Genetische en telomere kenmerken van hoogwaardige wekedelensarcomen

Doelstellingen

De onderzoekers plannen een 2 jaar durende pilot observationele studie om:

• Identificeer en kwantificeer circulerend cell-fee DNA (cfDNA) in gevallen van wekedelensarcoom (STS)
• Onderzoek telomere onderhoudsmechanismen (TMM) in STS's.
• Gebruik TMM-geassocieerde genetische mutaties om tumor-afgeleid cfDNA in STS's te identificeren en te kwantificeren op het moment van tumorresectie en tijdens de follow-up
• Volg de van de tumor afgeleide cfDNA-kenmerken hierboven in de loop van de tijd en correleer met de klinische uitkomst om potentiële STS-biomarkers te identificeren. Hypothesen Op basis van bevindingen bij andere kankers wordt verondersteld dat plasma-cfDNA detecteerbaar zal zijn in gevallen van STS. Gezien de sleutelrol die het onderhoud van telomeerlengte speelt bij de ontwikkeling van kankercellen, veronderstellen de onderzoekers ook dat TMM-geassocieerde mutaties aanwezig zullen zijn in van tumor afgeleid cfDNA, als stabiele markers van STS-weefsel zullen werken en daarom in concentratie toenemen als lokaal recidief of gemetastaseerde ziekte optreedt.

Tumor-afgeleide cfDNA-identificatie In maanden 0-3 zullen gevoelige assays worden ontwikkeld om bekende tumorspecifieke mutaties aan te pakken. Met behulp van deze op retrospectief verzamelde weefsels zullen de onderzoekers verifiëren dat cfDNA kan worden gedetecteerd (en gekwantificeerd) in het plasma van patiënten met STS.

Analyse van TMM's in STS-weefsel In de maanden 3-12 zullen tumormonsters van elk prospectief gerekruteerd monster worden geanalyseerd om vast te stellen welke TMM in STS's is geactiveerd. Telomerase- en ALT-activiteit zullen elk worden beoordeeld door middel van gepubliceerde laboratoriumtechnieken.

Kwantificering en karakterisering van TMM-geassocieerde mutaties / van tumor afgeleid cfDNA In de maanden 10-12 zullen kwantitatieve op polymerasekettingreactie gebaseerde assays worden ontwikkeld om de TMM-geassocieerde mutaties te identificeren die het meest voorkomen in STS's. In de maanden 12-22 zullen deze assays worden gebruikt om deze TMM-geassocieerde mutaties (en dus ook tumor-afgeleid cfDNA) te identificeren en te kwantificeren in de plasmamonsters die zijn genomen van elke prospectief gerekruteerde patiënt op het moment van de operatie en tijdens de follow-up.

Correlatie van cfDNA-kenmerken met klinisch resultaat In maanden 22-24 zullen cfDNA-concentratie, tumor-afgeleide cfDNA-concentratie en de genetische kenmerken van beide worden gecorreleerd met klinische uitkomstmaat waaronder lokaal recidief, gemetastaseerd recidief en overlijden om het potentieel van deze kenmerken als toekomstige biomarkers te bepalen .

Werving van patiënten / monsterverzameling Patiënten worden geworven via de East Midlands Sarcoma Service. Reeds beschikbare monsters zullen worden verzameld uit 2 bronnen om te verifiëren dat cfDNA kan worden gedetecteerd in STS's: Ten eerste zullen 20 patiënten met gemetastaseerde ziekte worden gevraagd om toestemming te geven voor retrospectieve analyse van hun tumorweefsel dat al is gearchiveerd na histologische analyse. Bij deze patiënten zal ook één bloedmonster worden afgenomen voor analyse. Ten tweede zal elk STS-monster dat al is opgeslagen in de Nottingham Health Science Biobank, (Nottingham City Hospital) met een bijbehorend plasmamonster dat ook is opgeslagen (15 op het moment van schrijven) worden geanalyseerd.

Voor de resterende analyse van de onderzoekers tussen maanden 0-22 patiënten met niet-gemetastaseerde hoogwaardige STS's die lokaal een geplande resectie ondergaan, zullen worden benaderd om deel te nemen. Cijfers uit 2013 suggereren dat meer dan 100 patiënten in aanmerking zullen komen voor opname. Tumorweefsel, bloed en onaangetaste spieren en speeksel (2 bronnen van controle-DNA) worden verzameld op het moment van resectie. Herhaalde bloedmonsters zullen 3 maandelijks worden verzameld tot het einde van de werving.