试点项目:非感染性葡萄膜炎肠道内外微生物组的扩增子和元转录组学研究
试点项目:对非感染性葡萄膜炎患者肠内和肠外微生物组样本进行扩增子和宏转录组下一代测序,以破译葡萄膜炎发病机制的可能性
研究概览
详细说明
肠道微生物组已在全球范围内得到广泛研究,并且确信肠道微生物组在许多人类疾病中起着至关重要的作用。 在一篇已发表的评论中显示,一名患有非传染性疾病的患者血液中存在微生物。 微生物以休眠或不能立即培养的状态存在,就好像血液是一个“无菌”环境。 有人认为,从血液中培养微生物的困难在于对适合待培养微生物的生长/隔离培养基的了解有限。 这种限制可以通过基于序列的检测非增殖微生物的方法来克服。 血液中微生物的存在也可以通过超微结构(显微镜)方法观察。 通过显微镜观察,它见证了阿尔茨海默氏症或帕金森氏病患者血液样本中接近(红细胞)红细胞的球菌和芽孢杆菌状细菌的存在。 微生物在其正常位置状态以外的地方的存在称为“异位生”。 血液中存在微生物,怀疑是肠道与血液之间易位的结果。
因此,根据目前微生物组关联与人类疾病的知识,我们渴望开展一个试点项目,全面了解微生物组与葡萄膜炎疾病(部分非感染性和特发性葡萄膜炎)之间的关联。 我们将调查葡萄膜炎患者治疗前后肠道和肠外的微生物组分析,以了解在有自身免疫性疾病病史的葡萄膜炎患者中,两种不同临床情况下微生物丰度是否有任何改变(Behcet 和 Vogt-Koyanagi-Harada)和特发性葡萄膜炎。 本研究的另一个目的是通过基于测序的方法探索葡萄膜炎患者样本中存在的任何病原微生物。
研究类型
注册 (预期的)
联系人和位置
学习联系方式
- 姓名:Ratna Sitompul, Professor
- 电话号码:+628118009911
- 邮箱:ratna_sitompul@yahoo.com
研究联系人备份
- 姓名:Rina La Distia Nora, PhD
- 电话号码:+62811198910
- 邮箱:rina.ladistia@ui.ac.id
学习地点
-
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Jakarta
-
Jakarta Pusat、Jakarta、印度尼西亚、10320
- RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (Cipto Mangunkusumo Hospital)
-
接触:
- RSCM Kirana
- 电话号码:+622131902885
- 邮箱:kolit.rscmkirana@gmail.com
-
接触:
- Divisi IIM RSCM Kirana
- 电话号码:+6285781170297
- 邮箱:iim.rscmkirana@gmail.com
-
-
参与标准
资格标准
适合学习的年龄
接受健康志愿者
有资格学习的性别
取样方法
研究人群
描述
纳入标准:
- 自 2019 年 11 月以来在 Cipto Mangunkusumo 医院登记的新患者
- 诊断为非感染性葡萄膜炎的患者(有 Behcet、VKH 病史)
- 患者特发性葡萄膜炎(通过可用的病因葡萄膜炎检查证明具有阴性结果)
- 最低年龄:18岁
在过去 180 天内和/或在遵循标准葡萄膜炎命名法 (SUN) 指南的患者登记期间经历活动性炎症,至少:
- 等于或大于 2+ 个前房细胞
- 等于和或大于 2+ 玻璃体混浊和/或
- 活动性视网膜/脉络膜病变
排除标准:
- 患者在样本采集前 3 个月服用过益生菌补充剂或抗生素
- 或长期腹泻或便秘的人
- 或做过肠胃手术
- 患有任何形式的恶性肿瘤
- 患有全身性疾病,如高血压、肥胖、炎症性肠病或糖尿病。
- 不同意签署知情同意书
- 葡萄膜炎被证明是传染源
- 怀孕的病人
- 患者失访
在同意以下纳入标准后,为这项研究招募健康志愿者:
- 年龄:18-50岁(男/女)
- 没有健康问题或症状
- 不服用任何长期药物
- 无过敏史
- 愿意配合学习
- 身体、心理和社交方面的完好状态
学习计划
研究是如何设计的?
设计细节
研究衡量的是什么?
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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差异丰富的分类群细菌
大体时间:0、6周
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本扩增子研究中使用的引物针对 16S rRNA 基因区域 V3-V4,以检测样品中的细菌多样性。
测序将由 Illumina 根据标准方案生成。
使用 Prinseq-lite 进行先验过滤,然后使用 Usearch61 去除嵌合序列并留下高质量的读数。
使用生物信息学工具 (Quantitative Insights Into Microbial Ecology - QIIME) 选择(操作分类单元)OTU。
将使用用于生物信息学数据处理的开源软件包生成用于从头 OTU 聚类的分类学分类。
Shanon diversity, Simpson 指数将被检查用于计算 alpha 多样性。
然后我们将进行差异丰富的分类群的识别。
并分析两种临床情况(接受口服类固醇治疗前后)与健康控制相关的细菌属之间的相关网络。
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0、6周
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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检测样品中的病原微生物
大体时间:0、6周
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在这项研究中,我们将使用 IDseq Portal,这是一种新颖的生物信息学平台,旨在从宏基因组数据中检测微生物。
该分析将应用于所有类型的样本(粪便、血液和房水)。
我们希望在葡萄膜炎患者的样本中找到任何特定的微生物组(细菌/真菌/病毒)特征。
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0、6周
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合作者和调查者
调查人员
- 首席研究员:Ratna Sitompul, Professor、RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM)
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (预期的)
初级完成 (预期的)
研究完成 (预期的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
与本研究相关的术语
其他相关的 MeSH 术语
其他研究编号
- 19-05-0624
药物和器械信息、研究文件
研究美国 FDA 监管的药品
研究美国 FDA 监管的设备产品
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