Denna sida har översatts automatiskt och översättningens korrekthet kan inte garanteras. Vänligen se engelsk version för en källtext.

Pilotprojekt: Amplicon och Metatranscriptomic Study of Intra och Extra Intestinal Microbiome in Non-infectious Uveit Disease

15 oktober 2019 uppdaterad av: Ratna Sitompul, Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

Pilotprojekt: Amplicon och Metatranscriptomic nästa generations sekvensering av prover från intra- och extraintestinala mikrobiom hos icke-infektiösa uveitpatienter för att dechiffrera möjlig uveitpatogenes

Denna studie syftade till att upptäcka sammansättningen av mikrobiomet på flera platser i människokroppen; och för att ta reda på skillnaden i mikrobiomsammansättning på ögonvätska, blod och avföring före och efter behandling hos uveitpatienter med en historia av autoimmun sjukdom (Behcet och Vogt-Koyanagi-Harada) och idiopatisk uveit

Studieöversikt

Status

Okänd

Betingelser

Detaljerad beskrivning

Tarmmikrobiomet har studerats flitigt över hela världen, och det är övertygat om att tarmmikrobiomet spelar en viktig roll i många mänskliga sjukdomar. I en publicerad recension visade förekomsten av mikrober i blod från en patient som led av icke-smittsamma sjukdomar. Mikroberna finns i vilande eller inte omedelbart odlingsbara tillstånd som om blod är en "steril" miljö. Det hävdades att svårigheten att odla mikrober från blodet kom från den begränsade förståelsen av lämpliga tillväxt-/isoleringsmedier för mikroberna som skulle odlas. Denna begränsning kan övervinnas med sekvensbaserade metoder för att detektera icke-prolifererande mikrober. Närvaron av mikrober i blod kan också observeras med ultrastrukturella (mikroskopiska) metoder. Genom de mikroskopiska observationerna bevittnade den närvaron av kocker- och bacillformade bakterier som uppvisar närhet till (röda blodkroppar) RBC hos provblodpatienter med Alzheimers eller Parkinsons sjukdom. Förekomsten av mikrober på andra platser än deras normala lokalisering anger av termen "atopobios". Förekomsten av mikrober i blodet misstänkt som ett resultat av translokation mellan tarmen till blodet.

Därför är vi, enligt nuvarande kunskap om mikrobiomföreningen och de mänskliga sjukdomarna, ivriga att genomföra ett pilotprojekt som ger en heltäckande bild av sambandet mellan mikrobiomet och uveitsjukdomen delvis icke-infektiös och idiopatisk uveit. Vi kommer att undersöka mikrobiomprofilering i tarm och extratarm hos uveitpatienter före och efter behandling för att se om någon förändring av mikrobiell förekomst vid två distinkta kliniska tillstånd delvis hos uveitpatienter med autoimmun sjukdomshistoria (Behcet och Vogt-Koyanagi-Harada) och idiopatisk uveit. Ett annat syfte med denna studie är att utforska alla patogena mikroorganismer som finns i uveitpatienter prover utförda med en sekvensbaserad metod.

Studietyp

Observationell

Inskrivning (Förväntat)

Kontakter och platser

Det här avsnittet innehåller kontaktuppgifter för dem som genomför studien och information om var denna studie genomförs.

Studieorter

Indonesien
- Jakarta
  - Jakarta Pusat, Jakarta, Indonesien, 10320
    - RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (Cipto Mangunkusumo Hospital)

Deltagandekriterier

Forskare letar efter personer som passar en viss beskrivning, så kallade behörighetskriterier. Några exempel på dessa kriterier är en persons allmänna hälsotillstånd eller tidigare behandlingar.

Urvalskriterier

Åldrar som är berättigade till studier

18 år och äldre (VUXEN, OLDER_ADULT)

Tar emot friska volontärer

Kön som är behöriga för studier

Allt

Testmetod

Icke-sannolikhetsprov

Studera befolkning

Icke-infektiösa och idiopatiska uveitpatienter registrerade från november 2019 på Cipto Mangunkusumo Hospital, Indonesien.

