Helicobacter na Gâmbia (Parte 2)

Este estudo descritivo preliminar visa fornecer os primeiros dados que avaliarão as diferenças e semelhanças no genótipo entre isolados de H. pylori obtidos de crianças e adultos que vivem na Gâmbia, África Ocidental, e avaliar a provável magnitude dessas diferenças. Este protocolo descreve a aplicação de técnicas minimamente invasivas para isolamento de H. pylori (desenvolvidas na primeira parte deste projeto e descritas em um protocolo separado, protocolo DMID 06-0053) em um estudo populacional. Os sujeitos do estudo serão residentes da Gâmbia, na África Ocidental. Serão estudadas 90 crianças, com idade inferior a 2 anos, necessitando de intubação nasogástrica terapêutica e 30 mães saudáveis ​​destas crianças. Os indivíduos serão estudados no Conselho de Pesquisa Médica (MRC) dos Laboratórios de Pesquisa e Instalações Clínicas da Grã-Bretanha em Fajara, Gâmbia, África Ocidental. Os investigadores propõem que a transição da colonização infantil para o estado de doença adulta é afetada por múltiplos fatores, incluindo a evolução dos genótipos das próprias cepas colonizadoras de H. pylori, impulsionadas em parte pela resposta do hospedeiro à infecção. Os pesquisadores levantam a hipótese de que as cepas de H. pylori de crianças gambianas diferirão geneticamente das cepas de adultos cronicamente colonizados da mesma comunidade. A caracterização genética e fenotípica dos investigadores de isolados pediátricos e adultos testará as diferenças fundamentais entre as cepas circulantes nesses dois grupos etários, o que pode ajudar a avaliar a importância da seleção da cepa e/ou evolução do genoma nessas sociedades de alto risco. O objetivo específico deste estudo é avaliar o parentesco de cepas infantis e de parentes adultos próximos. Os procedimentos do estudo incluirão a aspiração de suco gástrico através de um tubo nasogástrico usado para fins de alimentação infantil em crianças submetidas a renutrição intensiva em internação e cultura de H. pylori desses aspirados e também de pais que aceitarem o convite para doar uma amostra de suco gástrico para cultura através de sonda nasogástrica inserida temporariamente para esse fim. A maior parte da genotipagem envolverá impressão digital de DNA de reação em cadeia da polimerase arbitrariamente iniciada, sequenciamento de DNA limitado (focado), especialmente em casos de isolados com impressões digitais intimamente relacionadas, mas não idênticas, e testes de suscetibilidade ao metronidazol. A caracterização genética e fenotípica de isolados pediátricos e adultos testará as diferenças fundamentais entre as cepas circulantes nesses dois grupos etários e, assim, ajudará a avaliar a importância da seleção da cepa e/ou evolução do genoma nessas sociedades de alto risco. Os assuntos serão estudados apenas uma vez durante este projeto de 2 anos. Se H. pylori for isolado de aspirados gástricos, será perguntado à mãe dessa criança se ela concordaria em passar uma sonda nasogástrica em uma ocasião para obter um aspirado de suco gástrico para cultura de H. pylori. Os isolados obtidos serão submetidos à análise de DNA e genotipagem. Os pontos específicos a serem abordados por esses estudos comparativos incluirão a comparação direta de cepas isoladas de crianças e adultos da mesma família ou vila. Este será o primeiro estudo a ser realizado em uma sociedade com alta incidência precoce de colonização por H. pylori adquirida naturalmente, e permitirá a comparação direta entre isolados de crianças e adultos de uma mesma família ou ambiente de aldeia, o que fornecerá informações sobre transmissão intrafamiliar e intracomunitária da infecção. A principal medida de resultado é o grau de parentesco entre os isolados bacterianos. Isso será avaliado por comparação visual entre resultados de amplificação aleatória de DNA polimórfico (RAPD), por comparação de genótipos para alelos de interesse e definitivamente por sequenciamento de genes de manutenção para construir árvores filogenéticas de parentesco usando o programa STAR e tipagem de sequências de locus múltiplos ( banco de dados MLST). Não há medidas de resultados para seres humanos.