Rozwiązywanie zagadek poprzez sekwencjonowanie (SIRIUS)

1. Wstęp i uzasadnienie Leczenie chorób hematologicznych opiera się na jednym kardynalnym warunku: prawidłowej klasyfikacji w szerokim spektrum chorób nowotworowych wywodzących się z układu krwiotwórczego. Dzięki stale rosnącej dostępności odrębnych, ale uzupełniających się narzędzi diagnostycznych, nasze zrozumienie krajobrazu chorób hematologicznych stale rośnie. Jako taka, obecna klasyfikacja konsensusu, podsumowana w klasyfikacji WHO (2017), stanowi kompas prowadzący algorytmy diagnostyczne do prawidłowej diagnozy. Obecnie złoty standard rutynowego procesu diagnostycznego opiera się na pięciu filarach metodologicznych: cytomorfologii, histologii, cytogenetyce chromosomów, immunofenotypowaniu i molekularnych badaniach genetycznych. Prowadzi to do leczenia umożliwiającego postawienie diagnozy w zdecydowanej większości przypadków. Jednak około 10% przypadków pozostaje nierozwiązanych z diagnostycznego punktu widzenia, a zatem nie prowadzi do zadowalającej diagnozy zgodnie z obowiązującymi standardami WHO (2017). Badacze zamierzają rozwiązać ten problem, aby zapewnić pouczające wskazówki diagnostyczne dla najlepszej możliwej opieki nad pacjentem.
2. Cele Aby rozwiązać ten problem, badacze stawiają hipotezę, że nowe metody sekwencjonowania o wysokiej przepustowości, np. sekwencjonowanie całego genomu i/lub całego transkryptomu, są w stanie – dzięki namalowaniu delikatniejszego portretu genetycznego próbki guza – zapewnić dokładniejszą diagnozę.

W tym celu badacze wygenerowali referencyjny zbiór 5500 próbek z pełnym spektrum nowotworów hematologicznych, dla których badacze przeprowadzili sekwencjonowanie całego genomu, jak również sekwencjonowanie całego transkryptomu. Ponadto dla tych przypadków w pełni dostępne są złote standardowe diagnozy zgodnie z klasyfikacją WHO ze wszystkimi potrzebnymi technikami, wszystkie wykonane w MLL, dane kliniczne i dane dotyczące odpowiedzi na leczenie. Główną zaletą tego zbioru referencyjnego jest jednoznaczność każdej diagnozy, zapewniając ramy odniesienia dla dalszej klasyfikacji i diagnozy, zwłaszcza w trudnych przypadkach.

Dlatego SIRIUS porówna wyższość diagnostyczną WGS lub WTS z podejściem łączonym z wynikami złotego standardu i dopasowując uzyskane wyniki do najbliższego „cyfrowego rodzeństwa” w naszej kohorcie referencyjnej ponad 5500 WGS i WTS (oba w 93% sprawy). W tym celu badacze wykorzystają opracowany wewnętrznie algorytm dopasowujący, który jest w stanie dopasować profile genomowe lub transkryptomiczne do grupy podobnych przypadków i wyników złotego standardu z punktu czasowego tego badania. Obecne przepływy pracy mające na celu generowanie danych WTS/WGS z próbek pacjentów — a wszystko to przy jednoczesnym spełnieniu najnowocześniejszej akredytacji (ISO 15189) — wymagają od 5 do 7 dni. Jest to w dużej mierze porównywalne z metodami klasycznymi, ale obiecuje zastąpienie podatnych na błędy i żmudnych iteracji w pracach metodologicznych. Celem jest sprawdzenie, czy podejścia oparte na WTS i/lub WGS mogą przewyższyć metody klasyczne pod względem precyzji diagnostycznej i rutynowej niezawodności. Tutaj badacze przetestują tę hipotezę w prospektywnym środowisku rzeczywistym w trudnych diagnostycznie okolicznościach.