Aimmun Longitudinell Collaboration Study (FIBER-IMPACT)

Deltagare kommer antingen att väljas från en pool av tidigare screenade och identifierade kandidater eller som har kommunicerat intresse för att delta i forskning genom GoodNature Program, som drivs av Aimmune. Inga deltagare som har gjort eller har potential att göra mycket av en färdig produkt kommer att få delta. De som samtycker till att delta kommer att fylla i en hälsoförhandsundersökning via elektronisk blankett eller telefonsamtal och fylla i formuläret för informerat samtycke (ICF). Efter slutförandet av ICF kommer deltagarna att tilldelas ett unikt, anonymt deltagar-ID. Endast ett fåtal utvalda medlemmar av studiesponsorn kommer att ha tillgång till identifikationskoderna; avidentifikationskoder kommer inte att delas med samarbetspartners. Efter detta kommer deltagarna att ges allmän information om kostpraxis, fiberfördelar och detaljer om studien, inklusive provinsamling och märkning av prover, dietspårning via undersökningar, foton av måltidsinlämningar, etc.

Deltagarna kommer att träffas på en studieplats och kommer att förses med chiafrön, det manuella avföringsverktyget och förmärkta provbehållare om de samlar in sina prover hemma. Vid denna tidpunkt kan deltagarna också ge blodprover.

När pre-interventionsmaterialet är klart kommer deltagarna (60) att börja en 16-veckors interventionsperiod; hälften av deltagarna kommer att lägga till dagligen 2,5 msk chiafrön under de första 8 veckorna av studien och återgå till sin normala kost under de andra 8 veckorna, hälften av deltagarna kommer att behålla sin normala kost under de första 8 veckorna och lägga till dagligen 2,5 msk chiafrön under de andra 8 veckorna som en crossover-design. Flera personer i hushållet kan delta, men för att vi vill förstå överförbarheten av SCFU- och/eller IgA-nivåer.

Deltagarna kommer att delas in i två grupper, men medlemmar i samma hushåll kommer att delas in i motsatta grupper.

Alla deltagare kommer att bli ombedda att fylla i en kort, elektronisk daglig stressundersökning, inklusive att tillhandahålla dagliga bilder av måltider. Den dagliga undersökningen kommer att innehålla Patient Health Questionnaire (PHQ-4), ett kortfattat validerat screeningformulär bestående av en depressionsskala med 2 punkter (PHQ-2) och en ångestskala med 2 punkter (GAD-2)2. PHQ-4-data kommer att användas för att spåra stress. Dagliga foton av måltider kommer att användas för att spåra kostdata under hela studien.

PHQ-4 totalpoäng varierar från 0 till 12, med kategorier av psykisk ångest är 2:

• Inga 0-2
• Mild 3-5
• Måttlig 6-8
• Svår 9-12

Underskala för ångest = summan av punkterna 2 och 3 på det dagliga undersökningsformuläret (poängintervall 0 till 6) Depressionsunderskala = summan av objekt 4 och 5 på det dagliga undersökningsformuläret (poängintervall 0 till 6) På varje underskala anses en poäng på 3 eller högre vara positiv i screeningssyfte.

Deltagarna kommer också att uppmanas att samla in minst 3 avföringsprover per vecka under studien. Deltagare som samlar avföringsprover hemma kommer att förvara prover i sina frysar i en medföljande förvaringsbehållare för biologiska risker och prover kommer att hämtas varje vecka av studiepersonal eller en kurir. Alla deltagare kommer att skanna QR-koden på behållaren för att registrera provets insamlingsdatum och tid och kommer att skriva insamlingsdatumet på behållaren.

Under veckorna 1, 8 och 16 kommer deltagarna att uppmanas att samla in detaljerade dietdata via elektronisk enkät, med hjälp av NIH Automated Self-Administered 24-Hour Dietary Assessment Tool. Avföringsprov kommer att förberedas och alikvoteras av studiesponsoren och skickas till UCI och Cleveland Clinic för bakteriell PCR, metabolisk analys, metagenomisk sekvensering av hagelgevär, utvärdering av bakteriesporstiter och IgA-testning. Alla prover, inklusive blodprover, kommer att förvaras på obestämd tid i en -80C frys hos Aimmune Therapeutics för forskning enligt det befintliga Biobank Protocol #20234092. Undersökningar i mitten och efter interventionen kommer att skickas till deltagarna för att utvärdera erfarenheter av studien och chiafrön, samt för att identifiera eventuella biverkningar eller klagomål.

Avidentifierade undersökningar kommer att tillhandahållas och analyseras av studiesponsoren.

IgA låga ämnen under hela studien. För att upptäcka de okända IgA-nedbrytande bakterierna kommer forskare att sprida fekala prover av IgA-lågt försökspersoner på CDC anaeroba blodagarplattor för att bilda enstaka kolonier. Därefter kommer forskare att subkulturera alla kolonier på ny CDC-blodagar genom att strimma. Forskare kommer att skrapa varje subkulturkoloni i steril PBS-buffert och poola ~15 individuella kolonier för in vitro-inkubation med IgA och Pigr. Efter inkubation över natten vid 37 °C kommer WB-analys att användas för utvärdering av nedbrytningen av IgA och Pigr. Kolonier från bakteriepoolen med IgA/Pigr-klyvningsaktivitet kommer att inkuberas individuellt med substraten igen och analyseras genom immunblotting.

Utvärdera komplexiteten hos IgA-nedbrytande bakterier. Forskare kommer att fastställa antibiotikakänsligheten hos kandidatbakterierna in vitro. På grund av utmaningarna med T. immunophilia (IgA-nedbrytare i möss), kommer forskarna att utvärdera komplexiteten hos kolonier (är de lätt att odla i ren kultur kontra närvaron av följeslagare i den isolerade kolonin). Om kandidaten IgA-nedbrytare växer långsamt i kultur, kommer forskarna att utvärdera bakterierna för auxotrofi som för T. immunophila. Forskare kommer att använda genomiska och metaboliska verktyg i kombination för att testa för auxotrofi.

IgA höga ämnen i slutet av studien. Forskare kommer att inokulera bakteriefria möss med avföringsprover från dessa donatorer och utvärdera IgA-nivåer efter två veckor i dessa möss (vi kommer att IgA-lågprover som en kontroll). För möss som har höga halter av IgA kommer forskarna att isolera sporer med olika metoder och testa i bakteriefria möss. Forskare kommer att förfina det IgA-stimulerande samhället så mycket som möjligt och testa om det är odlingsbart. Målet är att identifiera mänskliga tarmmikrober som svarar på fiber i kosten och ändra IgA-nivåer till alla tarmmikrober.