Helicobacter i Gambia (del 2)

Denna preliminära beskrivande studie syftar till att tillhandahålla de första data som kommer att utvärdera skillnader och likheter i genotyp mellan isolat av H. pylori från barn och vuxna som bor i Gambia, Västafrika, och att bedöma den sannolika storleken på dessa skillnader. Detta protokoll beskriver tillämpningen av minimalt invasiva tekniker för H. pylori-isolering (utvecklad i den första delen av detta projekt och beskrivs i ett separat protokoll, DMID-protokoll 06-0053) i en befolkningsstudie. Studieämnen kommer att vara invånare i Gambia, Västafrika. Nittio barn, yngre än 2 år, som kräver terapeutisk nasogastrisk intubation och 30 friska mödrar till dessa barn kommer att studeras. Ämnen kommer att studeras vid Medical Research Council (MRC) i Great Britain Research Laboratories and Clinical Facility i Fajara, Gambia, Västafrika. Utredare föreslår att övergången från barndomskolonisering till vuxensjukdomstillstånd påverkas av flera faktorer inklusive utveckling av genotyper av koloniserande H. pylori-stammar själva, delvis drivna av värdens svar på infektion. Forskare antar att H. pylori-stammar från gambiska barn kommer att skilja sig genetiskt från stammar av kroniskt koloniserade vuxna från samma samhälle. Utredarnas genetiska och fenotypiska karakterisering av pediatriska och vuxna isolat kommer att testa för grundläggande skillnader mellan stammar som cirkulerar i dessa två åldersgrupper, vilket kan hjälpa till att utvärdera vikten av stamselektion och/eller genomevolution i sådana högrisksamhällen. Det specifika syftet med denna studie är att bedöma sambandet mellan barnstammar och de från nära vuxna släktingar. Studieprocedurer kommer att inkludera aspiration av magsaft genom en nasogastrisk sond som används för spädbarnsmatning hos barn som genomgår intensiv åternäring på sjukhus, och odling av H. pylori från dessa aspirater, och även från föräldrar som accepterar inbjudan att donera ett prov magsaft för odling genom en nasogastrisk sond som tillfälligt sätts in för detta ändamål. De flesta genotypning kommer att innebära godtyckligt primerad polymeraskedjereaktion DNA-fingeravtryck, begränsad (fokuserad) DNA-sekvensering, särskilt i fall av isolat med nära besläktade men icke-identiska fingeravtryck, och metronidazolkänslighetstester. Genetisk och fenotypisk karakterisering av pediatriska och vuxna isolat kommer att testa för grundläggande skillnader mellan stammar som cirkulerar i dessa två åldersgrupper och därigenom hjälpa till att utvärdera vikten av stamselektion och/eller genomevolution i sådana högrisksamhällen. Ämnen kommer endast att studeras en gång under detta 2-åriga projekt. Om H. pylori isoleras från magaspirat kommer mamman till det barnet att tillfrågas om de går med på att få en nasogastrisk sond passerad vid ett tillfälle för att få en aspirat av magsaft för H. pylori-odling. De erhållna isolaten kommer att bli föremål för DNA-analys och genotypning. Specifika punkter som skall tas upp i dessa jämförande studier kommer att innefatta direkt jämförelse av stammar isolerade från barn och vuxna från samma familj eller by. Detta kommer att vara den första studien som genomförs i ett samhälle med hög tidig incidens av naturligt förvärvad H. pylori-kolonisering, och kommer att möjliggöra direkt jämförelse mellan isolat från barn och vuxna från samma familjer eller bymiljö, vilket kommer att ge information om överföring av infektion inom familjen och inom gemenskapen. Det huvudsakliga utfallsmåttet är graden av släktskap mellan bakterieisolaten. Detta kommer att bedömas genom visuell jämförelse mellan slumpmässig amplifiering av polymorft DNA (RAPD) resultat, genom jämförelse av genotyp för alleler av intresse, och definitivt genom sekvensering av hushållningsgener för att konstruera fylogenetiska träd av släktskap med hjälp av STAR-programmet och multipel lokussekvenstypning ( MLST) databas. Det finns inga resultatmått för mänskliga försökspersoner.