Genitalkanalsinfektioner, det vaginala mikrobiomet och graviditetsåldern vid födseln bland gravida kvinnor i Sydafrika

Bakgrund: För tidigt födda komplikationer är den vanligaste dödsorsaken hos barn under 5 år. I Sydafrika är förekomsten av både könsorgansinfektioner och negativa graviditetsresultat hög. Denna studie tar ett holistiskt tillvägagångssätt och undersöker både förekomsten och mängden av flera mikroorganismer i de nedre könsorganen, inklusive vaginal mikrobiota, under graviditet och deras samband med graviditetsålder vid födseln. Specifika mål är att utforska: (1) sambandet mellan förekomsten av specifika mikroorganismer i de nedre könsorganen och graviditetsålder vid födseln (primärt utfall), såväl som sekundära negativa graviditetsresultat; (2) sambandet mellan kvantifierad belastning av vaginala och sexuellt överförbara mikroorganismer och graviditetsålder vid födseln (primärt utfall) såväl som sekundära negativa graviditetsresultat; och (3) de kombinationer av mikroorganismer som är starkast förknippade med tidigare graviditetsålder vid födseln.

Metoder: Denna prospektiva slutna kohortstudie följer kvinnor inskrivna under graviditeten tills de har fött barn. Denna kohortstudie är en del av ett större projekt, kallat Philani Ndiphile (som betyder "vara frisk och jag kommer att vara frisk" i isiXhosa).

En utbildad studiefältarbetare kontrollerar behörighet och erhåller skriftligt informerat samtycke. En studiesjuksköterska utför ett abdominalt ultraljud för att uppskatta graviditetsåldern och bekräfta behörighet.

Vid inskrivningsbesöket och ett uppföljningsbesök vid 30-34 veckor samlar en studiesköterska in vaginalprover för: testning på plats för Chlamydia trachomatis och Neisseria gonorrhoeae (med antibiotikabehandling om positivt); och offsite testning för: Nugent poäng; detektion och kvantifiering av Mycoplasma genitalium, M. hominis, Ureaplasma. parvum, U. Urealyticum, Trichomonas vaginalis, Candida spp. och 16S rRNA amplikonsekvensering för vaginal mikrobiotaanalys.

Vid ett förlossningsbesök, 3-6 dagar efter förlossningen, samlar en studiesköterska in information om förlossningsresultatet.

Statistiska analyser inkluderar:

Mål 1. a) univariabla och multivariabla regressionsanalyser för samband mellan specifika mikroorganismer och gestationsålder vid födseln. b) sammansättningsbaserade multivariabla analysmetoder för att analysera individuella taxon relativa förekomster och blandade effekter modeller för att bedöma samband mellan graviditetsresultat och vaginal mikrobiota diversitet, vaginal mikrobiota typer och absoluta överflöd av fördefinierade bakteriegrupper.

Mål 2. Utveckling av ett "vaginalt inflammationsindex", baserat på kvantifiering av den vaginala mikrobiotan och deras inflammatoriska potential. Detta vaginala inflammationsindex kommer att analyseras som en fast effekt i modeller med blandade effekter med graviditetsutfall.

Mål 3. Klassificerings- och regressionsträdsanalyser för att undersöka den kombination av mikroorganismer som bäst förutsäger tidigare graviditetsålder vid födseln.