Aimmune longitudinale samenwerkingsstudie (FIBER-IMPACT)

Deelnemers worden geselecteerd uit een pool van eerder gescreende en geïdentificeerde kandidaten of die interesse hebben getoond in deelname aan onderzoek via het GoodNature-programma, gerund door Aimmune. Er mogen geen deelnemers deelnemen die een groot deel van een eindproduct hebben gemaakt of de potentie hebben om er een groot deel van te maken. Degenen die ermee instemmen om deel te nemen, zullen een pre-screeningonderzoek over hun gezondheid invullen via een elektronisch formulier of telefoontje en het geïnformeerde toestemmingsformulier (ICF) invullen. Na voltooiing van de ICF krijgen de deelnemers een unieke, anonieme deelnemers-ID toegewezen. Slechts een select aantal leden van de Studiesponsor hebben toegang tot de identificatiecodes; de-identificatiecodes worden niet gedeeld met bijdragers. Hierna krijgen de deelnemers algemene informatie over dieetpraktijken, vezelvoordelen en details over het onderzoek, inclusief het verzamelen van monsters en het labelen van monsters, het volgen van het dieet via enquêtes, foto's van maaltijdinzendingen, enz.

Deelnemers ontmoeten elkaar op een onderzoekslocatie en krijgen chiazaden, het handmatige hulpmiddel voor het nemen van ontlasting en vooraf geëtiketteerde monstercontainers als ze hun monsters thuis verzamelen. Op dit moment kunnen deelnemers ook bloedmonsters verstrekken.

Zodra het pre-interventiemateriaal is voltooid, beginnen de deelnemers (60) aan een interventieperiode van 16 weken; de helft van de deelnemers zal gedurende de eerste 8 weken van het onderzoek dagelijks 2,5 eetlepels chiazaad toevoegen en gedurende de tweede 8 weken terugkeren naar hun normale dieet, de helft van de deelnemers zal de eerste 8 weken hun normale dieet handhaven en gedurende de tweede 8 weken dagelijks 2,5 eetlepels chiazaad toevoegen als een crossover-ontwerp. Meerdere mensen in het huishouden kunnen meedoen, maar omdat we de overdraagbaarheid van SCFU- en/of IgA-niveaus willen begrijpen.

Deelnemers worden willekeurig in twee groepen verdeeld, maar leden van hetzelfde huishouden worden in tegenovergestelde groepen ingedeeld.

Alle deelnemers wordt gevraagd een korte, elektronische dagelijkse stressenquête in te vullen, inclusief dagelijkse foto's van maaltijden. Het dagelijkse onderzoek omvat de Patient Health Questionnaire (PHQ-4), een korte, gevalideerde screeningvragenlijst bestaande uit een depressieschaal van 2 items (PHQ-2) en een angstschaal van 2 items (GAD-2)2. De PHQ-4-gegevens zullen worden gebruikt om stress te volgen. Dagelijkse foto's van maaltijden zullen worden gebruikt om tijdens het onderzoek voedingsgegevens bij te houden.

De PHQ-4-totaalscore varieert van 0 tot 12, waarbij de categorieën van psychische problemen2 zijn:

• Geen 0-2
• Mild 3-5
• Matig 6-8
• Ernstig 9-12

Subschaal angst = som van items 2 en 3 op het dagelijkse enquêteformulier (scorebereik 0 tot 6) Subschaal depressie = som van items 4 en 5 op het dagelijkse enquêteformulier (scorebereik 0 tot 6) Op elke subschaal wordt een score van 3 of hoger als positief beschouwd voor screeningsdoeleinden.

Deelnemers wordt ook gevraagd om tijdens het onderzoek minimaal 3 ontlastingsmonsters per week te verzamelen. Deelnemers die thuis ontlastingsmonsters verzamelen, bewaren de monsters in hun vriezer in een daarvoor bestemde opslagcontainer voor biologisch gevaarlijk materiaal. De monsters worden wekelijks opgehaald door onderzoekspersoneel of een koerier. Alle deelnemers scannen de QR-code op de container om de datum en tijd van de monsterafname vast te leggen en schrijven de ophaaldatum op de container.

In week 1, 8 en 16 wordt de deelnemers gevraagd om gedetailleerde voedingsgegevens te verzamelen via een elektronische enquête, met behulp van de NIH Automated Self-Administered 24-Hour Dietary Assessment Tool. Ontlastingsmonsters zullen worden voorbereid en in hoeveelheden worden verdeeld door de onderzoekssponsor en naar de UCI en de Cleveland Clinic worden gestuurd voor bacteriële PCR, metabolomische analyse, Shotgun-metagenomische sequencing, evaluatie van de titer van bacteriële sporen en IgA-testen. Alle monsters, inclusief bloedmonsters, zullen voor onbepaalde tijd worden bewaard in een vriezer van -80°C bij Aimmune Therapeutics voor onderzoek volgens het bestaande Biobank Protocol #20234092. Er zullen halverwege en na de interventie enquêtes naar de deelnemers worden gestuurd om de ervaringen met het onderzoek en de chiazaden te evalueren, en om eventuele bijwerkingen of klachten te identificeren.

Geanonimiseerde enquêtes worden verstrekt aan en geanalyseerd door de studiesponsor.

IgA-lage proefpersonen gedurende het hele onderzoek. Om de onbekende IgA-afbrekende bacteriën te ontdekken, zullen onderzoekers fecale monsters van IgA-Low-proefpersonen op anaërobe bloedagarplaten van de CDC verspreiden om afzonderlijke kolonies te vormen. Vervolgens zullen onderzoekers alle kolonies op nieuwe CDC-bloedagar subculturen door middel van streaking. Onderzoekers zullen elke subcultuurkolonie in een steriele PBS-buffer schrapen en ~15 individuele kolonies samenvoegen voor de in vitro incubatie met IgA en Pigr. Na een nachtelijke incubatie bij 37 °C zal WB-analyse worden gebruikt voor evaluatie van de afbraak van IgA en Pigr. Kolonies uit de bacteriële verzameling met IgA/varken-splitsende activiteit zullen opnieuw individueel met de substraten worden geïncubeerd en door middel van immunoblotting worden geanalyseerd.

Evalueer de complexiteit van IgA-afbrekende bacteriën. Onderzoekers gaan de antibioticagevoeligheden van de kandidaatbacteriën in vitro bepalen. Vanwege de uitdagingen met T. immunofilie (IgA-afbraakmiddel bij muizen), zullen onderzoekers de complexiteit van kolonies evalueren (zijn ze gemakkelijk te kweken in pure kweek versus de aanwezigheid van begeleidende bacteriën in de geïsoleerde kolonie). Als de kandidaat-IgA-afbreker langzaam groeit in kweek, zullen onderzoekers de bacteriën beoordelen op auxotrofie, net als bij T. immunophila. Onderzoekers zullen genomische en metabolische hulpmiddelen in combinatie gebruiken om te testen op auxotrofie.

IgA-hoge proefpersonen aan het einde van het onderzoek. Onderzoekers zullen kiemvrije muizen inenten met ontlastingsmonsters van deze donoren en de IgA-niveaus bij deze muizen na twee weken evalueren (we zullen IgA-laagmonsters nemen als controle). Voor muizen met een hoog IgA-gehalte zullen onderzoekers de sporen met verschillende methoden isoleren en testen op kiemvrije muizen. Onderzoekers zullen de IgA-stimulerende gemeenschap zoveel mogelijk verfijnen en testen of deze kweekbaar is. Het doel is om menselijke darmmicroben te identificeren die reageren op vezels in het dieet en de IgA-niveaus voor alle darmmicroben veranderen.