Helicobacter in Gambia (Teil 2)

Ziel dieser vorläufigen deskriptiven Studie ist es, die ersten Daten bereitzustellen, die Unterschiede und Ähnlichkeiten im Genotyp zwischen H. pylori-Isolaten von Kindern und Erwachsenen in Gambia, Westafrika, bewerten und das wahrscheinliche Ausmaß dieser Unterschiede bewerten werden. Dieses Protokoll beschreibt die Anwendung minimalinvasiver Techniken zur H. pylori-Isolierung (entwickelt im ersten Teil dieses Projekts und beschrieben in einem separaten Protokoll, DMID-Protokoll 06-0053) in einer Bevölkerungsstudie. Die Studienteilnehmer werden Einwohner von Gambia, Westafrika, sein. Neunzig Kinder im Alter unter 2 Jahren, die eine therapeutische nasogastrale Intubation benötigen, und 30 gesunde Mütter dieser Kinder werden untersucht. Die Fächer werden am Medical Research Council (MRC) der Great Britain Research Laboratories und Clinical Facility in Fajara, Gambia, Westafrika, studiert. Die Forscher gehen davon aus, dass der Übergang von der Kolonisierung im Kindesalter zum Krankheitsstadium im Erwachsenenalter durch mehrere Faktoren beeinflusst wird, einschließlich der Entwicklung der Genotypen der kolonisierenden H. pylori-Stämme selbst, die teilweise durch die Reaktion des Wirts auf die Infektion gesteuert werden. Forscher gehen davon aus, dass H. pylori-Stämme gambischer Kinder sich genetisch von den Stämmen chronisch kolonisierter Erwachsener aus derselben Gemeinschaft unterscheiden. Die genetische und phänotypische Charakterisierung von pädiatrischen und erwachsenen Isolaten durch die Forscher wird auf grundlegende Unterschiede zwischen den in diesen beiden Altersgruppen zirkulierenden Stämmen testen, was dazu beitragen kann, die Bedeutung der Stammauswahl und/oder der Genomentwicklung in solchen Hochrisikogesellschaften zu bewerten. Das spezifische Ziel dieser Studie besteht darin, die Verwandtschaft zwischen kindlichen Stämmen und solchen von nahen erwachsenen Verwandten zu beurteilen. Zu den Studienverfahren gehört das Absaugen von Magensaft durch eine Magensonde, die zur Säuglingsernährung bei Kindern verwendet wird, die sich einer intensiven stationären Umernährung unterziehen, und die Kultivierung von H. pylori aus diesen Aspiraten sowie von Eltern, die die Einladung zur Spende einer Probe annehmen Magensaft zur Kultur durch eine zu diesem Zweck vorübergehend eingeführte Magensonde verabreicht werden. Die meisten Genotypisierungen umfassen willkürlich vorbereitete Polymerase-Kettenreaktions-DNA-Fingerabdrücke, begrenzte (fokussierte) DNA-Sequenzierung, insbesondere bei Isolaten mit eng verwandten, aber nicht identischen Fingerabdrücken, und Metronidazol-Empfindlichkeitstests. Die genetische und phänotypische Charakterisierung von pädiatrischen und erwachsenen Isolaten wird grundlegende Unterschiede zwischen den in diesen beiden Altersgruppen zirkulierenden Stämmen testen und so dazu beitragen, die Bedeutung der Stammauswahl und/oder der Genomentwicklung in solchen Hochrisikogesellschaften zu bewerten. Die Themen werden während dieses zweijährigen Projekts nur einmal untersucht. Wenn H. pylori aus Magenaspiraten isoliert wird, wird die Mutter dieses Kindes gefragt, ob sie damit einverstanden wäre, einmal eine Magensonde legen zu lassen, um einen Magensaftaspirat für die H. pylori-Kultur zu erhalten. Die gewonnenen Isolate werden einer DNA-Analyse und Genotypisierung unterzogen. Spezifische Punkte, die in diesen vergleichenden Studien behandelt werden sollen, umfassen den direkten Vergleich von Stämmen, die von Kindern und Erwachsenen aus derselben Familie oder demselben Dorf isoliert wurden. Dies wird die erste Studie sein, die in einer Gesellschaft mit einer hohen frühen Inzidenz natürlich erworbener H. pylori-Kolonisierung durchgeführt wird, und wird einen direkten Vergleich zwischen Isolaten von Kindern und Erwachsenen aus derselben Familie oder demselben Dorfumfeld ermöglichen, der Informationen darüber liefern wird innerfamiliäre und innergemeinschaftliche Übertragung von Infektionen. Das Hauptergebnismaß ist der Grad der Verwandtschaft zwischen den Bakterienisolaten. Dies wird durch einen visuellen Vergleich zwischen den Ergebnissen der zufälligen Amplifikation polymorpher DNA (RAPD), durch einen Vergleich des Genotyps für interessierende Allele und definitiv durch die Sequenzierung von Housekeeping-Genen zur Erstellung phylogenetischer Verwandtschaftsbäume mithilfe des STAR-Programms und der Typisierung mehrerer Locus-Sequenzen beurteilt ( MLST)-Datenbank. Es gibt keine Ergebnismaße für menschliche Probanden.