Helicobacter en Gambie (Partie 2)

Cette étude descriptive préliminaire vise à fournir les premières données qui évalueront les différences et les similitudes de génotype entre les isolats de H. pylori obtenus à partir d'enfants et d'adultes vivant en Gambie, en Afrique de l'Ouest, et à évaluer l'ampleur probable de ces différences. Ce protocole décrit l'application de techniques mini-invasives pour l'isolement de H. pylori (développées dans la première partie de ce projet et décrites dans un protocole distinct, le protocole DMID 06-0053) dans une étude de population. Les sujets d'étude seront des résidents de la Gambie, en Afrique de l'Ouest. Quatre-vingt-dix enfants, âgés de moins de 2 ans, nécessitant une intubation nasogastrique thérapeutique et 30 mères en bonne santé de ces enfants seront étudiés. Les sujets seront étudiés au Medical Research Council (MRC) des laboratoires de recherche et des installations cliniques de Grande-Bretagne à Fajara, en Gambie, en Afrique de l'Ouest. Les chercheurs proposent que la transition de la colonisation de l'enfance à l'état pathologique adulte soit affectée par de multiples facteurs, y compris l'évolution des génotypes des souches colonisatrices de H. pylori elles-mêmes, entraînée en partie par la réponse de l'hôte à l'infection. Les chercheurs émettent l'hypothèse que les souches de H. pylori d'enfants gambiens différeront génétiquement des souches d'adultes chroniquement colonisés de la même communauté. La caractérisation génétique et phénotypique des chercheurs des isolats pédiatriques et adultes testera les différences fondamentales entre les souches circulant dans ces 2 groupes d'âge, ce qui peut aider à évaluer l'importance de la sélection des souches et/ou de l'évolution du génome dans ces sociétés à haut risque. L'objectif spécifique de cette étude est d'évaluer la parenté des souches infantiles et celles des parents adultes proches. Les procédures d'étude comprendront l'aspiration du suc gastrique à travers une sonde nasogastrique utilisée à des fins d'alimentation du nourrisson chez les enfants qui subissent une renutrition intensive en milieu hospitalier, et la culture de H. pylori à partir de ces aspirations, ainsi que des parents qui acceptent l'invitation à donner un échantillon de suc gastrique pour culture à travers une sonde nasogastrique insérée provisoirement à cet effet. La plupart des génotypages impliqueront une empreinte génétique de réaction en chaîne par polymérase amorcée arbitrairement, un séquençage limité (focalisé) de l'ADN, en particulier dans le cas d'isolats avec des empreintes digitales étroitement liées mais non identiques, et des tests de sensibilité au métronidazole. La caractérisation génétique et phénotypique des isolats pédiatriques et adultes testera les différences fondamentales entre les souches circulant dans ces deux groupes d'âge, et aidera ainsi à évaluer l'importance de la sélection des souches et/ou de l'évolution du génome dans ces sociétés à haut risque. Les sujets ne seront étudiés qu'une seule fois au cours de ce projet de 2 ans. Si H. pylori est isolé à partir d'aspirations gastriques, on demandera à la mère de cet enfant si elle accepterait de se faire passer une sonde nasogastrique une fois pour obtenir une aspiration de suc gastrique pour la culture de H. pylori. Les isolats obtenus feront l'objet d'une analyse ADN et d'un génotypage. Les points spécifiques à aborder par ces études comparatives comprendront la comparaison directe des souches isolées chez les enfants et les adultes d'une même famille ou d'un même village. Il s'agira de la première étude réalisée dans une société présentant une forte incidence précoce de colonisation naturelle par H. pylori et permettra une comparaison directe entre les isolats d'enfants et d'adultes d'une même famille ou d'un même village, ce qui fournira des informations sur transmission intra-familiale et intra-communautaire de l'infection. La principale mesure de résultat est le degré de parenté entre les isolats bactériens. Cela sera évalué par comparaison visuelle entre les résultats d'amplification aléatoire d'ADN polymorphe (RAPD), par comparaison de génotype pour les allèles d'intérêt, et définitivement par séquençage de gènes domestiques pour construire des arbres phylogénétiques de parenté à l'aide du programme STAR et du typage de séquences à plusieurs locus ( base de données MLST). Il n'y a pas de mesures de résultats pour les sujets humains.