Řešení hádanek pomocí sekvenování (SIRIUS)

1. Východiska a odůvodnění Léčba hematologických onemocnění spočívá na jediném základním předpokladu: správném zařazení do širokého spektra maligních onemocnění vycházejících z krvetvorného systému. Se stále se rozšiřující dostupností odlišných, avšak doplňujících se diagnostických nástrojů, se naše chápání krajiny hematologických onemocnění neustále zvyšuje. Současná konsensuální klasifikace shrnutá prostřednictvím klasifikace WHO (2017) jako taková představuje kompas, který vede diagnostické algoritmy ke správné diagnóze. Dnes se zlatý standard rutinního diagnostického procesu opírá o pět metodologických pilířů: cytomorfologii, histologii, chromozomální cytogenetiku, imunofenotypizaci a molekulárně genetické testování. To vede k léčbě umožňující diagnózu v naprosté většině případů. Přibližně 10 % případů však zůstává z diagnostického hlediska nevyřešeno, a nevede tedy k uspokojivé diagnóze podle současných standardů WHO (2017). Vyšetřovatelé mají v úmyslu tento problém vyřešit, aby poskytli osvětlující diagnostický návod pro nejlepší možnou péči o pacienta.
2. Cíle K vyřešení tohoto problému vědci předpokládají, že nové vysoce výkonné sekvenační metody, např. sekvenování celého genomu a/nebo celého transkriptomu, jsou schopny – díky malování jemnějšího genetického portrétu vzorku nádoru – poskytnout přesnější diagnózu.

Za tímto účelem výzkumníci vytvořili referenční sbírku 5 500 vzorků s celým spektrem hematologických malignit, u kterých výzkumníci provedli sekvenování celého genomu i sekvenování celého transkriptomu. Pro tyto případy jsou navíc plně dostupné diagnózy zlatého standardu podle klasifikace WHO se všemi potřebnými technikami, všechny prováděné v MLL, klinická data a data o odpovědi na léčbu. Hlavní výhodou této referenční kolekce je jednoznačnost každé diagnózy, poskytující referenční rámec pro další klasifikaci a diagnostiku zejména v obtížných případech.

SIRIUS proto porovná diagnostickou převahu WGS nebo WTS oproti kombinovanému přístupu s výsledky zlatého standardu a porovnáním získaných výsledků s nejbližším „digitálním sourozencem“ v rámci naší referenční kohorty více než 5 500 WGS a WTS (obě v 93 % případy). Za tímto účelem budou vyšetřovatelé používat vlastní vyvinutý párovací algoritmus, který je schopen porovnat genomické nebo transkriptomické profily se skupinou podobných případů a výsledků zlatého standardu od časového bodu této studie. Současné pracovní postupy určené ke generování dat WTS/WGS ze vzorků pacientů – to vše při splnění nejmodernější akreditace (ISO 15189) – vyžadují až 5–7 dní. To je do značné míry srovnatelné s klasickými metodami, ale je příslibem nahradit náchylné k chybám a namáhavé iterace v metodologickém zpracování. Cílem je otestovat, zda přístupy založené na WTS a/nebo WGS mohou překonat klasické metody z hlediska diagnostické přesnosti a rutinní spolehlivosti. Zde vyšetřovatelé otestují tuto hypotézu v prospektivním prostředí reálného světa za diagnosticky obtížných okolností.