulerende celleavgifts-DNA (cfDNA) i tilfeller av bløtvevssarkom (STS)
• Undersøk Telomere Maintenance Mechanisms (TMM) i STS-er.
• Bruk TMM-assosierte genetiske mutasjoner for å identifisere og kvantifisere tumoravledet cfDNA i STS-er på tidspunktet for tumorreseksjon og gjennom oppfølgingen
• Spor de tumoravledede cfDNA-karakteristikkene ovenfor over tid og korreler med klinisk utfall for å identifisere potensielle STS-biomarkører. Hypoteser Basert på funn i andre kreftformer er det antatt at plasma-cfDNA vil kunne påvises i tilfeller av STS. Gitt nøkkelrollen telomerlengdevedlikehold spiller i kreftcelleutvikling, antar etterforskerne også at TMM-assosierte mutasjoner vil være tilstede i tumoravledet cfDNA, fungere som stabile markører for STS-vev, og derfor øke i konsentrasjon når lokal tilbakefall eller metastatisk sykdom oppstår.

Tumoravledet cfDNA-identifikasjon I løpet av måneder vil 0-3 sensitive analyser for å målrette kjente tumorspesifikke mutasjoner bli utviklet. Ved å bruke disse på retrospektivt innsamlet vev vil etterforskerne verifisere at cfDNA kan påvises (og kvantifiseres) i plasmaet til pasienter med STS.

Analyse av TMM i STS-vev I løpet av måneder vil 3-12 tumorprøver fra hver prospektivt rekruttert prøve bli analysert for å fastslå hvilken TMM som er aktivert i STS. Telomerase- og ALT-aktivitet vil hver bli vurdert ved publiserte laboratorieteknikker.

Kvantifisering og karakterisering av TMM-assosierte mutasjoner / tumoravledet cfDNA I løpet av 10-12 måneder vil kvantitative polymerasekjedereaksjonsbaserte analyser bli utviklet for å identifisere TMM-assosierte mutasjoner som er funnet å være mest utbredt i STS. I månedene 12-22 vil disse assayene bli brukt til å identifisere og kvantifisere disse TMM-assosierte mutasjonene (og derfor også tumoravledet cfDNA) i plasmaprøvene tatt fra hver prospektivt rekruttert pasient ved operasjonstidspunktet og gjennom oppfølgingen.

Korrelasjon av cfDNA-karakteristikker med klinisk utfall I månedene 22-24 vil cfDNA-konsentrasjon, tumoravledet cfDNA-konsentrasjon og de genetiske egenskapene til begge være korrelert med klinisk utfallsmål inkludert lokalt tilbakefall, metastatisk tilbakefall og død for å bestemme disse egenskapenes potensiale som fremtidige biomarkører .

Pasientrekruttering / prøveinnsamling Pasienter vil bli rekruttert gjennom East Midlands Sarcoma Service. Prøver som allerede er tilgjengelige vil bli samlet inn fra 2 kilder for å bekrefte at cfDNA kan påvises i STS: Først vil 20 pasienter med metastatisk sykdom bli bedt om å gi samtykke til retrospektiv analyse av deres tumorvev som allerede er arkivert etter histologisk analyse. Det vil også bli tatt en blodprøve fra disse pasientene for analyse. For det andre vil hver STS-prøve som allerede er lagret i Nottingham Health Science Biobank, (Nottingham City Hospital) med en tilhørende plasmaprøve også lagret (15 i skrivende stund) bli analysert.

For etterforskerne vil gjenværende analyse mellom måneder 0-22 pasienter med ikke-metastatiske høygradige STS som gjennomgår en planlagt reseksjon lokalt bli kontaktet for å delta. Tall fra 2013 antyder at over 100 pasienter vil være kvalifisert for inkludering. Tumorvev, blod og upåvirket muskel og spytt (2 kilder til kontroll-DNA) vil bli samlet ved reseksjonstidspunktet. Gjentatte blodprøver vil bli tatt 3 månedlig frem til slutten av rekrutteringen.