Решение загадок через последовательность (SIRIUS)

1. Предпосылки и обоснование. Лечение гематологических заболеваний основывается на единственной кардинальной предпосылке: правильной классификации в широком спектре злокачественных заболеваний, возникающих в системе кроветворения. С постоянно расширяющейся доступностью различных, но дополняющих друг друга диагностических инструментов наше понимание ландшафта гематологических заболеваний неуклонно растет. Таким образом, текущая согласованная классификация, обобщенная в классификации ВОЗ (2017 г.), представляет собой компас, направляющий диагностические алгоритмы для постановки правильного диагноза. Сегодня золотой стандарт рутинного диагностического процесса опирается на пять методологических столпов: цитоморфологию, гистологию, хромосомную цитогенетику, иммунофенотипирование и молекулярно-генетическое тестирование. Это приводит к лечению, позволяющему поставить диагноз в подавляющем большинстве случаев. Однако примерно 10 % случаев остаются неразрешенными с диагностической точки зрения и, следовательно, не позволяют поставить удовлетворительный диагноз в соответствии с действующими стандартами ВОЗ (2017 г.). Исследователи намереваются решить эту проблему, чтобы предоставить наглядное диагностическое руководство для наилучшего ухода за пациентом.
2. Цели. Чтобы решить эту проблему, исследователи выдвигают гипотезу о том, что новые высокопроизводительные методы секвенирования, например, секвенирование всего генома и/или всего транскриптома, способны - благодаря изображению более тонкого генетического портрета образца опухоли - обеспечить более точный диагноз.

С этой целью исследователи создали эталонную коллекцию из 5500 образцов с полным спектром гематологических злокачественных новообразований, для которых исследователи выполнили секвенирование всего генома, а также секвенирование всего транскриптома. Кроме того, для этих случаев полностью доступны золотой стандарт диагностики по классификации ВОЗ со всеми необходимыми методами, все из которых выполняются в MLL, клинические данные и данные об ответе на терапию. Основное преимущество этой справочной коллекции состоит в однозначности каждого диагноза, обеспечивающей справочную основу для любой дальнейшей классификации и диагностики, особенно в сложных случаях.

Таким образом, SIRIUS будет сравнивать диагностическое превосходство WGS или WTS с комбинированным подходом с результатами золотого стандарта и сопоставлять полученные результаты с ближайшим «цифровым братом» в нашей контрольной когорте из более чем 5500 WGS и WTS (оба в 93% случаев). случаи). С этой целью исследователи будут использовать собственный разработанный алгоритм сопоставления, который способен сопоставлять геномные или транскриптомные профили с группой аналогичных случаев и результатами золотого стандарта на момент времени этого исследования. Текущие рабочие процессы, предназначенные для создания данных WTS/WGS из образцов пациентов, при соблюдении современной аккредитации (ISO 15189) требуют до 5–7 дней. Это во многом сопоставимо с классическими методами, но обещает заменить подверженные ошибкам и трудоемкие итерации в методологической работе. Цель состоит в том, чтобы проверить, могут ли подходы на основе WTS и/или WGS превзойти классические методы в отношении диагностической точности и рутинной надежности. Здесь исследователи проверят эту гипотезу в предполагаемых условиях реального мира в диагностически сложных обстоятельствах.