Tavoitteen pituussuuntainen yhteistyötutkimus (FIBER-IMPACT)

Osallistujat valitaan joko aiemmin tarkastettujen ja tunnistettujen ehdokkaiden joukosta tai jotka ovat ilmaisseet kiinnostuksensa osallistua tutkimukseen Aimmunen ylläpitämän GoodNature-ohjelman kautta. Osallistujia, jotka ovat tehneet tai joilla on potentiaalia tehdä paljon valmiita tuotteita, ei sallita osallistua. Ne, jotka suostuvat osallistumaan, täyttävät terveydenhuollon esiseulontakyselyn sähköisellä lomakkeella tai puhelimitse ja täyttävät tietoisen suostumuslomakkeen (ICF). ICF:n suorittamisen jälkeen osallistujille annetaan yksilöllinen, anonyymi osallistujatunnus. Vain muutamat valitut tutkimussponsorin jäsenet pääsevät käsiksi tunnistekoodeihin; tunnistuskoodeja ei jaeta yhteiskäyttäjille. Tämän jälkeen osallistujille annetaan yleistä tietoa ruokavaliokäytännöistä, kuidun hyödyistä ja tutkimuksesta, mukaan lukien näytteenotto ja näytteiden merkitseminen, ruokavalion seuranta kyselyiden avulla, valokuvat aterioista jne.

Osallistujat tapaavat tutkimuspaikalla, ja heille toimitetaan chia-siemeniä, manuaalinen ulostenäytteenottotyökalu ja valmiiksi merkittyjä näytesäiliöitä, jos he keräävät näytteitä kotona. Tällä hetkellä osallistujat voivat myös toimittaa verinäytteitä.

Kun interventiomateriaalit ovat valmiit, osallistujat (60) aloittavat 16 viikon interventiojakson; puolet osallistujista lisää päivittäin 2,5 rkl chia-siemeniä tutkimuksen ensimmäisten 8 viikon ajan ja palaa normaaliin ruokavalioonsa toiset 8 viikkoa, puolet osallistujista jatkaa normaalia ruokavaliotaan ensimmäisten 8 viikon ajan ja lisää päivittäin 2,5 rkl chia-siemeniä toisen 8 viikon ajan crossover-mallina. Useat ihmiset kotitaloudessa voivat osallistua, mutta koska haluamme ymmärtää SCFU- ja/tai IgA-tasojen tarttuvuuden.

Osallistujat satunnaistetaan kahteen ryhmään, mutta saman kotitalouden jäsenet jaetaan vastakkaisiin ryhmiin.

Kaikkia osallistujia pyydetään täyttämään lyhyt, sähköinen päivittäinen stressikysely, mukaan lukien päivittäisten kuvien antaminen aterioista. Päivittäinen kysely sisältää Potilaan terveyskyselyn (PHQ-4), lyhyen validoidun seulontakyselyn, joka koostuu 2-kohdan masennusasteikosta (PHQ-2) ja 2-kohdan ahdistusasteikosta (GAD-2)2. PHQ-4-tietoja käytetään stressin seuraamiseen. Päivittäisiä kuvia aterioista käytetään ruokavaliotietojen seuraamiseen koko tutkimuksen ajan.

PHQ-4:n kokonaispistemäärä vaihtelee välillä 0–12, ja psykologisen ahdistuksen kategoriat ovat 2:

• Ei yhtään 0-2
• Lievä 3-5
• Keskitaso 6-8
• Vaikea 9-12

Ahdistuneisuuden alaaste = kohteiden 2 ja 3 summa päivittäisessä kyselylomakkeessa (pistemääräalue 0–6) masennuksen alaasteikko = päivittäisen kyselylomakkeen kohtien 4 ja 5 summa (pistemääräalue 0–6) Jokaisella ala-asteikolla pistemäärä 3 tai suurempi katsotaan positiiviseksi seulontatarkoituksiin.

Osallistujia pyydetään myös ottamaan vähintään 3 ulostenäytettä viikossa tutkimuksen aikana. Osallistujat, jotka keräävät ulostenäytteitä kotona, säilyttävät näytteet pakastimessaan mukana tulevassa biovaaran säilytysastiassa ja tutkimushenkilöstö tai kuriiri noutaa näytteet viikoittain. Kaikki osallistujat skannaavat säiliössä olevan QR-koodin tallentaakseen näytteenottopäivämäärän ja -ajan sekä kirjoittavat keräyspäivän säiliöön.

