Helicobacter v Gambii (část 2)

Cílem této předběžné deskriptivní studie je poskytnout první data, která vyhodnotí rozdíly a podobnosti v genotypu mezi izoláty H. pylori získané od dětí a dospělých žijících v Gambii v západní Africe, a posoudit pravděpodobnou velikost těchto rozdílů. Tento protokol popisuje aplikaci minimálně invazivních technik pro izolaci H. pylori (vyvinutých v první části tohoto projektu a popsaných v samostatném protokolu, protokol DMID 06-0053) v populační studii. Studijními subjekty budou obyvatelé Gambie v západní Africe. Bude studováno 90 dětí ve věku do 2 let vyžadujících terapeutickou nazogastrickou intubaci a 30 zdravých matek těchto dětí. Předměty budou studovány v Medical Research Council (MRC) výzkumných laboratoří a klinického zařízení Velké Británie ve Fajara, Gambie, západní Afrika. Výzkumníci předpokládají, že přechod z dětské kolonizace do dospělého chorobného stavu je ovlivněn mnoha faktory včetně evoluce genotypů kolonizujících kmenů H. pylori samotných, částečně řízených reakcí hostitele na infekci. Výzkumníci předpokládají, že kmeny H. pylori z gambijských dětí se budou geneticky lišit od kmenů chronicky kolonizovaných dospělých ze stejné komunity. Genetická a fenotypová charakterizace dětských a dospělých izolátů výzkumných pracovníků bude testovat zásadní rozdíly mezi kmeny cirkulujícími v těchto 2 věkových skupinách, což může pomoci vyhodnotit význam selekce kmenů a/nebo evoluce genomu v takto vysoce rizikových společnostech. Specifickým cílem této studie je posoudit příbuznost dětských kmenů a kmenů blízkých dospělých příbuzných. Studijní postupy budou zahrnovat odsávání žaludeční šťávy nazogastrickou sondou používanou pro účely výživy kojenců u dětí, které podstupují intenzivní hospitalizační renutrici, a kultivaci H. pylori z těchto aspirátů a také od rodičů, kteří přijmou pozvání k darování vzorku žaludeční šťávy pro kultivaci nazogastrickou sondou zavedenou dočasně pro tento účel. Většina genotypizace bude zahrnovat libovolně aktivované otisky DNA polymerázové řetězové reakce, omezené (zaměřené) sekvenování DNA, zejména v případech izolátů s blízce příbuznými, ale neidentickými otisky prstů, a testy citlivosti na metronidazol. Genetická a fenotypová charakterizace dětských a dospělých izolátů bude testovat zásadní rozdíly mezi kmeny cirkulujícími v těchto dvou věkových skupinách, a tím pomůže vyhodnotit význam selekce kmenů a/nebo evoluce genomu v takto vysoce rizikových společnostech. Předměty budou během tohoto 2letého projektu studovány pouze jednou. Pokud je H. pylori izolován ze žaludečních aspirátů, bude matka tohoto dítěte dotázána, zda by souhlasila s jednou zavedením nazogastrické sondy za účelem získání aspirátu žaludeční šťávy pro kultivaci H. pylori. Získané izoláty budou podrobeny analýze DNA a genotypizaci. Specifické body, kterými se budou tyto srovnávací studie zabývat, budou zahrnovat přímé srovnání kmenů izolovaných z dětí a dospělých ze stejné rodiny nebo vesnice. Bude to první studie, která bude provedena ve společnosti s vysokým časným výskytem přirozeně získané kolonizace H. pylori a umožní přímé srovnání mezi izoláty od dětí a dospělých ze stejné rodiny nebo vesnického prostředí, což poskytne informace o intra-familiární a intrakomunitní přenos infekce. Hlavním měřítkem výsledku je stupeň příbuznosti mezi bakteriálními izoláty. To bude posouzeno vizuálním srovnáním mezi výsledky náhodné amplifikace polymorfní DNA (RAPD), porovnáním genotypu pro alely zájmu a definitivně sekvenováním provozních genů za účelem konstrukce fylogenetických stromů příbuznosti pomocí programu STAR a typizace sekvencí více lokusů ( databáze MLST). Pro lidské subjekty neexistují žádná měřítka výsledku.