Aimmune longitudinelle samarbejdsundersøgelse (FIBER-IMPACT)

Deltagerne vil enten blive udvalgt fra en pulje af tidligere screenede og identificerede kandidater, eller som har kommunikeret interesse for at deltage i forskning gennem GoodNature Program, drevet af Aimmune. Ingen deltagere, der har lavet eller har potentiale til at lave en masse af et færdigt produkt, får lov til at deltage. De, der indvilliger i at deltage, vil udfylde en sundhedspræ-screeningsundersøgelse via elektronisk formular eller telefonopkald og udfylde den informerede samtykkeformular (ICF). Efter fuldførelse af ICF vil deltagerne blive tildelt et unikt, anonymt deltager-id. Kun nogle få udvalgte medlemmer af Studiesponsoren vil have adgang til identifikationskoderne; deidentifikationskoder vil ikke blive delt med samarbejdspartnere. Efter dette vil deltagerne blive givet generel information om kostpraksis, fiberfordele og detaljer vedrørende undersøgelsen, herunder prøveindsamling og mærkning af prøver, diætsporing via undersøgelser, fotos af indsendte måltider osv.

Deltagerne mødes på et undersøgelsessted og vil blive forsynet med chiafrø, det manuelle afføringsprøveværktøj og præ-mærkede prøvebeholdere, hvis de samler deres prøver derhjemme. På dette tidspunkt kan deltagerne også give blodprøver.

Når præ-interventionsmaterialet er færdigt, vil deltagerne (60) begynde en 16-ugers interventionsperiode; halvdelen af ​​deltagerne vil tilføje dagligt 2,5 spsk chiafrø i de første 8 uger af undersøgelsen og vende tilbage til deres normale kost i de anden 8 uger, halvdelen af ​​deltagerne vil opretholde deres normale kost i de første 8 uger og tilføje dagligt 2,5 spsk chiafrø i de anden 8 uger som et crossover-design. Flere personer i husstanden kan deltage, men fordi vi ønsker at forstå overførbarheden af ​​SCFU og/eller IgA niveauer.

Deltagerne vil blive randomiseret i to grupper, men medlemmer af samme husstand vil blive opdelt i modsatte grupper.

Alle deltagere vil blive bedt om at udfylde en kort, elektronisk daglig stressundersøgelse, inklusive daglige billeder af måltider. Den daglige undersøgelse vil omfatte Patient Health Questionnaire (PHQ-4), et kort valideret screeningsspørgeskema bestående af en 2-element depressionsskala (PHQ-2) og en 2-item angstskala (GAD-2)2. PHQ-4-dataene vil blive brugt til at spore stress. Daglige billeder af måltider vil blive brugt til at spore kostdata gennem hele undersøgelsen.

PHQ-4 totalscore spænder fra 0 til 12, hvor kategorier af psykiske lidelser er 2:

• Ingen 0-2
• Mild 3-5
• Moderat 6-8
• Svær 9-12

Angst-underskala = summen af ​​emner 2 og 3 på den daglige undersøgelsesformular (scoreområde 0 til 6) Depressionsunderskala = summen af ​​emner 4 og 5 på den daglige undersøgelsesformular (scoreområde 0 til 6) På hver underskala anses en score på 3 eller højere for at være positiv til screeningsformål.

Deltagerne vil også blive bedt om at indsamle mindst 3 afføringsprøver om ugen under undersøgelsen. Deltagere, der samler afføringsprøver derhjemme, vil opbevare prøver i deres frysere i en medfølgende opbevaringsbeholder til biologisk fare, og prøver vil blive afhentet ugentligt af studiepersonale eller en kurer. Alle deltagere vil scanne QR-koden på beholderen for at registrere prøveindsamlingsdatoen og -tidspunktet og vil skrive indsamlingsdatoen på beholderen.

I uge 1, 8 og 16 vil deltagerne blive bedt om at indsamle detaljerede kostdata via elektronisk undersøgelse ved hjælp af NIH Automated Self-Administered 24-Hour Dietary Assessment Tool. Afføringsprøver vil blive forberedt og aliquoteret af undersøgelsessponsoren og sendt til UCI og Cleveland Clinic til bakteriel PCR, metabolomisk analyse, metagenomisk sekvensering af haglgevær, evaluering af bakteriesporetiter og IgA-testning. Alle prøver, inklusive blodprøver, vil blive opbevaret på ubestemt tid i en -80C fryser hos Aimmune Therapeutics til forskning i henhold til den eksisterende Biobank Protocol #20234092. Mid- og post-interventionsundersøgelser vil blive sendt til deltagerne for at evaluere erfaringer med undersøgelsen og chiafrø, samt for at identificere eventuelle bivirkninger eller klager.

Afidentificerede undersøgelser vil blive leveret til og analyseret af undersøgelsessponsoren.

IgA lavt emner gennem hele undersøgelsen. For at opdage de ukendte IgA-nedbrydende bakterier vil forskere sprede fækale prøver af IgA-Low-personer på CDC anaerobe blodagarplader for at danne enkeltkolonier. Dernæst vil forskerne subkulturere alle kolonierne på ny CDC-blodagar ved at stribe. Forskere vil skrabe hver subkulturkoloni ind i steril PBS-buffer og samle ~15 individuelle kolonier til in vitro-inkubation med IgA og Pigr. Efter inkubation natten over ved 37 °C vil WB-analyse blive brugt til evaluering af nedbrydningen af ​​IgA og Pigr. Kolonier fra bakteriepuljen med IgA/Pigr-spaltningsaktivitet vil blive individuelt inkuberet med substraterne igen og analyseret ved immunblotting.

Evaluer kompleksiteten af ​​IgA-nedbrydende bakterier. Forskere vil bestemme antibiotikafølsomheden af ​​kandidatbakterierne in vitro. På grund af udfordringerne med T. immunophilia (IgA-nedbryder i mus), vil forskere vurdere kompleksiteten af ​​kolonier (er de let dyrket i ren kultur versus tilstedeværelsen af ​​ledsagende bakterier i den isolerede koloni). Hvis kandidaten IgA-nedbryder vokser langsomt i kultur, vil forskerne vurdere bakterierne for auxotrofi som for T. immunophila. Forskere vil bruge genomiske og metaboliske værktøjer i kombination til at teste for auxotrofi.

IgA høje emner i slutningen af ​​undersøgelsen. Forskere vil inokulere kimfrie mus med afføringsprøver fra disse donorer og evaluere IgA-niveauer efter to uger i disse mus (vi vil IgA lave prøver som kontrol). For mus, der har høje niveauer af IgA, vil forskere isolere sporer ved forskellige metoder og teste i bakteriefri mus. Forskere vil forfine det IgA-stimulerende fællesskab så meget som muligt og teste, om det kan dyrkes. Målet er at identificere menneskelige tarmmikrober, der reagerer på fibre i kosten og ændre IgA-niveauer til alle tarmmikrober.