Viikoilla 1, 8 ja 16 osallistujia pyydetään keräämään yksityiskohtaisia ​​ruokavaliotietoja sähköisen kyselyn avulla käyttämällä NIH:n automaattista itsesääteistä 24 tunnin ruokavalion arviointityökalua. Tutkimussponsori valmistaa ja jakaa ulostenäytteet ja lähettää ne UCI:lle ja Cleveland Clinicille bakteerien PCR:ää, aineenvaihduntaanalyysiä, Shotgun-metagenomista sekvensointia, bakteeri-itiitterin arviointia ja IgA-testausta varten. Kaikki näytteet, mukaan lukien verinäytteet, säilytetään toistaiseksi -80C pakastimessa Aimmune Therapeuticsissa tutkimusta varten olemassa olevan Biobank Protokollan #20234092 mukaisesti. Intervention puolivälissä ja jälkeiset kyselyt lähetetään osallistujille arvioimaan kokemuksia tutkimuksesta ja chia-siemenistä sekä tunnistamaan mahdolliset sivuvaikutukset tai valitukset.

Tunnistamattomat kyselyt toimitetaan tutkimuksen sponsorille, ja ne analysoidaan.

IgA-alhainen koehenkilö koko tutkimuksen ajan. Tuntemattomien IgA:ta hajottavien bakteerien löytämiseksi tutkijat levittävät ulostenäytteitä IgA-Low-potilaista CDC-anaerobisille veri-agar-maljoille muodostaen yksittäisiä pesäkkeitä. Seuraavaksi tutkijat jatkoviljeltävät kaikki pesäkkeet uudella CDC-veriagarilla raivaamalla. Tutkijat raapuvat jokaisen alaviljelmäpesäkkeen steriiliin PBS-puskuriin ja yhdistävät noin 15 yksittäistä pesäkettä in vitro -inkubaatiota varten IgA:n ja Pigr:n kanssa. Yön yli 37 °C:ssa inkuboinnin jälkeen WB-analyysiä käytetään IgA:n ja Pigr:n hajoamisen arvioimiseen. Pesäkkeet bakteeripoolista, joilla on IgA/Pigr-pilkkomisaktiivisuutta, inkuboidaan uudelleen yksittäin substraattien kanssa ja analysoidaan immunoblottauksella.

Arvioi IgA:ta hajottavien bakteerien monimutkaisuus. Tutkijat määrittävät ehdokasbakteerien antibioottiherkkyyden in vitro. T. immunophilia (hiirillä IgA:ta hajottava aine) aiheuttamien haasteiden vuoksi tutkijat arvioivat pesäkkeiden monimutkaisuuden (ovatko ne helposti kasvatettu puhtaassa viljelmässä verrattuna seurabakteerien läsnäoloon eristetyssä pesäkkeessä). Jos ehdokas IgA-hajottaja kasvaa hitaasti viljelmässä, tutkijat arvioivat bakteerien auksotrofiaa samoin kuin T. immunophilan. Tutkijat käyttävät genomisia ja metabolisia työkaluja yhdessä auksotrofian testaamiseen.

koehenkilöt, joilla oli korkea IgA tutkimuksen lopussa. Tutkijat inokuloivat iduista vapaita hiiriä näiden luovuttajien ulostenäytteillä ja arvioivat IgA-tasot kahden viikon kuluttua näissä hiirissä (IgA-alhaiset näytteet verrokkina). Hiirille, joilla on korkea IgA-taso, tutkijat eristävät itiöitä eri menetelmillä ja testaavat itiövapailla hiirillä. Tutkijat jalostavat IgA:ta stimuloivaa yhteisöä niin paljon kuin mahdollista ja testaavat, onko se viljeltävissä. Tavoitteena on tunnistaa ihmisen suolistomikrobit, jotka reagoivat ravinnon kuituihin ja muuttavat kaikkien suoliston mikrobien IgA-tasoja.