Løse gåter gjennom sekvensering (SIRIUS)

1. Bakgrunn og begrunnelse Behandling av hematologiske sykdommer er avhengig av en enkelt kardinal forutsetning: korrekt klassifisering innenfor det brede spekteret av ondartede sykdommer som oppstår fra det hematopoietiske systemet. Med den stadig økende tilgjengeligheten av distinkte, men komplementære diagnostiske verktøy, øker vår forståelse av landskapet av hematologiske sykdommer stadig. Som sådan representerer den nåværende konsensusklassifiseringen som oppsummert gjennom WHO-klassifiseringen (2017) et kompass som veileder diagnostiske algoritmer til riktig diagnose. I dag er gullstandarden for rutinemessig diagnostisk prosess avhengig av fem metodiske pilarer: cytomorfologi, histologi, kromosomal cytogenetikk, immunfenotyping og molekylær genetisk testing. Dette fører til en behandling som muliggjør diagnose i de aller fleste tilfeller. Imidlertid forblir omtrent 10 % av tilfellene uavklart fra et diagnostisk synspunkt og fører derfor ikke til en tilfredsstillende diagnose i henhold til gjeldende WHO-standarder (2017). Etterforskerne har til hensikt å løse dette problemet for å gi opplysende diagnostisk veiledning for best mulig pasientbehandling.
2. Mål For å løse dette problemet, antar etterforskerne at nye sekvenseringsmetoder med høy gjennomstrømning, for eksempel helgenom og/eller hele transkriptomsekvensering, er i stand til - i kraft av å male et mer delikat genetisk portrett av en tumorprøve - å gi en mer nøyaktig diagnose.

For dette formål genererte etterforskerne en referansesamling på 5500 prøver med hele spekteret av hematologiske maligniteter, for hvilke etterforskerne utførte helgenomsekvensering så vel som heltranskriptomsekvensering. Dessuten er gullstandarddiagnoser i henhold til WHO-klassifisering med alle nødvendige teknikker, alle utført i MLL, kliniske data og terapiresponsdata fullt tilgjengelige for disse tilfellene. Hovedfordelen med denne referansesamlingen består av entydigheten til hver diagnose, og gir et referanserammeverk for eventuell videre klassifisering og diagnose, spesielt i vanskelige tilfeller.

Derfor vil SIRIUS sammenligne den diagnostiske overlegenheten til WGS eller WTS med den kombinerte tilnærmingen med gullstandardresultater og ved å matche de oppnådde resultatene til nærmeste "digitale søsken" innenfor vår referansekohort på mer enn 5500 WGS og WTS (begge i 93 % av saker). For dette formål vil etterforskerne bruke en egenutviklet matchingsalgoritme, som er i stand til å matche genomiske eller transkriptomiske profiler til en gruppe lignende tilfeller og gullstandardresultater fra tidspunktet for denne studien. Gjeldende arbeidsflyter beregnet på å generere WTS/WGS-data fra pasientprøver – alt mens de oppfyller akkreditering av toppmoderne (ISO 15189) – krever opptil 5 – 7 dager. Dette er stort sett sammenlignbart med klassiske metoder, men har løftet om å erstatte feilutsatte og vanskelige iterasjoner i den metodiske opparbeidelsen. Målet er å teste om WTS- og/eller WGS-baserte tilnærminger kan overgå klassiske metoder når det gjelder diagnostisk presisjon og rutinepålitelighet. Her vil etterforskerne teste denne hypotesen i en prospektiv setting i den virkelige verden under diagnostisk vanskelige omstendigheter.