Infections des voies génitales, microbiome vaginal et âge gestationnel à la naissance chez les femmes enceintes en Afrique du Sud

Contexte : Les complications des naissances prématurées sont la cause de décès la plus fréquente chez les enfants de moins de 5 ans. En Afrique du Sud, la prévalence des infections des voies génitales et des issues défavorables de la grossesse est élevée. Cette étude adopte une approche holistique, étudiant à la fois la présence et la quantité de multiples micro-organismes du tractus génital inférieur, y compris le microbiote vaginal, pendant la grossesse et leurs associations avec l'âge gestationnel à la naissance. Les objectifs spécifiques sont d'explorer : (1) l'association entre la présence de micro-organismes spécifiques du tractus génital inférieur et l'âge gestationnel à la naissance (résultat principal), ainsi que les issues indésirables secondaires de la grossesse ; (2) l'association entre la charge quantifiée de micro-organismes vaginaux et sexuellement transmissibles et l'âge gestationnel à la naissance (résultat principal) ainsi que les issues indésirables secondaires de la grossesse ; et (3) les combinaisons de micro-organismes les plus fortement associées à un âge gestationnel plus précoce à la naissance.

Méthodes : Cette étude prospective de cohorte fermée suit les femmes inscrites pendant la grossesse jusqu'après leur accouchement. Cette étude de cohorte fait partie d'un projet plus vaste, appelé Philani Ndiphile (qui signifie « sois en bonne santé et je serai en bonne santé » en isiXhosa).

Un agent de terrain d'étude qualifié vérifie l'éligibilité et obtient un consentement éclairé écrit. Une infirmière d'étude effectue une échographie abdominale pour estimer l'âge gestationnel et confirmer l'éligibilité.

Lors de la visite d'inscription et d'une visite de suivi à 30-34 semaines, une infirmière de l'étude prélève des échantillons vaginaux pour : des tests sur place pour Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae (avec traitement antibiotique si positif) ; et tests hors site pour : la notation Nugent ; détection et quantification de Mycoplasma genitalium, M. hominis, Ureaplasma. parvum, U. Urealyticum, Trichomonas vaginalis, Candida spp. et séquençage d’amplicons d’ARNr 16S pour les analyses du microbiote vaginal.

Lors d'une visite postnatale, 3 à 6 jours après l'accouchement, une infirmière de l'étude recueille des informations sur l'issue de l'accouchement.

Les analyses statistiques comprennent :

Objectif 1. a) analyses de régression univariées et multivariées pour les associations entre des micro-organismes spécifiques et l'âge gestationnel à la naissance. b) des méthodes d'analyse compositionnelle multivariable pour analyser les abondances relatives de taxons individuels et des modèles à effets mixtes pour évaluer les associations entre l'issue de la grossesse et la diversité du microbiote vaginal, les types de microbiote vaginal et les abondances absolues de groupes bactériens prédéfinis.

Objectif 2. Développement d'un « indice d'inflammation vaginale », basé sur la quantification du microbiote vaginal et de son potentiel inflammatoire. Cet indice d'inflammation vaginale sera analysé comme un effet fixe dans des modèles à effets mixtes avec issues de grossesse.

Objectif 3. Analyses d'arbres de classification et de régression pour examiner la combinaison de micro-organismes qui prédit le mieux un âge gestationnel plus précoce à la naissance.