Badanie podłużne współpracy Aimmune (FIBER-IMPACT)

Uczestnicy zostaną wybrani z puli wcześniej sprawdzonych i zidentyfikowanych kandydatów lub którzy wyrazili zainteresowanie udziałem w badaniach w ramach programu GoodNature prowadzonego przez Aimmune. Żaden uczestnik, który wyprodukował lub ma potencjał do wytworzenia dużej ilości gotowego produktu, nie zostanie dopuszczony do udziału w konkursie. Osoby, które wyrażą zgodę na udział, wypełnią wstępną ankietę przesiewową stanu zdrowia za pomocą formularza elektronicznego lub rozmowy telefonicznej oraz wypełnią formularz świadomej zgody (ICF). Po ukończeniu ICF uczestnikom zostanie przypisany unikalny, anonimowy identyfikator uczestnika. Tylko kilku wybranych członków Sponsora badania będzie miało dostęp do kodów identyfikacyjnych; kody deidentyfikujące nie będą udostępniane współpracownikom. Następnie uczestnicy otrzymają ogólne informacje dotyczące praktyk dietetycznych, zalet błonnika oraz szczegóły dotyczące badania, w tym pobieranie i etykietowanie próbek, śledzenie diety za pomocą ankiet, zdjęcia przesłanych posiłków itp.

Uczestnicy spotkają się w miejscu badania i otrzymają nasiona chia, ręczne narzędzie do pobierania próbek kału oraz wstępnie oznakowane pojemniki na próbki, jeśli zbierają próbki w domu. W tym czasie uczestnicy mogą także oddać próbki krwi.

Po skompletowaniu materiałów przedinterwencyjnych uczestnicy (60 osób) rozpoczną 16-tygodniowy okres interwencyjny; połowa uczestników będzie dodawać codziennie 2,5 łyżki nasion chia przez pierwsze 8 tygodni badania i powróci do normalnej diety przez drugie 8 tygodni, połowa uczestników będzie utrzymywać normalną dietę przez pierwsze 8 tygodni i dodawać 2,5 łyżki nasion chia dziennie przez drugie 8 tygodni w ramach projektu krzyżowego. W badaniu może brać udział wiele osób w gospodarstwie domowym, ale chcemy zrozumieć możliwość przenoszenia poziomów SCFU i/lub IgA.

Uczestnicy zostaną losowo podzieleni na dwie grupy, ale członkowie tego samego gospodarstwa domowego zostaną przydzieleni do przeciwnych grup.

Wszyscy uczestnicy zostaną poproszeni o wypełnienie krótkiej, elektronicznej ankiety dotyczącej codziennego stresu, obejmującej codzienne zdjęcia posiłków. Codzienne badanie będzie obejmować Kwestionariusz Zdrowia Pacjenta (PHQ-4), krótki, zatwierdzony kwestionariusz przesiewowy składający się z 2-punktowej skali depresji (PHQ-2) i 2-punktowej skali lęku (GAD-2)2. Dane PHQ-4 zostaną wykorzystane do śledzenia stresu. Codzienne zdjęcia posiłków będą wykorzystywane do śledzenia danych dotyczących diety w trakcie badania.

Całkowity wynik PHQ-4 waha się od 0 do 12, przy czym kategorie stresu psychicznego to 2:

• Brak 0-2
• Łagodny 3-5
• Umiarkowane 6-8
• Ciężkie 9-12

Podskala lęku = suma pozycji 2 i 3 w Formularzu Codziennej Ankiety (zakres wyników od 0 do 6) Podskala depresji = suma pozycji 4 i 5 w Formularzu Codziennej Ankiety (zakres wyników od 0 do 6) W każdej podskali wynik 3 lub większy jest uważany za pozytywny dla celów badań przesiewowych.

