Kliniska, virologiska, serologiska och immunologiska egenskaper under och efter covid-19 sjukhusvistelse (COVISERA)

Studiernas primära syfte är att bedöma kliniska faktorer, såsom sjukdomens svårighetsgrad, associerad med produktion av neutraliserande antikroppar (NAb). Dessutom syftar studien till att bedöma längden av SARS-CoV-2-infektion och kliniska faktorer associerade med viral belastning.

Patienter 18 år eller äldre inlagda på sjukhus vid Köpenhamns universitetssjukhus i Nordsjälland, Köpenhamn, Danmark, 24 maj 2020 - 5 maj 2021, screenades rutinmässigt för covid-19 genom diagnostiska orofaryngeala eller trakeala RT-PCR-prover tagna under inläggningen. Patienter med positiv SARS-CoV-2 PCR inom 48 timmar från sjukhusinläggning erbjöds inkludering, om COVID-19-lunginflammation bekräftades.

Följande hämtades från patienternas elektroniska journaler: komorbiditeter (Charlson Comorbidity Index), vitala tecken (Early Warning Score), immunförsvagad status, tid från symtomdebut till inläggning, syrgasbehandling, farmakologisk behandling, inläggningslängd, död och bakteriell samtidig infektion .

Parade orofaryngeala pinnprover och serumprover togs vid inkludering (dag 0), dag 3, 7, 10, 14, 17, 24 och 30. Serumprover togs om möjligt också efter tre och sex månader. Uppföljningstiden var sex månader.

RT-qPCR-analys riktade sig mot SARS-CoV-2 RNA-beroende-RNA-polymeras (RdRp)-helikasgenregionen och två prover med känd virusbelastning inkluderades i varje PCR-körning för kvantifiering av patientprover. Virus odlades i celler från afrikansk gröna apa (VERO-E6) med inkubation i 3-4 dagar och daglig mikroskopisk inspektion för cytopatogen effekt (CPE). Totalt tre passager gjordes innan viruset tolkades som icke-replikant. Celler med CPE bekräftades med RT-qPCR.

Närvaron av specifika antikroppar (Ab) mot SARS-CoV-2 i serum utvärderades med Wantai total-Ab ELISA enligt tillverkarens instruktioner (Wantai, Peking, Kina).

För den interna analysen av levande virus NAb beräknades ett gränsvärde på 50 % från fyrdubbla virus- och cellkontrollbrunnar inkluderade på varje platta med användning av följande ekvation: (genomsnittlig optisk densitet (OD) för viruskontrollbrunnar + genomsnittlig OD av cellkontrollbrunnar)/2. Neutralisationstitern på 50 % beräknades som interpolationen av cutoff-värdet med en logistisk regressionskurva med fyra parametrar anpassad för varje seriell serumutspädning. För att minimera variationen mellan analyserna normaliserades titrarna enligt en positiv kontroll inkluderad på varje analysplatta.

En linjär mxied-effektmodell användes för att bedöma sambandet mellan upprepade NAb-mätningar och kliniska variabler som ålder, kön och sjukdomens svårighetsgrad. En linjär modell med blandade effekter användes också för att bedöma sambandet mellan upprepade virusbelastningsmätningar och kliniska variabler.