Aimmun longitudinell samarbeidsstudie (FIBER-IMPACT)

Deltakerne vil enten bli valgt fra en pool av tidligere screenede og identifiserte kandidater eller som har kommunisert interesse for å delta i forskning gjennom GoodNature Program, drevet av Aimmune. Ingen deltakere som har laget eller har potensial til å lage mye av et ferdig produkt vil få delta. De som godtar å delta, vil fullføre en forhåndsscreeningsundersøkelse for helse via elektronisk skjema eller telefonsamtale og fylle ut skjemaet for informert samtykke (ICF). Etter fullføring av ICF vil deltakerne bli tildelt en unik, anonym deltaker-ID. Bare noen få utvalgte medlemmer av studiesponsoren vil ha tilgang til identifikasjonskodene; avidentifikasjonskoder vil ikke bli delt med samarbeidspartnere. Etter dette vil deltakerne bli gitt generell informasjon om kostholdspraksis, fiberfordeler og detaljer om studien, inkludert prøveinnsamling og merking av prøver, diettsporing via spørreundersøkelser, bilder av innsendte måltider, etc.

Deltakerne vil møtes på et studiested og vil bli utstyrt med chiafrø, det manuelle avføringsprøveverktøyet og forhåndsmerkede prøvebeholdere hvis de samler prøvene hjemme. På dette tidspunktet kan deltakerne også gi blodprøver.

Når pre-intervensjonsmaterialet er fullført, vil deltakerne (60) begynne en 16 ukers intervensjonsperiode; halvparten av deltakerne vil legge til daglig 2,5 ss chiafrø de første 8 ukene av studien og gå tilbake til sitt normale kosthold i de andre 8 ukene, halvparten av deltakerne vil opprettholde sitt normale kosthold de første 8 ukene og legge til daglig 2,5 ss chiafrø de andre 8 ukene som et crossover-design. Flere personer i husstanden kan delta, men fordi vi ønsker å forstå overførbarhet av SCFU og/eller IgA nivåer.

Deltakerne vil bli randomisert i to grupper, men medlemmer av samme husstand vil bli delt inn i motsatte grupper.

Alle deltakere vil bli bedt om å fylle ut en kort, elektronisk daglig stressundersøkelse, inkludert daglige bilder av måltider. Den daglige undersøkelsen vil inkludere pasienthelsespørreskjemaet (PHQ-4), et kort validert screeningsskjema bestående av en 2-element depresjonsskala (PHQ-2) og en 2-elements angstskala (GAD-2)2. PHQ-4-dataene vil bli brukt til å spore stress. Daglige bilder av måltider vil bli brukt til å spore diettdata gjennom hele studien.

Total poengsum for PHQ-4 varierer fra 0 til 12, med kategorier av psykiske plager som 2:

• Ingen 0-2
• Mild 3-5
• Moderat 6-8
• Alvorlig 9-12

Angst-underskala = summen av punkt 2 og 3 på daglig undersøkelsesskjema (poengområde 0 til 6) Depresjonsunderskala = summen av element 4 og 5 på daglig undersøkelsesskjema (poengområde 0 til 6) På hver underskala anses en poengsum på 3 eller høyere som positiv for screeningformål.

Deltakerne vil også bli bedt om å samle inn minimum 3 avføringsprøver per uke i løpet av studien. Deltakere som samler inn avføringsprøver hjemme, vil lagre prøver i fryseren i en medfølgende beholder for biologisk fare, og prøver vil bli hentet ukentlig av studiepersonell eller en kurer. Alle deltakere vil skanne QR-koden på beholderen for å registrere prøveinnsamlingsdato og -klokkeslett og vil skrive innsamlingsdatoen på beholderen.

I uke 1, 8 og 16 vil deltakerne bli bedt om å samle inn detaljerte diettdata via elektronisk undersøkelse, ved å bruke NIH Automated Self-Administered 24-Hour Dietary Assessment Tool. Avføringsprøver vil bli klargjort og alikvotert av studiesponsoren og sendt til UCI og Cleveland Clinic for bakteriell PCR, metabolomisk analyse, metagenomisk sekvensering av hagle, bakteriesporetiterevaluering og IgA-testing. Alle prøver, inkludert blodprøver, vil bli oppbevart på ubestemt tid i en -80C fryser hos Aimmune Therapeutics for forskning i henhold til eksisterende Biobank Protocol #20234092. Undersøkelser mellom og etter intervensjon vil bli sendt til deltakerne for å evaluere erfaringer med studien og chiafrø, samt for å identifisere eventuelle bivirkninger eller klager.

Avidentifiserte undersøkelser vil bli gitt til og analysert av studiesponsoren.

IgA lavt emner gjennom hele studiet. For å oppdage de ukjente IgA-nedbrytende bakteriene, vil forskere spre fekale prøver av IgA-Low-personer på CDC anaerobe blodagarplater for å danne enkeltkolonier. Deretter vil forskerne subkulturere alle koloniene på ny CDC-blodagar ved å stripe. Forskere vil skrape hver subkulturkoloni inn i steril PBS-buffer og samle ~15 individuelle kolonier for in vitro-inkubasjon med IgA og Pigr. Etter inkubasjon over natten ved 37 °C, vil WB-analyse bli brukt for å evaluere nedbrytningen av IgA og Pigr. Kolonier fra bakteriebassenget med IgA/Pigr-spaltende aktivitet vil bli individuelt inkubert med substratene igjen og analysert ved immunblotting.

Evaluer kompleksiteten til IgA-nedbrytende bakterier. Forskere vil bestemme antibiotikafølsomheten til kandidatbakteriene in vitro. På grunn av utfordringene med T. immunophilia (IgA-nedbryter i mus), vil forskere vurdere kompleksiteten til kolonier (er de lett dyrket i ren kultur kontra tilstedeværelsen av følgebakterier i den isolerte kolonien). Hvis kandidaten IgA-nedbryter vokser sakte i kultur, vil forskerne vurdere bakteriene for auxotrofi som for T. immunophila. Forskere vil bruke genomiske og metabolske verktøy i kombinasjon for å teste for auxotrofi.

IgA høye fag ved slutten av studiet. Forskere vil inokulere bakteriefrie mus med avføringsprøver fra disse giverne og evaluere IgA-nivåer etter to uker i disse musene (vi vil IgA lave prøver som en kontroll). For mus som har høye nivåer av IgA, vil forskerne isolere sporer med ulike metoder og teste i bakteriefrie mus. Forskere vil foredle det IgA-stimulerende samfunnet så mye som mulig og teste om det er dyrkbart. Målet er å identifisere menneskelige tarmmikrober som reagerer på fiber i kostholdet og endre IgA-nivåer til alle tarmmikrober.