Uczestnicy zostaną również poproszeni o pobieranie co najmniej 3 próbek kału tygodniowo podczas badania. Uczestnicy pobierający próbki kału w domu będą przechowywać próbki w zamrażarkach w dostarczonym pojemniku do przechowywania materiałów stwarzających zagrożenie biologiczne, a próbki będą odbierane co tydzień przez personel badawczy lub kuriera. Wszyscy uczestnicy zeskanują kod QR znajdujący się na pojemniku, aby zapisać datę i godzinę pobrania próbki oraz zapiszą datę pobrania na pojemniku.

W 1., 8. i 16. tygodniu uczestnicy zostaną poproszeni o zebranie szczegółowych danych dotyczących diety za pomocą elektronicznej ankiety, przy użyciu zautomatyzowanego, samodzielnego, 24-godzinnego narzędzia oceny diety NIH. Próbki kału zostaną przygotowane i podzielone na porcje przez sponsora badania i przesłane do kliniki UCI i Cleveland w celu przeprowadzenia bakteryjnej reakcji PCR, analizy metabolomicznej, sekwencjonowania metagenomicznego Shotgun, oceny miana zarodników bakterii i badania IgA. Wszystkie próbki, w tym próbki krwi, będą przechowywane przez czas nieokreślony w zamrażarce o temperaturze -80°C w firmie Aimmune Therapeutics w celu badań zgodnie z istniejącym protokołem Biobanku nr 20234092. Ankiety w trakcie i po interwencji zostaną przesłane do uczestników w celu oceny doświadczeń z badaniem i nasionami chia, a także w celu zidentyfikowania wszelkich skutków ubocznych lub skarg.

Ankiety zdezidentyfikowane zostaną dostarczone sponsorowi badania i przez niego przeanalizowane.

Pacjenci z niskim poziomem IgA w całym badaniu. Aby odkryć nieznane bakterie rozkładające IgA, badacze rozsieją próbki kału osób z niskim IgA na płytkach agarowych z krwią beztlenową CDC, tworząc pojedyncze kolonie. Następnie badacze przeprowadzą hodowlę wszystkich kolonii na nowym agarze z krwią CDC poprzez posiew. Naukowcy zeskrobią każdą kolonię subkultury do sterylnego buforu PBS i połączą około 15 pojedynczych kolonii do inkubacji in vitro z IgA i Pigr. Po całonocnej inkubacji w temperaturze 37°C, analiza WB zostanie wykorzystana do oceny degradacji IgA i Pigr. Kolonie z puli bakterii wykazujące aktywność rozszczepiania IgA/Pigr będą indywidualnie inkubowane ponownie z substratami i analizowane metodą immunoblottingu.

Ocenić złożoność bakterii rozkładających IgA. Naukowcy określą wrażliwość bakterii na antybiotyki in vitro. Ze względu na wyzwania związane z T. immunofilią (degradatorem IgA u myszy) badacze ocenią złożoność kolonii (czy łatwo je hodować w czystej kulturze w porównaniu z obecnością bakterii towarzyszących w izolowanej kolonii). Jeśli kandydat na degradator IgA rośnie powoli w hodowli, badacze przeprowadzą ocenę bakterii pod kątem auksotrofii, tak jak w przypadku T. immunophila. Naukowcy wykorzystają kombinację narzędzi genomicznych i metabolicznych do badania auksotrofii.

Pacjenci z wysokim poziomem IgA na koniec badania. Naukowcy zaszczepią myszy wolne od zarazków próbkami kału od tych dawców i po dwóch tygodniach ocenią u tych myszy poziomy IgA (jako kontrolę pobierzemy próbki o niskim poziomie IgA). W przypadku myszy, które mają wysoki poziom IgA, badacze będą izolować zarodniki różnymi metodami i testować je na myszach wolnych od zarazków. Naukowcy maksymalnie udoskonalą społeczność stymulującą IgA i sprawdzą, czy nadaje się ona do hodowli. Celem jest identyfikacja ludzkich drobnoustrojów jelitowych, które reagują na błonnik w diecie i zmieniają poziom IgA u wszystkich drobnoustrojów jelitowych.