Totale infectoomkarakterisering van ooginfecties

Dit is een door een onderzoeker geïnitieerd observationeel onderzoek om het totale infectoom van ooginfecties te beschrijven met behulp van metagenomische sequencing. De ooginfecties, waaronder acute conjunctivitis, keratitis, uveïtis en endoftalmitis, worden gediagnosticeerd door ervaren oogartsen op basis van routinematige klinische onderzoeken.

Voor het verzamelen van aanvullende biologische monsters naast het diagnose- en behandelingsproces is schriftelijke geïnformeerde toestemming vereist van de in aanmerking komende proefpersonen of hun wettelijke voogden op het moment van rekrutering. Voor het gebruik van klinische overtollige monsters is de aanvraag tot vrijstelling van geïnformeerde toestemming ingediend. Na voltooiing van de geïnformeerde toestemming worden proefpersonen bemonsterd en wordt hun klinische informatie verzameld.

Biospecimens, inclusief uitstrijkjes van de conjunctivale zak (1 uitstrijkje voor elk waarbij het oog betrokken is) of intraoculaire vloeistof (meer dan 100 μl), zullen worden verzameld voor metagenomische sequencing met behulp van het Illumina NovaSeq X Plus-platform.

De klinische informatie van deelnemers zal worden verzameld uit een elektronisch medisch dossierinformatiesysteem, inclusief (1) demografische kenmerken: leeftijd, geslacht, comorbiditeiten; (2) laboratoriumonderzoek: routinematig bloedonderzoek, immuun-inflammatoire factoren, klinisch microbiologisch onderzoek (PCR, serologisch onderzoek, kweek, enz.); (3) beeldvormend onderzoek: foto van het voorste segment, onderzoek van endotheelcellen van het hoornvlies, confocale microscopie van het hoornvlies, fundusfoto.

Meta-transcriptomische analyse van de oogmonsters zal worden uitgevoerd om virussen, bacteriën, schimmels en parasieten te identificeren. De overvloed aan pathogenen wordt aangegeven als de RPKM (d.w.z. Reads Per Million gedeeld door de lengte van het referentiegenoom, gemeten in kilobasen).

In aanmerking komende deelnemers zullen achtereenvolgens worden gerekruteerd tussen augustus 2024 en december 2026 op de afdeling Oogheelkunde, het Shanghai General Hospital. De totale duur van de studie zal naar verwachting twee jaar bedragen, vanaf de eerste ingeschreven proefpersoon tot aan de uiteindelijke analyse.