Helicobacter in the Gambia (osa 2)

Tämän alustavan kuvailevan tutkimuksen tarkoituksena on tuottaa ensimmäiset tiedot, jotka arvioivat Gambiassa, Länsi-Afrikassa asuvilta lapsilta ja aikuisilta saatujen H. pylori-isolaattien genotyypin eroja ja yhtäläisyyksiä, ja arvioimaan näiden erojen todennäköistä suuruutta. Tämä protokolla kuvaa minimaalisesti invasiivisten tekniikoiden soveltamista H. pylorin eristämiseen (kehitetty tämän projektin ensimmäisessä osassa ja kuvattu erillisessä protokollassa, DMID-protokolla 06-0053) populaatiotutkimuksessa. Opintokohteita ovat Länsi-Afrikan Gambian asukkaat. Tutkimuksessa tutkitaan yhdeksänkymmentä alle 2-vuotiasta lasta, jotka tarvitsevat terapeuttista nenä-maha-intubaatiota ja 30 tervettä äitiä. Aiheita tutkitaan Iso-Britannian tutkimuslaboratorioiden ja kliinisen laitoksen Medical Research Councilissa (MRC) Fajarassa, Gambiassa, Länsi-Afrikassa. Tutkijat ehdottavat, että siirtymiseen lapsuuden kolonisaatiosta aikuisen sairaustilaan vaikuttavat useat tekijät, mukaan lukien itse kolonisoivien H. pylori -kantojen genotyyppien evoluutio, jota osittain ohjaa isännän vaste infektioon. Tutkijat olettavat, että Gambian lasten H. pylori -kannat eroavat geneettisesti saman yhteisön kroonisesti kolonisoituneiden aikuisten kannoista. Tutkijoiden lasten ja aikuisten isolaattien geneettinen ja fenotyyppinen karakterisointi testaa perustavanlaatuisia eroja näissä kahdessa ikäryhmässä kiertävien kantojen välillä, mikä voi auttaa arvioimaan kannan valinnan ja/tai genomin evoluution tärkeyttä tällaisissa korkean riskin yhteiskunnissa. Tämän tutkimuksen erityistavoitteena on arvioida lapsikantojen ja aikuisten lähisukulaisten sukulaisuutta. Tutkimustoimenpiteisiin kuuluu mahanesteen imeminen nenämahaletkusta, jota käytetään imeväisten ruokintatarkoituksiin lapsille, jotka ovat intensiivisessä potilaspotilasravitsemustilassa, ja H. pylorin viljeleminen näistä imeytyneistä aineista sekä vanhemmilta, jotka hyväksyvät kutsun luovuttaa näyte. mahanestettä viljeltäväksi nenämahaletkun kautta, joka on asetettu tilapäisesti tähän tarkoitukseen. Useimmat genotyypit sisältävät mielivaltaisesti pohjustetun polymeraasiketjureaktion DNA-sormenjälkien oton, rajoitetun (kohdistetun) DNA-sekvensoinnin, erityisesti tapauksissa, joissa isolaateissa on läheisesti sukua, mutta ei-identtisiä sormenjälkiä, ja metronidatsoliherkkyystestejä. Lasten ja aikuisten isolaattien geneettinen ja fenotyyppinen karakterisointi testaa perustavanlaatuisia eroja näissä kahdessa ikäryhmässä kiertävien kantojen välillä ja auttaa siten arvioimaan kannan valinnan ja/tai genomin evoluution tärkeyttä tällaisissa korkean riskin yhteiskunnissa. Aineita opiskellaan vain kerran tämän 2-vuotisen projektin aikana. Jos H. pylori eristetään mahalaukun aspiraateista, kyseisen lapsen äidiltä kysytään, suostuisiko hän nenämahaletkun läpivientiin kerran saadakseen mahanesteen aspiraatin H. pylori -viljelyä varten. Saaduille isolaateille tehdään DNA-analyysi ja genotyypitys. Erityisiä kohtia, joita näissä vertailevissa tutkimuksissa on käsiteltävä, ovat myös saman perheen tai kylän lapsista ja aikuisista eristettyjen kantojen suora vertailu. Tämä on ensimmäinen tutkimus, joka tehdään yhteiskunnassa, jossa luonnollisesti hankitun H. pylori -kolonisaatioiden esiintyvyys on korkea, ja se mahdollistaa suoran vertailun samasta perheestä tai kyläympäristöstä peräisin olevien lasten ja aikuisten isolaattien välillä. infektion leviäminen perheen ja yhteisön sisällä. Pääasiallinen tulosmitta on bakteeri-isolaattien välisen sukulaisuuden aste. Tämä arvioidaan visuaalisella vertailulla polymorfisen DNA:n (RAPD) satunnaisen monistamisen tulosten välillä, vertaamalla kiinnostavien alleelien genotyyppiä ja lopullisesti sekvensoimalla taloudenhoitogeenit fylogeneettisten sukulaispuiden rakentamiseksi käyttämällä STAR-ohjelmaa ja useiden lokussekvenssien tyypitystä ( MLST) tietokanta. Ihmisillä ei ole tulosmittauksia.