Resolvendo enigmas por meio de sequenciamento (SIRIUS)

1. Antecedentes e Justificativa O tratamento de doenças hematológicas depende de um único pré-requisito fundamental: classificação correta dentro do amplo espectro de doenças malignas decorrentes do sistema hematopoiético. Com a disponibilidade cada vez maior de ferramentas diagnósticas distintas, mas complementares, nossa compreensão do panorama das doenças hematológicas aumenta continuamente. Como tal, a classificação de consenso atual, conforme resumida pela classificação da OMS (2017), representa uma bússola que orienta os algoritmos de diagnóstico para o diagnóstico correto. Hoje, o padrão-ouro do processo diagnóstico de rotina se baseia em cinco pilares metodológicos: citomorfologia, histologia, citogenética cromossômica, imunofenotipagem e testes genéticos moleculares. Isso leva a um tratamento que permite o diagnóstico na grande maioria dos casos. No entanto, aproximadamente 10% dos casos permanecem sem solução do ponto de vista diagnóstico e, portanto, não levam a um diagnóstico satisfatório de acordo com os padrões atuais da OMS (2017). Os investigadores pretendem resolver esse problema para fornecer orientações de diagnóstico esclarecedoras para o melhor atendimento possível ao paciente.
2. Objetivos Para resolver este problema, os investigadores levantam a hipótese de que novos métodos de sequenciamento de alto rendimento, por exemplo, genoma completo e/ou sequenciamento de transcriptoma completo são capazes - em virtude de pintar um retrato genético mais delicado de uma amostra de tumor - para fornecer um diagnóstico mais preciso.

Para este fim, os investigadores geraram uma coleção de referência de 5.500 amostras com todo o espectro de malignidades hematológicas, para as quais os investigadores realizaram o sequenciamento de todo o genoma, bem como o sequenciamento de todo o transcriptoma. Além disso, diagnósticos padrão ouro de acordo com a classificação da OMS com todas as técnicas necessárias, todas realizadas em MLL, dados clínicos e dados de resposta à terapia estão totalmente disponíveis para esses casos. A principal vantagem desta coleção de referência consiste na clareza de cada diagnóstico, fornecendo uma estrutura de referência para qualquer classificação e diagnóstico adicional, especialmente em casos difíceis.

Portanto, SIRIUS irá comparar a superioridade diagnóstica de WGS ou WTS com a abordagem combinada com resultados padrão-ouro e combinando os resultados obtidos com o "irmão digital" mais próximo dentro de nossa coorte de referência de mais de 5.500 WGS e WTS (ambos em 93% dos casos). Para esse fim, os investigadores usarão um algoritmo de correspondência desenvolvido internamente, capaz de corresponder perfis genômicos ou transcriptômicos a um grupo de casos semelhantes e resultados padrão-ouro do ponto de tempo deste estudo. Os fluxos de trabalho atuais destinados a gerar dados WTS/WGS de amostras de pacientes - ao mesmo tempo em que atendem ao credenciamento de última geração (ISO 15189) - requerem de 5 a 7 dias. Isso é amplamente comparável aos métodos clássicos, mas mantém a promessa de substituir iterações propensas a erros e árduas no trabalho metodológico. O objetivo é testar se as abordagens baseadas em WTS e/ou WGS podem superar os métodos clássicos em termos de precisão diagnóstica e confiabilidade de rotina. Aqui, os investigadores testarão essa hipótese em um cenário prospectivo do mundo real em circunstâncias difíceis de diagnóstico.