Клинические, вирусологические, серологические и иммунологические характеристики во время и после госпитализации по поводу COVID-19 (COVISERA)

Основной целью исследования является оценка клинических факторов, таких как тяжесть заболевания, связанных с продукцией нейтрализующих антител (NAb). Кроме того, исследование направлено на оценку продолжительности заразности SARS-CoV-2 и клинических факторов, связанных с вирусной нагрузкой.

Пациенты в возрасте 18 лет и старше, госпитализированные в университетскую больницу Копенгагена в Северной Зеландии, Копенгаген, Дания, с 24 мая 2020 г. по 5 мая 2021 г., регулярно проходили скрининг на COVID-19 с помощью диагностических проб ОТ-ПЦР из ротоглотки или трахеи, взятых при поступлении. Пациентам с положительным результатом ПЦР на SARS-CoV-2 в течение 48 часов после госпитализации было предложено включение, если была подтверждена пневмония COVID-19.

Из электронных карт пациентов были извлечены следующие данные: сопутствующие заболевания (индекс коморбидности Чарлсона), основные показатели жизнедеятельности (оценка раннего предупреждения), статус иммунодефицита, время от появления симптомов до госпитализации, оксигенотерапия, фармакологическое лечение, продолжительность госпитализации, смерть и бактериальная коинфекция. .

Парные мазки из ротоглотки и образцы сыворотки собирали при включении (день 0), дни 3, 7, 10, 14, 17, 24 и 30. Образцы сыворотки по возможности также собирали через три и шесть месяцев. Время наблюдения составило шесть месяцев.

Анализ RT-qPCR был нацелен на область гена РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp) SARS-CoV-2-хеликазы, и в каждый цикл ПЦР для количественного определения образцов пациентов были включены два образца с известной вирусной нагрузкой. Вирус культивировали в клетках африканской зеленой мартышки (VERO-E6) с инкубацией в течение 3-4 дней и ежедневным микроскопическим исследованием цитопатогенного действия (ЦПЭ). Всего было сделано три пассажа, прежде чем вирус был интерпретирован как нерепликантный. Клетки с CPE были подтверждены с помощью RT-qPCR.

Наличие специфических антител (Ab) против SARS-CoV-2 в сыворотке крови оценивали с помощью ELISA Total-Ab Wantai в соответствии с инструкциями производителя (Wantai, Пекин, Китай).

Для внутреннего анализа NAb живого вируса 50% пороговое значение рассчитывали из четырех повторов лунок с вирусом и контрольными клетками, включенных в каждый планшет, с использованием следующего уравнения: (средняя оптическая плотность (OD) лунок с контролем вируса + средняя OD лунок с контролем клеток лунки для контроля клеток)/2. Титр 50% нейтрализации рассчитывали как интерполяцию порогового значения с четырехпараметрической кривой логистической регрессии, подобранной для каждого серийного разведения сыворотки. Чтобы свести к минимуму вариации между анализами, титры нормализовали в соответствии с положительным контролем, включенным в каждый планшет для анализа.

Линейная модель смешанных эффектов использовалась для оценки связи между повторными измерениями NAb и клиническими переменными, такими как возраст, пол и тяжесть заболевания. Линейная модель смешанных эффектов также использовалась для оценки связи между повторными измерениями вирусной нагрузки и клиническими переменными.