Genetické a telomerní charakteristiky vysoce kvalitních sarkomů měkkých tkání

Cíle

Vyšetřovatelé plánují dvouletou pilotní pozorovací studii s cílem:

• Identifikujte a kvantifikujte cirkulující DNA z buněčného poplatku (cfDNA) v případech sarkomu měkkých tkání (STS)
• Prozkoumejte mechanismy údržby telomer (TMM) v STS.
• Použijte genetické mutace spojené s TMM k identifikaci a kvantifikaci cfDNA odvozené z nádoru v STS v době resekce nádoru a během sledování
• Sledujte charakteristiky cfDNA odvozené od nádoru výše v průběhu času a korelujte s klinickým výsledkem, abyste identifikovali potenciální biomarkery STS Hypotézy Na základě zjištění u jiných druhů rakoviny se předpokládá, že cfDNA v plazmě bude detekovatelná v případech STS. Vzhledem ke klíčové roli, kterou hraje udržování délky telomer ve vývoji rakovinných buněk, vědci také předpokládají, že mutace spojené s TMM budou přítomny v cfDNA odvozené od nádoru, budou působit jako stabilní markery tkáně STS, a proto se koncentrace zvýší, když dojde k lokální recidivě nebo metastatickému onemocnění.

Identifikace cfDNA odvozené od nádoru V měsících 0-3 budou vyvinuty citlivé testy zaměřené na známé nádorově specifické mutace. Pomocí těchto na retrospektivně odebraných tkáních výzkumníci ověří, že cfDNA může být detekována (a kvantifikována) v plazmě pacientů s STS.

Analýza TMM v tkáni STS V měsících 3-12 budou analyzovány vzorky nádoru z každého prospektivně získaného vzorku, aby se zjistilo, který TMM ​​je aktivován v STS. Aktivita telomerázy a ALT bude hodnocena publikovanými laboratorními technikami.

Kvantifikace a charakterizace mutací souvisejících s TMM / cfDNA odvozené od nádoru V 10. až 12. měsíci budou vyvinuty kvantitativní testy založené na řetězové polymerázové reakci, aby se identifikovaly mutace spojené s TMM, které se nejvíce vyskytují u STS. V měsících 12-22 budou tyto testy použity k identifikaci a kvantifikaci těchto mutací spojených s TMM (a tedy také cfDNA odvozené z nádoru) ve vzorcích plazmy odebraných od každého prospektivně přijatého pacienta v době operace a během sledování.

Korelace charakteristik cfDNA s klinickým výsledkem Ve 22.–24. měsíci bude koncentrace cfDNA, koncentrace cfDNA odvozená z nádoru a genetické charakteristiky obou korelovány s mírou klinického výsledku včetně lokální recidivy, metastatické recidivy a smrti, aby se určil potenciál těchto charakteristik jako budoucích biomarkerů .

Nábor pacientů / odběr vzorků Pacienti budou náborováni prostřednictvím služby East Midlands Sarcoma Service. Již dostupné vzorky budou odebrány ze 2 zdrojů, aby se ověřilo, že cfDNA může být detekována v STS: Nejprve bude 20 pacientů s metastatickým onemocněním požádáno o udělení souhlasu s retrospektivní analýzou jejich nádorové tkáně již archivované po histologické analýze. Od těchto pacientů bude také odebrán jeden vzorek krve pro analýzu. Za druhé bude analyzován každý vzorek STS již uložený v Nottingham Health Science Biobank (Nottingham City Hospital) s doprovodným vzorkem plazmy, který je rovněž uložen (15 v době psaní tohoto článku).

Pro zkoušející zbývající analýzu mezi měsíci 0-22 bude osloveno k účasti 22 pacientů s nemetastatickými STS vysokého stupně podstupujících plánovanou resekci lokálně. Údaje z roku 2013 naznačují, že pro zařazení bude způsobilých více než 100 pacientů. Nádorová tkáň, krev a nepostižený sval a sliny (2 zdroje kontrolní DNA) budou odebrány v době resekce. Opakované vzorky krve budou odebírány 3 měsíčně až do konce náboru.