Pilottiprojekti: Amplicon- ja metatranskriptominen suolen sisäisen ja ulkoisen mikrobiomin tutkimus ei-tarttuvassa uveiittitaudissa
Pilottiprojekti: Amplikoni ja metatranskriptominen seuraavan sukupolven näytteiden sekvensointi suolen sisäisestä ja ulkoisesta mikrobiomista ei-tarttuvien uveiittipotilaiden osalta mahdollisen uveiitin patogeneesin selvittämiseksi
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Yksityiskohtainen kuvaus
Suoliston mikrobiomia on tutkittu laajasti ympäri maailmaa, ja se on vakuuttunut siitä, että suoliston mikrobiomilla on olennainen rooli monissa ihmisten sairauksissa. Julkaistussa katsauksessa osoitti mikrobien esiintymisen tarttumattomasta taudista kärsineen potilaan veressä. Mikrobit ovat lepotilassa tai ei-välittömästi viljeltävissä ikään kuin veri olisi "steriili" ympäristö. Väitettiin, että mikrobien viljelyn vaikeus verestä johtui rajallisesta ymmärryksestä sopivista kasvu-/eristysväliaineista viljeltäville mikrobeille. Tämä rajoitus voidaan voittaa sekvensoituihin perustuvilla menetelmillä ei-proliferoituvien mikrobien havaitsemiseksi. Mikrobien esiintyminen veressä voidaan havaita myös ultrastrukturaalisilla (mikroskooppisilla) menetelmillä. Mikroskooppisten havaintojen avulla se havaitsi kokki- ja basillimuotoisten bakteerien läsnäolon, jotka ovat lähellä (punasolujen) punasoluja Alzheimerin tai Parkinsonin tautia sairastavilla potilailla, jotka otettiin verinäytteeksi. Mikrobien esiintyminen muissa kuin niiden normaalissa sijaintipaikassa ilmaistaan termillä "atopobioosi". Mikrobien esiintyminen veressä, jonka epäillään johtuvan siirtymisestä suolen välillä vereen.
Siksi mikrobiomiyhdistyksen ja ihmisten sairauksien nykyisen tietämyksen mukaan olemme innokkaita toteuttamaan pilottiprojektin, joka antaa kattavan kuvan mikrobiomin ja uveiittisairauden välisestä yhteydestä osittain ei-tarttuvan ja idiopaattisen uveiitin välillä. Tutkimme mikrobiomiprofilointia uveiittipotilaiden suolistossa ja suolen ulkopuolisessa osassa ennen hoitoa ja sen jälkeen nähdäksemme, onko mikrobien runsaudessa muutoksia kahdessa erillisessä kliinisessä tilassa osittain uveiittipotilailla, joilla on ollut autoimmuunisairaus (Behcet ja Vogt-Koyanagi-Harada) ja idiopaattinen uveiitti. Tämän tutkimuksen toinen tavoite on tutkia kaikkia patogeenisiä mikro-organismeja, joita esiintyy uveiittipotilaiden näytteissä sekvensoituun perustuvalla menetelmällä.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Odotettu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Ratna Sitompul, Professor
- Puhelinnumero: +628118009911
- Sähköposti: ratna_sitompul@yahoo.com
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Rina La Distia Nora, PhD
- Puhelinnumero: +62811198910
- Sähköposti: rina.ladistia@ui.ac.id
Opiskelupaikat
-
-
Jakarta
-
Jakarta Pusat, Jakarta, Indonesia, 10320
- RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (Cipto Mangunkusumo Hospital)
-
Ottaa yhteyttä:
- RSCM Kirana
- Puhelinnumero: +622131902885
- Sähköposti: kolit.rscmkirana@gmail.com
-
Ottaa yhteyttä:
- Divisi IIM RSCM Kirana
- Puhelinnumero: +6285781170297
- Sähköposti: iim.rscmkirana@gmail.com
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Uusi potilas rekisteröity Cipto Mangunkusumo Hospitaliin marraskuusta 2019 lähtien
- Potilaalla, jolla on diagnosoitu ei-tarttuva uveiitti (Behcet, VKH-historia)
- Potilaan idiopaattinen uveiitti (käytettävissä olevissa etiologisissa uveiittitutkimuksissa on osoitettu olevan negatiivinen tulos)
- Alaikäraja: 18 vuotta
Sinulla on ollut aktiivinen tulehdus viimeisten 180 päivän aikana ja/tai potilasrekisteröinnin aikana standardin uveiittinimikkeistön (SUN) ohjeiden mukaisesti, vähintään:
- yhtä suuri tai enemmän kuin 2+ etukammion solua
- yhtä suuri ja tai enemmän kuin 2+ lasiaisen sameutta ja/tai
- aktiiviset verkkokalvon / suonikalvon vauriot
Poissulkemiskriteerit:
- potilaat olivat saaneet probiootteja tai antibiootteja 3 kuukautta ennen näytteenottoa
- tai joilla on pitkittynyt ripuli tai ummetus
- tai jolle on tehty maha-suolikanavan leikkaus
- jolla on minkäänlainen pahanlaatuisuus
- joilla on systeeminen sairaus, kuten verenpainetauti, liikalihavuus, tulehduksellinen suolistosairaus tai diabetes.
