Helicobacter in Gambia (deel 2)

Deze voorlopige beschrijvende studie is gericht op het leveren van de eerste gegevens die verschillen en overeenkomsten in genotype tussen isolaten van H. pylori verkregen van kinderen en volwassenen die in Gambia, West-Afrika wonen, zullen evalueren, en om de waarschijnlijke omvang van deze verschillen te beoordelen. Dit protocol beschrijft de toepassing van minimaal invasieve technieken voor isolatie van H. pylori (ontwikkeld in het eerste deel van dit project en beschreven in een apart protocol, DMID-protocol 06-0053) in een populatieonderzoek. Studieonderwerpen zullen inwoners zijn van Gambia, West-Afrika. Negentig kinderen jonger dan 2 jaar die therapeutische nasogastrische intubatie nodig hebben en 30 gezonde moeders van deze kinderen zullen worden bestudeerd. Onderwerpen zullen worden bestudeerd aan de Medical Research Council (MRC) van Great Britain Research Laboratories and Clinical Facility in Fajara, Gambia, West-Afrika. Onderzoekers stellen voor dat de overgang van kolonisatie in de kindertijd naar de ziektetoestand van volwassenen wordt beïnvloed door meerdere factoren, waaronder de evolutie van genotypen van koloniserende H. pylori-stammen zelf, gedeeltelijk aangedreven door de reactie van de gastheer op infectie. Onderzoekers veronderstellen dat H. pylori-stammen van Gambiaanse kinderen genetisch zullen verschillen van de stammen van chronisch gekoloniseerde volwassenen uit dezelfde gemeenschap. De genetische en fenotypische karakterisering van pediatrische en volwassen isolaten door de onderzoekers zal testen op fundamentele verschillen tussen stammen die circuleren in deze 2 leeftijdsgroepen, wat kan helpen bij het evalueren van het belang van stamselectie en/of genoomevolutie in samenlevingen met een hoog risico. Het specifieke doel van deze studie is om de verwantschap tussen kinderstammen en die van naaste volwassen familieleden te beoordelen. Studieprocedures omvatten het opzuigen van maagsap via een neussonde die wordt gebruikt voor het voeden van baby's bij kinderen die intensieve interne hervoeding ondergaan, en het kweken van H. pylori uit deze aspiraten, en ook van ouders die de uitnodiging accepteren om een ​​monster te doneren van maagsap voor kweek via een tijdelijk voor dit doel ingebrachte neussonde. De meeste genotypering omvat arbitrair geprimed DNA-vingerafdrukken van de polymerasekettingreactie, beperkte (gerichte) DNA-sequencing, vooral in het geval van isolaten met nauw verwante maar niet-identieke vingerafdrukken, en gevoeligheidstesten voor metronidazol. Genetische en fenotypische karakterisering van pediatrische en volwassen isolaten zal testen op fundamentele verschillen tussen stammen die in deze twee leeftijdsgroepen circuleren, en daardoor helpen bij het evalueren van het belang van stamselectie en/of genoomevolutie in dergelijke samenlevingen met een hoog risico. Onderwerpen worden tijdens dit 2-jarige project slechts één keer bestudeerd. Als H. pylori wordt geïsoleerd uit maagaspiraten, zal de moeder van dat kind worden gevraagd of ze ermee instemmen om een ​​keer een maagsonde te laten passeren om een ​​aspiraat van maagsap te verkrijgen voor H. pylori-kweek. De verkregen isolaten zullen worden onderworpen aan DNA-analyse en genotypering. Specifieke punten die door deze vergelijkende studies moeten worden aangepakt, zijn onder meer directe vergelijking van stammen die zijn geïsoleerd van kinderen en volwassenen uit dezelfde familie of hetzelfde dorp. Dit zal de eerste studie zijn die wordt uitgevoerd in een samenleving met een hoge vroege incidentie van natuurlijk verworven H. pylori-kolonisatie, en zal een directe vergelijking mogelijk maken tussen isolaten van kinderen en volwassenen uit dezelfde families of dorpsomgeving, wat informatie zal opleveren over intrafamiliale en intracommunautaire overdracht van infectie. De belangrijkste uitkomstmaat is de mate van verwantschap tussen de bacteriële isolaten. Dit zal worden beoordeeld door visuele vergelijking tussen willekeurige amplificatie van polymorfe DNA (RAPD) resultaten, door vergelijking van genotype voor allelen van belang, en definitief door sequentiebepaling van huishoudgenen om fylogenetische verwantschapsbomen te construeren met behulp van het STAR-programma en multiple locus sequentietypering ( MLST)-database. Er zijn geen uitkomstmaten voor proefpersonen.