Beskrivning

Inklusionskriterier:

Ny patient registrerad på Cipto Mangunkusumo sjukhus sedan november 2019
Patient diagnostiserad med icke-infektiös uveit (med Behcet, VKH-historia)
Patient idiopatisk uveit (visats ha negativa resultat genom tillgängliga etiologiska uveitupparbetningar)
Minimiålder: 18 år
Upplev aktiv inflammation under de senaste 180 dagarna och eller under patientregistrering enligt Standard Uveit Nomenclature (SUN) riktlinjer, i minst:
- lika och eller fler än 2+ främre kammarceller
- lika och eller mer än 2+ glasaktig dis och/eller
- aktiva retinala/koroidala lesioner

Exklusions kriterier:

patienter hade tagit probiotikatillskott eller antibiotika 3 månader före provtagningen
eller som upplever långvarig diarré eller förstoppning
eller genomgått gastrointestinala operationer
har någon form av malignitet
har en systemisk sjukdom såsom högt blodtryck, fetma, inflammatorisk tarmsjukdom eller diabetes.
Håller inte med om att underteckna informerat samtycke
Uveit har visat sig vara ett smittsamt ursprung
Gravid patient
Förlust att följa upp patienten

Friska frivilliga rekryteras till denna studie efter att ha gett sitt samtycke med följande inklusionskriterier:

ålder: 18-50 år (man/kvinna)
har inga hälsoproblem eller symtom
inte i några långvariga mediciner
har ingen historia av allergi
villig att samarbeta i studien
tillstånd av fullständigt fysiskt, mentalt och socialt välbefinnande

Studieplan

Det här avsnittet ger detaljer om studieplanen, inklusive hur studien är utformad och vad studien mäter.

Hur är studien utformad?

Designdetaljer

Vad mäter studien?

Primära resultatmått

Resultatmått	Åtgärdsbeskrivning	Tidsram
Differential riklig taxonomiska grupper bakteriell Tidsram: 0, 6 veckor	Primern som används i denna amplikonstudie är inriktad på 16S rRNA-genregion V3-V4 för att detektera bakteriell mångfald i proverna. Sekvenseringen kommer att genereras av Illumina enligt standardprotokoll. Tidigare filter utförs med Prinseq-lite, sedan tar chimära sekvenser bort med Usearch61 och lämnar över avläsningarna av hög kvalitet. Den (operativa taxonomiska enheten) OTU väljs med hjälp av ett bioinformatiskt verktyg (Quantitative Insights Into Microbial Ecology - QIIME). Taxonomisk klassificering för de novo OTU-klustring kommer att genereras med öppen källkodspaket för bioinformatisk databehandling. Shanon-diversitet, Simpson-index kommer att undersökas för beräkning av alfa-diversitet. Och sedan kommer vi att göra identifiering av differentiella rikliga taxonomiska grupper. Och gör analys korrelation nätverk mellan bakteriesläkten bland två kliniska tillstånd (före och efter att ha fått oral steroid) i förhållande till hälsokontroll.	0, 6 veckor

Sekundära resultatmått

Resultatmått	Åtgärdsbeskrivning	Tidsram
Detektion av patogen mikroorganism i prover Tidsram: 0, 6 veckor	I denna studie kommer vi att använda IDseq Portal, en ny bioinformatikplattform som är designad för att detektera mikrober från metagenomiska data. Denna analys kommer att tillämpas i alla typer av prover (avföring, blod och kammarvatten). Vi förväntar oss att hitta någon specifik mikrobiom (bakterie/svamp/virus) signatur i prover av patientens uveit.	0, 6 veckor

Samarbetspartners och utredare

Det är här du hittar personer och organisationer som är involverade i denna studie.

Sponsor

Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

Utredare

Huvudutredare: Ratna Sitompul, Professor, RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM)

Studieavstämningsdatum

Dessa datum spårar framstegen för inlämningar av studieposter och sammanfattande resultat till ClinicalTrials.gov. Studieposter och rapporterade resultat granskas av National Library of Medicine (NLM) för att säkerställa att de uppfyller specifika kvalitetskontrollstandarder innan de publiceras på den offentliga webbplatsen.

Studera stora datum

Studiestart (FÖRVÄNTAT)

1 november 2019

Primärt slutförande (FÖRVÄNTAT)

30 juli 2020

Avslutad studie (FÖRVÄNTAT)

30 juli 2020

Studieregistreringsdatum

Först inskickad

11 oktober 2019

Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna