Helicobacter i Gambia (del 2)

Denne foreløbige beskrivende undersøgelse har til formål at tilvejebringe de første data, der vil evaluere forskelle og ligheder i genotype mellem isolater af H. pylori opnået fra børn og voksne, der bor i Gambia, Vestafrika, og at vurdere den sandsynlige størrelse af disse forskelle. Denne protokol beskriver anvendelsen af ​​minimalt invasive teknikker til H. pylori-isolering (udviklet i den første del af dette projekt og beskrevet i en separat protokol, DMID-protokol 06-0053) i en befolkningsundersøgelse. Studieemner vil være indbyggere i Gambia, Vestafrika. Halvfems børn på under 2 år, der kræver terapeutisk nasogastrisk intubation, og 30 raske mødre til disse børn vil blive undersøgt. Emner vil blive studeret ved Medical Research Council (MRC) i Great Britain Research Laboratories og Clinical Facility i Fajara, Gambia, Vestafrika. Efterforskere foreslår, at overgangen fra barndomskolonisering til voksensygdomstilstand påvirkes af flere faktorer, herunder udvikling af genotyper af selve koloniserende H. pylori-stammer, delvist drevet af værtens reaktion på infektion. Forskere antager, at H. pylori-stammer fra gambiske børn vil adskille sig genetisk fra stammer af kronisk koloniserede voksne fra samme samfund. Efterforskernes genetiske og fænotypiske karakterisering af pædiatriske og voksne isolater vil teste for fundamentale forskelle mellem stammer, der cirkulerer i disse 2 aldersgrupper, hvilket kan hjælpe med at evaluere vigtigheden af ​​stammeselektion og/eller genomevolution i sådanne højrisikosamfund. Det specifikke formål med denne undersøgelse er at vurdere sammenhængen mellem børnestammer og stammer fra nære voksne slægtninge. Undersøgelsesprocedurer vil omfatte aspiration af mavesaft gennem en nasogastrisk sonde, der bruges til spædbørnsernæringsformål hos børn, der gennemgår intensiv genoptagelse af indlagte patienter, og dyrkning af H. pylori fra disse aspirater, og også fra forældre, der accepterer invitationen til at donere en prøve. mavesaft til dyrkning gennem en nasogastrisk sonde indsat midlertidigt til dette formål. De fleste genotypebestemmelser vil medføre vilkårlig primet polymerasekædereaktion DNA-fingeraftryk, begrænset (fokuseret) DNA-sekventering, især i tilfælde af isolater med tæt beslægtede, men ikke-identiske fingeraftryk, og metronidazol-følsomhedstest. Genetisk og fænotypisk karakterisering af pædiatriske og voksne isolater vil teste for grundlæggende forskelle mellem stammer, der cirkulerer i disse to aldersgrupper, og derved hjælpe med at evaluere vigtigheden af ​​stammeselektion og/eller genomevolution i sådanne højrisikosamfund. Emner vil kun blive studeret én gang i løbet af dette 2-årige projekt. Hvis H. pylori isoleres fra maveaspirater, vil moderen til det barn blive spurgt, om de vil acceptere at få en nasogastrisk sonde sendt ved én lejlighed for at få et aspirat af mavesaft til H. pylori-kultur. De opnåede isolater vil blive genstand for DNA-analyse og genotypebestemmelse. Specifikke punkter, der skal behandles af disse sammenlignende undersøgelser, vil omfatte direkte sammenligning af stammer isoleret fra børn og voksne fra samme familie eller landsby. Dette vil være den første undersøgelse, der udføres i et samfund med en høj tidlig forekomst af naturligt erhvervet H. pylori-kolonisering, og vil muliggøre direkte sammenligning mellem isolater fra børn og voksne fra samme familier eller landsbymiljø, hvilket vil give information om intra-familiær og intra-fællesskab overførsel af infektion. Det vigtigste resultatmål er graden af ​​slægtskab mellem bakterieisolaterne. Dette vil blive vurderet ved visuel sammenligning mellem tilfældig amplifikation af polymorfisk DNA (RAPD) resultater, ved sammenligning af genotype for alleler af interesse og endeligt ved sekventering af husholdningsgener for at konstruere fylogenetiske træer af beslægtethed ved hjælp af STAR-programmet og multiple locus-sekvenstypning ( MLST) database. Der er ingen resultatmål for mennesker.