Total infektionskarakterisering av ögoninfektioner

Detta är en forskarinitierad observationsstudie för att beskriva den totala infektionen av ögoninfektioner med hjälp av metagenomisk sekvensering. Ögoninfektionerna, inklusive akut konjunktivit, keratit, uveit och endoftalmit, diagnostiseras av erfarna ögonläkare enligt rutinmässiga kliniska undersökningar.

För insamling av ytterligare biologiska prover förutom diagnos- och behandlingsprocessen krävs skriftligt informerat samtycke från de behöriga försökspersonerna eller deras vårdnadshavare vid rekryteringstillfället. Ansökan om dispens från informerat samtycke har gjorts för användning av kliniska överskottsprover. Efter att ha fyllt i informerat samtycke kommer försökspersonerna att ta prover och deras kliniska information kommer att samlas in.

Bioprover, inklusive konjunktivala säcksvabbar (1 pinne för varje öga) eller intraokulär vätska (mer än 100 μl), kommer att samlas in för metagenomisk sekvensering med Illumina NovaSeq X Plus-plattformen.

Deltagarnas kliniska information kommer att samlas in från elektroniska journalinformationssystem, inklusive (1) demografiska egenskaper: ålder, kön, komorbiditeter; (2) laboratorieundersökning: rutinprov av blod, immuninflammatoriska faktorer, klinisk mikrobiologisk undersökning (PCR, serologisk undersökning, odling, etc.); (3) avbildningsundersökning: främre segmentfotografi, hornhinneendotelcellsundersökning, konfokalmikroskopi av hornhinnan, ögonbottenfotografi.

Meta-transkriptomisk analys av ögonproverna kommer att utföras för att identifiera virus, bakterier, svampar och parasiter. Överflödet av patogener anges som RPKM (dvs. Läser per miljon dividerat med längden på referensgenomet, mätt i kilobaser).

Kvalificerade deltagare kommer att rekryteras i rad mellan augusti 2024 och december 2026 på Oftalmologiavdelningen, Shanghai General Hospital. Den totala studietiden förväntas vara två år från det första ämnet registreras till den slutliga analysen.