Lösa gåtor genom sekvensering (SIRIUS)

1. Bakgrund och motivering Behandling av hematologiska sjukdomar bygger på en enda kardinal förutsättning: korrekt klassificering inom det breda spektrumet av maligna sjukdomar som härrör från det hematopoetiska systemet. Med den ständigt växande tillgången på distinkta men kompletterande diagnostiska verktyg ökar vår förståelse av landskapet för hematologiska sjukdomar stadigt. Som sådan representerar den nuvarande konsensusklassificeringen, sammanfattad genom WHO-klassificeringen (2017), en kompass som vägleder diagnostiska algoritmer till rätt diagnos. Idag bygger guldstandarden för rutindiagnostik på fem metodologiska pelare: cytomorfologi, histologi, kromosomal cytogenetik, immunfenotypning och molekylär genetisk testning. Detta leder till en behandling som möjliggör diagnos i de allra flesta fall. Cirka 10 % av fallen förblir dock olösta ur diagnostisk synvinkel och leder därför inte till en tillfredsställande diagnos enligt gällande WHO-standarder (2017). Utredarna avser att lösa detta problem för att ge upplysande diagnostisk vägledning för bästa möjliga patientvård.
2. Mål För att ta itu med detta problem, antar utredarna att nya sekvenseringsmetoder med hög genomströmning, t.ex. sekvensering av hela genomet och/eller hela transkriptomerna, kan - i kraft av att måla ett mer känsligt genetiskt porträtt av ett tumörprov - ge en mer exakt diagnos.

För detta ändamål genererade utredarna en referenssamling på 5 500 prover med hela spektrat av hematologiska maligniteter, för vilka utredarna utförde helgenomsekvensering såväl som heltranskriptomsekvensering. Dessutom är guldstandarddiagnoser enligt WHO-klassificering med alla nödvändiga tekniker, alla utförda i MLL, kliniska data och terapisvarsdata fullt tillgängliga för dessa fall. Den största fördelen med denna referenssamling består av entydigheten hos varje diagnos, vilket ger en referensram för ytterligare klassificering och diagnos, särskilt i svåra fall.

Därför kommer SIRIUS att jämföra den diagnostiska överlägsenheten för WGS eller WTS med det kombinerade tillvägagångssättet med guldstandardresultat och genom att matcha de erhållna resultaten med närmaste "digitala syskon" inom vår referenskohort på mer än 5 500 WGS och WTS (båda i 93% av fall). För detta ändamål kommer utredarna att använda en egenutvecklad matchningsalgoritm, som kan matcha genomiska eller transkriptomiska profiler med en grupp liknande fall och guldstandardresultat från tidpunkten för denna studie. Aktuella arbetsflöden som är avsedda att generera WTS/WGS-data från patientprover - allt samtidigt som de uppfyller den senaste ackrediteringen (ISO 15189) - kräver upp till 5 - 7 dagar. Detta är i stort sett jämförbart med klassiska metoder men har löftet att ersätta felbenägna och mödosamma iterationer i det metodologiska arbetet. Målet är att testa om WTS- och/eller WGS-baserade tillvägagångssätt kan överträffa klassiska metoder avseende diagnostisk precision och rutintillförlitlighet. Här kommer utredarna att testa denna hypotes i en framtida verklig miljö under diagnostiskt svåra omständigheter.