Arvojen ratkaiseminen sekvensoinnin avulla (SIRIUS)

1. Tausta ja perustelut Hematologisten sairauksien hoito perustuu yhteen ainoaan perusedellytykseen: oikeaan luokitteluun hematopoieettisesta järjestelmästä johtuvien pahanlaatuisten sairauksien laajassa kirjossa. Erillisten mutta toisiaan täydentävien diagnostisten työkalujen jatkuvasti lisääntyessä ymmärryksemme hematologisten sairauksien maisemasta kasvaa jatkuvasti. Sellaisenaan nykyinen konsensusluokitus, joka on yhteenveto WHO:n luokituksen (2017) kautta, edustaa kompassia, joka ohjaa diagnostisia algoritmeja oikeaan diagnoosiin. Nykyään rutiininomaisen diagnostisen prosessin kultastandardi perustuu viiteen metodologiseen pilariin: sytomorfologiaan, histologiaan, kromosomaaliseen sytogenetiikkaan, immunofenotyypitykseen ja molekyyligeneettiseen testaukseen. Tämä johtaa hoitoon, joka mahdollistaa diagnoosin useimmissa tapauksissa. Noin 10 prosenttia tapauksista jää kuitenkin ratkaisematta diagnostisesta näkökulmasta, eivätkä ne siten johda tyydyttävään diagnoosiin WHO:n nykyisten standardien (2017) mukaisesti. Tutkijat aikovat ratkaista tämän ongelman tarjotakseen valaisevaa diagnostista ohjausta parhaaseen mahdolliseen potilaan hoitoon.
2. Tavoitteet Tämän ongelman ratkaisemiseksi tutkijat olettavat, että uudet suuren suorituskyvyn sekvensointimenetelmät, esimerkiksi koko genomin ja/tai koko transkription sekvensointi, pystyvät - maalaamalla herkemmän geneettisen muotokuvan kasvainnäytteestä - tarjoamaan tarkemman diagnoosin.

Tätä tarkoitusta varten tutkijat loivat 5 500 näytteen vertailukokoelman, joka sisälsi täyden kirjon hematologisia pahanlaatuisia kasvaimia, joille tutkijat suorittivat koko genomin sekvensoinnin sekä koko transkription sekvensoinnin. Lisäksi WHO:n luokituksen mukaiset kultaiset diagnoosit kaikilla tarvittavilla tekniikoilla, jotka kaikki tehdään MLL:ssä, kliiniset tiedot ja hoitovastetiedot ovat täysin saatavilla näissä tapauksissa. Tämän viitekokoelman tärkein etu on kunkin diagnoosin yksiselitteisyys, joka tarjoaa viitekehyksen mahdolliselle lisäluokittelulle ja diagnoosille erityisesti vaikeissa tapauksissa.

Siksi SIRIUS vertaa WGS:n tai WTS:n diagnostista paremmuutta yhdistettyyn lähestymistapaan kultaisten standardien tuloksiin ja vertaa saadut tulokset lähimpään "digitaaliseen sisarukseen" vertailukohortissamme, jossa on yli 5 500 WGS:tä ja WTS:ää (molemmat 93 %:ssa tapaukset). Tätä varten tutkijat käyttävät itse kehitettyä sovitusalgoritmia, joka pystyy sovittamaan genomiset tai transkriptomiaprofiilit samanlaisten tapausten ryhmään ja kultastandardin tuloksiin tämän tutkimuksen ajankohdasta. Nykyiset työnkulut, joiden tarkoituksena on tuottaa WTS/WGS-tietoja potilasnäytteistä - kaikki samalla kun ne täyttävät huippuluokan akkreditoinnin (ISO 15189) - vaativat jopa 5–7 päivää. Tämä on suurelta osin verrattavissa klassisiin menetelmiin, mutta sillä on lupaus korvata virhealttiit ja vaivalloiset iteraatiot metodologisessa työssä. Tavoitteena on testata, voivatko WTS- ja/tai WGS-pohjaiset lähestymistavat ylittää klassiset menetelmät diagnostisen tarkkuuden ja rutiiniluotettavuuden suhteen. Täällä tutkijat testaavat tätä hypoteesia tulevassa reaalimaailmassa diagnostisesti vaikeissa olosuhteissa.