Risolvere enigmi attraverso il sequenziamento (SIRIUS)

1. Contesto e fondamento logico Il trattamento delle malattie ematologiche si basa su un unico prerequisito cardinale: una corretta classificazione all'interno dell'ampio spettro delle malattie maligne derivanti dal sistema ematopoietico. Con la disponibilità in continua espansione di strumenti diagnostici distinti ma complementari, la nostra comprensione del panorama delle malattie ematologiche aumenta costantemente. Pertanto, l'attuale classificazione di consenso riassunta attraverso la classificazione dell'OMS (2017) rappresenta una bussola che guida gli algoritmi diagnostici verso la diagnosi corretta. Oggi, il gold standard del processo diagnostico di routine si basa su cinque pilastri metodologici: citomorfologia, istologia, citogenetica cromosomica, immunofenotipizzazione e test genetici molecolari. Ciò porta a un trattamento che consente la diagnosi nella stragrande maggioranza dei casi. Tuttavia, circa il 10% dei casi rimane irrisolto dal punto di vista diagnostico e quindi non porta a una diagnosi soddisfacente secondo gli attuali standard dell'OMS (2017). Gli investigatori intendono risolvere questo problema per fornire una guida diagnostica illuminante per la migliore cura possibile del paziente.
2. Obiettivi Per affrontare questo problema, i ricercatori ipotizzano che i nuovi metodi di sequenziamento ad alto rendimento, ad esempio il sequenziamento dell'intero genoma e/o dell'intero trascrittoma, siano in grado - in virtù di dipingere un ritratto genetico più delicato di un campione tumorale - di fornire una diagnosi più accurata.

A tal fine, i ricercatori hanno generato una raccolta di riferimento di 5.500 campioni con l'intero spettro di tumori ematologici, per i quali i ricercatori hanno eseguito il sequenziamento dell'intero genoma e il sequenziamento dell'intero trascrittoma. Inoltre, per questi casi sono pienamente disponibili diagnosi gold standard secondo la classificazione dell'OMS con tutte le tecniche necessarie, tutte eseguite in MLL, dati clinici e dati di risposta alla terapia. Il vantaggio principale di questa raccolta di riferimento consiste nell'univocità di ogni diagnosi, fornendo un quadro di riferimento per qualsiasi ulteriore classificazione e diagnosi soprattutto nei casi difficili.

Pertanto, SIRIUS confronterà la superiorità diagnostica di WGS o WTS con l'approccio combinato con risultati gold standard e abbinando i risultati ottenuti al "fratello digitale" più vicino all'interno della nostra coorte di riferimento di oltre 5.500 WGS e WTS (entrambi nel 93% dei casi). A tal fine, i ricercatori utilizzeranno un algoritmo di corrispondenza sviluppato internamente, che è in grado di abbinare i profili genomici o trascrittomici a un gruppo di casi simili e risultati gold standard dal punto temporale di questo studio. Gli attuali flussi di lavoro destinati a generare dati WTS/WGS da campioni di pazienti, il tutto rispettando l'accreditamento allo stato dell'arte (ISO 15189), richiedono fino a 5-7 giorni. Questo è in gran parte paragonabile ai metodi classici, ma mantiene la promessa di sostituire le iterazioni ardue e soggette a errori nel lavoro metodologico. L'obiettivo è verificare se gli approcci basati su WTS e/o WGS possono superare i metodi classici per quanto riguarda la precisione diagnostica e l'affidabilità di routine. Qui gli investigatori testeranno questa ipotesi in un contesto prospettico del mondo reale in circostanze diagnosticamente difficili.