- Eri mieltä allekirjoittamasta tietoon perustuvaa suostumusta
- Uveiitin on osoitettu olevan tarttuva alkuperä
- Raskaana oleva potilas
- Potilaan seurannan menetys
Terveitä vapaaehtoisia rekrytoidaan tähän tutkimukseen saatuaan suostumuksensa seuraavilla osallistumiskriteereillä:
- ikä: 18-50 vuotta (mies/nainen)
- joilla ei ole terveysongelmia tai -oireita
- ei missään pitkäaikaisessa lääkkeessä
- jolla ei ole allergiahistoriaa
- halukas tekemään yhteistyötä tutkimuksessa
- täydellisen fyysisen, henkisen ja sosiaalisen hyvinvoinnin tila
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Differentiaaliset runsaat taksonomiset ryhmät bakteerit
Aikaikkuna: 0, 6 viikkoa
|
Tässä amplikonitutkimuksessa käytetty aluke on kohdistettu 16S-rRNA-geenialueelle V3-V4 bakteerien monimuotoisuuden havaitsemiseksi näytteissä.
Illumina luo sekvensoinnin vakioprotokollan mukaisesti.
Aiempi suodatin suoritetaan Prinseq-litellä, sitten kimeeriset sekvenssit poistetaan Usearch61:n avulla ja jätetään korkealaatuiset lukemat.
(Operational taksonominen yksikkö) OTU poimitaan käyttämällä bioinformaattista työkalua (Quantitative Insights Into Microbial Ecology - QIIME).
Taksonominen luokittelu de novo OTU -klusterointiin luodaan käyttämällä avoimen lähdekoodin ohjelmistopakettia bioinformatiikan tietojenkäsittelyyn.
Shanonin monimuotoisuutta, Simpson-indeksiä tutkitaan alfadiversiteetin laskemiseksi.
Ja sitten tunnistamme erilaiset runsaat taksonomiset ryhmät.
Ja tee analyysi korrelaatioverkosto bakteerisukujen välillä kahden kliinisen tilan (ennen ja jälkeen oraalista steroidia) suhteessa terveydenhuoltoon.
|
0, 6 viikkoa
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Patogeenisten mikro-organismien havaitseminen näytteistä
Aikaikkuna: 0, 6 viikkoa
|
Tässä tutkimuksessa aiomme käyttää IDseq Portalia, uutta bioinformatiikka-alustaa, joka on suunniteltu mikrobien havaitsemiseen metagenomisista tiedoista.
Tätä analyysiä käytetään kaikentyyppisissä näytteissä (uloste, veri ja nestemäinen neste).
Odotamme löytävämme spesifisen mikrobiomin (bakteeri/sieni/virus) allekirjoituksen uveiittipotilaan näytteistä.
|
0, 6 viikkoa
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Tutkijat
- Päätutkija: Ratna Sitompul, Professor, RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM)
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (ODOTETTU)
Ensisijainen valmistuminen (ODOTETTU)
Opintojen valmistuminen (ODOTETTU)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (TODELLINEN)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (TODELLINEN)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
- Sydän-ja verisuonitaudit
- Verisuonisairaudet
- Hermoston sairaudet
- Ihosairaudet
- Immuunijärjestelmän sairaudet
- Hermoston autoimmuunisairaudet
- Autoimmuunisairaudet
- Silmäsairaudet
- Geneettiset sairaudet, synnynnäiset
- Stomatognaattiset sairaudet
- Suun sairaudet
- Uvealin sairaudet
- Vaskuliitti
- Perinnölliset autoinflammatoriset sairaudet
- Ihosairaudet, geneettiset
- Ihotaudit, verisuonisairaudet
- Suonirauhasen sairaudet
- Suonikalvontulehdus
- Iriksen sairaudet
- Behcetin oireyhtymä
- Uveiitti
- Uveomeningoenkefaliittinen oireyhtymä
- Uveiitti, takaosa
- Panuveiitti
- Uveiitti, keskitaso
- Pars Planitis
- Uveiitti, etuosa
- Iridosykliitti
Muut tutkimustunnusnumerot
- 19-05-0624
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .